英語版Wikipediaで紹介されているストーリーから訳したものです。いい訳ではありませんが。


BLACKの舞台は東欧。主人公はBLACK OPS（Black Operation：隠密部隊)の一員、ジャック・ケラーである。J.J.Abrams風の語り口で、現在起こってることとの関連を持たせたかったことが、制作者によって明かされている。事件が起こってから4日後にケラーがそれについて語る形でストーリーが明かされていく。

ゲームは鎖につながれたケラーが尋問室に連れてこられるところから始まる。彼はCIAのBLACK OPS（隠密部隊）の一員で、グァテマラやコロンビア、クロアチアなどの紛争に派遣されたこともあるベテランである。ケラーの経歴は大したものだったが、少し無軌道な点があり、命令を無視する傾向があった。尋問官（その実態は明かされていない）はケラーにセブンス・ウェーブとして知られる武器密輸とテロ作戦について尋ね始める。セブンス・ウェーブは直接的・間接的に国内と海外でのテロ活動に関係している。ケラーは尋問官から、もし当局に協力しない場合、自身の存在とその行動について機密を解除され、不名誉除隊の挙げ句に刑務所で残りの人生を過ごすことになると言われた。少しためらった後、ケラーは同意して自らの行動について語り始めた。
4日前、ケラーと他の隠密部隊メンバーは東欧のヴェブレンスクでセブンス・ウェーブ本拠地を襲撃していた。作戦中、ケラーは3人の組織幹部を殺害した。そのとき、ケラーはテロリストの支配するビルにはいるなとの指令を無視して突入し、セブンス・ウェーブのメンバーを待ち伏せを喰らったのだった。しかし、待ち伏せをした男は、テロリストがアメリカ人であることに驚くケラーを殺そうとしなかった。
そのアメリカ人はCIAの汚れ仕事を行う、レノックスという。高度に訓練され、非常に危険な存在である。レノックスはカイロ爆破事件で自らの死を演じてより凶暴となった。彼は幾度と無く当局の網をかいくぐり、抹殺しようとする当局の攻撃から2度も逃れた。レノックスこそがセブンス・ウェーブのリーダーである。
ケラーの次の作戦はトレネスカ国境通過と、ヴロドニク運河横断で、基地と武器集積所を破壊した後、隠密部隊αチームのリーダーで、エージェントのマカーバーと農場にて合流することだった。事はそう簡単には運ばなかったが、ケラーは農場を制圧したのち、マカーバーと合流した。
そこからケラーとマカーバーはナズラン市の武器工場を破壊する作戦を開始した。通常の軍事攻撃では危険すぎ、政治的にも問題があると判断されたため、隠密部隊が派遣されたのだった。安全に作戦を完遂するため、彼らは厳重に警護された旧い墓地と都市を抜けることとした。それに成功した後、彼らは鉄工所を襲撃し、武器製造能力を葬り去った。彼ら二人は三人目のメンバー、ソロモンと合流した。
次の作戦はセブンス・ウェーブのリーダー達の探索を再開することだった。ターゲットの名前はヴァレンシノといい、現在、廃棄された難民施設を隠れ家にしていた。すべての抵抗を排除した後、ケラーはまたもや命令を無視し、セブンス・ウェーブ幹部を拷問してレノックスの情報を手に入れた。ケラーの裏切り者逮捕への興味は強迫観念になりはじめた。
その作戦によって集められた情報に基づき、隠密部隊のブラボーチームは港湾施設に派遣され、そこを制圧してアルファチームと合流した。しかしアルファチームは待ち伏せを受け、全滅させられており、その間にレノックスは逃亡していた。この結果により、作戦は危険すぎると判断され、中止となった。しかしマカーバーはケラーとソロモンを焚きつけ、レノックス追撃を続行させた。後になって、ケラーは再度命令違反を犯したことを知る。
三人はレノックスの居場所が廃棄された強制収容所にあることを突き止めた。そこへ向かうため、彼らはRPGや機関銃、地雷などによって極めて厳重に防備されている吊り橋を渡ることになった。橋の突破に成功した後、ソロモンとマカーバーが周囲の警戒に当たる中、ケラーは一人で強制収容所に侵入した。地上での戦いの後、ケラーは旧い監獄の地下に隠された動力システムを発見する。レノックスの親衛部隊との長い戦いが行われた後、ケラーは遂に裏切り者を抹殺できた、と信じた。
尋問官はレノックスがセブンス・ウェーブに関与していたことは最初から気付いていたことをケラーに明かした。自分たちの分析通りにケラーが動いており、彼の行いによりレノックス追跡に対する議会の圧力をそらせたと語った。ケラーは公聴会へ向かう途中で死んだことにされ、レノックス追跡へ従事できるようになる。ケラーが次の作戦への準備はできていると語ったところでこのゲームは終わる。

BLACKは三部作を予定しているゲームの一作目であるとされ、ストーリー展開の終わりで続きがあることが明らかになる。ソロモンとマカーバーの運命は不明だが、続編で明らかになるだろう。