ココネ なう。

by のコアは「近接して」ということで「物理的に何かに近い」ことを表します。
この写真では男性が川辺にかがんでいますが、
The man is crouching by the river. と表現しています。

応用例として、
Stand by me.「私のそばにいて」は、
困った時など「そばに寄り添っていてね」といった感じですね。

Play by the rules. は「規則にしたがってプレーしろ」ということですが、
「規則をそばにおいてプレーする→規則によってプレーする」となるわけです。

by といえば、だれでも「そば」を連想します。
でも、「by = そば」と決め付けてしまうと、理解していると、
理解しにくい用法に出くわすことがあります。

What do you mean by that ? は、
何かとげのある発言をした相手などに「それってどういうと？」と質し(ただし)たりする際の表現です。
この by は「そば」とどう関係しているのでしょうか。

by のコアは「近接して」ということを表します。
「近接性」が by の特徴で、場所に用いられると「…のそばに」という意味になります。

物理的に「そば」ということで、
live by the ocean だと空間的に海に近いところに住んでいるということになります。
海まで電車で20分で行けるという場合も「海の近く」には違いありませんが、
その場合は near the sea で、by the sea とは言いません。

「近接して」から
「ある対象を傍らにおいて」
「ある対象に拠って」
という意味合いが出てきます。

by のさまざまな用法は、この「拠って」の延長線上で理解することができます。
I go to work by train.（電車で通勤します）は
「移動のための交通手段である電車に拠って」ということ。

They never play by the rules. （彼らはフェアじゃない）は、
ルールを傍らに置いて、ルールに拠ってプレイするということ。

We sell eggs by the dozen. （卵は1ダース単位で販売します）の by the dozen も
「（計測手段としての）単位に拠って」ということです。

先ほどの What do you mean by that? の by that も
「そのこと（今話したこと）に拠って」ということです。

The temple was burnt by Nobunaga. （その寺院は信長に焼かれた）も
「寺院が焼かれた」という事態があり、
その傍らに信長を位置づけることで、信長が寺院が焼かれたことに関与している、という推論が成り立つわけです。

by を時間に用いると「ある基準となる時間の近く（手前）」を表します。
そこで、例えば I'll be back by 5 o'clock. だと５時が基準時となり、
その基準時の近くには戻るということから、
「５時までには戻ります」という意味になるわけです。

until も「…までに」で使いますが、
by は「未来のある時点までに」、
until や till　は限界点を示し「継続状態の終点」を表します。

by は継続を表す動詞と相性が悪く，
until は瞬間的な行為を表す動詞と相性がよくありません。

そこで She will come by twelve. は自然だが，
She will come until twelve. は不自然です。

同様に，She ran until six. は自然だが，
She ran by six. は不自然です。