ネタばれを含んでおりますのでご注意ください。
ボンバーマン
ポミュ
女戦士 リリー
紅蓮の炎 ベルフェル
凍土の支配者 ベフィモス
暴風王 アスタロト
雷帝 バアル
怒れる大地 モロク
浄化の光 ゾニア
闇の吐息 ベルゼバル
暗黒の救世主 ルキフェルス
魔神 サートゥス
正義の女神 ミハール
宇宙の創造者 聖邪の天使
ボンバーマン 
(CV.桑島法子) 本ゲームの主人公。ルキフェルスによって人工的に作られたブラックホールに飲み込まれた。脱出するためにルキフェルス率いる秘密結社B.H.B団と戦う。本編では台詞を一切話さないが、エンディングデモでは台詞を発する。
ポミュ
ボンバーマンが温泉惑星Ksa2から持ち帰った卵から誕生した謎の生命体で、自称「宇宙一プリティな戦士」。ブラックホールから脱出するためにボンバーマンと協力して戦う。語尾に「ミュ〜」がつく。
女戦士 リリー
(CV.宍戸留美) ボンバーマン同様にB.H.B団に捕らえられていた女海賊。本ゲームのヒロイン。エレメンタルのことを少なからず知っているらしく、物語上ボンバーマンに協力する過程でエレメンタルの話題をたびたび口にする。ボンバーマンが彼女と出会った時に目がハートになっていたり、作中でポミュが「かわいい」と言っていたところから結構な美少女であると思われる。
紅蓮の炎 ベルフェル
(CV.郷里大輔) B.H.B団幹部「時空の七騎士」の最年少。しかし作中で発した渋めの声のせいで「最年少に見えない」という声が多い。「アルカトラーズ」の下水道で立ちはだかり、ボンバーマンの持つ『炎のエレメンタル』を引き渡すよう要求する。炎を使った攻撃を仕掛ける。序盤だからと思って返り討ちにされたプレイヤーも多い。
凍土の支配者 ベフィモス
(CV.郷里大輔) 「時空の七騎士」の一人。「アクアネット」のエレベーターホールで待ち構えており、氷の銃を使った遠距離攻撃を駆使する。時空の七騎士唯一の突撃型の即死技を持っておらず、代わりに強力なレーザー「アイスレクイエム」を放つ。
暴風王 アスタロト
(CV.林延年) 「時空の七騎士」の一人。「ホライゾン」の広場に現れ、ボンバーマンを挑発した後に戦いを挑んでくる。竜巻を飛ばすなど、風を使った攻撃が得意。女性には優しいキザ男で、倒されたふりをして罠を仕掛ける卑劣な一面を持つ。
雷帝 バアル
（CV.桑島法子） 「時空の七騎士」の一人の女性。「スターライトカジノ」の舞台部屋に潜んでボンバーマンを待ち伏せする。電撃の使い手。リリーがエレメンタルの事を知っている背景を掴んでいる。ルキフェルスへの忠誠心が強く特別な感情を抱いているところがあり、作中でルキフェルスがリリーを気にしている（作戦進行の妨げになる恐れがあったから）事に嫉妬していた。内面は一途で健気な女性と思われる。
怒れる大地 モロク
(CV.郷里大輔) 「時空の七騎士」の最長老。「ネバーランド」の通路でボンバーマンの行く手を塞ぐ。正々堂々とした性格で、足場を揺らしたりボンバーマンを投げ飛ばすなど、力技を繰り出してくる。倒されると死に際に足場を破壊してボンバーマンを溶岩に落とそうとする執念を見せる。
浄化の光 ゾニア
(CV.冬馬由美) 「時空の七騎士」の一人の女性。「ハッピーラント」のジェットコースターから吹き飛ばされたボンバーマンを襲撃する。光を操る。高慢で高笑い癖があり作中で何度も発していた。戦いにおいては勝利が全てであり、モロクが信条とする正々堂々とした戦士のスタイルとは真っ向から反発している。基本的に男を見下しているがベルゼバルの事は認めていて少し特別な感情を抱いていたらしい。
闇の吐息 ベルゼバル
(CV.林延年) 「時空の七騎士」の一人。「デススター」のビル屋上でボンバーマンと相見える。ボスの中で唯一、即死攻撃を2つ使用出来る。正体は前作爆ボンバーマンに登場したマスカー三人衆の「レグルス」。前作で真のボスにボンバーマンを倒させないために共闘するなど、ボンバーマンをライバルとして強く意識している。決着をつけるためにB.H.B団に洗脳されたふりをして闇の力を授かった。
暗黒の救世主 ルキフェルス
(CV.速水奨) B.H.B団総帥。「巨大戦艦ノア」の最上階にいる。元々は宇宙海賊だったが、『聖邪のエレメンタル』を手にしてからは他の7つのエレメンタルを探し回るようになり、秘密結社B.H.B団を立ち上げた。全宇宙の征服を企てている。
魔神 サートゥス
かつて女神と対立した魔神。女神と『セブンエレメンタルナイツ』を前に敗れ去った。
正義の女神 ミハール
かつて魔神と対立し、『セブンエレメンタルナイツ』を従え魔神を封印した。
宇宙の創造者 聖邪の天使
(CV.速水奨)この宇宙の創世主。女神ミハールと魔神サートゥスが分裂する前の姿。現存する宇宙を滅ぼしたり、再び新たな宇宙を作り出したりする力を持つ、創造と裁きの天使。最後のボスというだけあって、難易度は生半可なものではない。一般にプレイヤーから通称として「ハドソンのプレイヤーキラー」と呼ばれることもある。
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