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Googleによるペナルティには未だ解明されていない部分も多いのですが、現在明らかになっている限り、手動によるペナルティとアルゴリズムによるペナルティとに分類されます。

サーファーと呼ばれるGoogleの社員がサイトを巡回して、悪質と思われる処理が行われていた場合にペナルティを与えます。

手動ペナルティに該当した場合はまずウェブマスターツールに告知のメールが届きます。

こういった事態を防ぐためには、ウェブマスターツールに登録し、こまめに確認しましょう。
そして、万が一問題点を指摘された場合は直ちに該当箇所を修正し、再審査リクエストを送信しましょう。（ウェブマスターツール上から送信できます）
なお、Googleによればスパム通知のメールは保存されており、送信後にウェブマスターツールに登録された場合でも確認はできるようです。

google検索エンジンは、クローラーによるクローリング時に悪質と判断したソースコードや施策について、ペナルティとして評価を与えます。

1. アンカーテキストペナルティ
2. キーワードスタッフィングに対するペナルティ
3. ミラーコンテンツに対するペナルティ
4. サイトスピードに対するペナルティ?

サイトを更新して、ある程度のリンクを確認しているにも関わらず、インデックスされない、特定のキーワードで半年以上同じ順位に留まっている、等の場合は上記のペナルティに該当している可能性があります。