ショートカットを右クリックして実行ファイルのnicoview2.exeの後に /multiとつけるだけです。
設定は最後に終了したウインドウのものが有効になりますので、ご注意ください。
データベースに対して同時起動したアンコちゃんからアクセスできることは確認していますが、同時に負荷をかけたりした場合の挙動などは保障できませんので、自己責任でおねがいします。

デフォルトで、複数起動できないのは、アンコちゃんはもともと複数放送を同時に受信できるので必要ないのです。参照だけなら、窓ボタンを押すことで複数窓にできます。