彼らは、人類有史の遥か以前に全宇宙規模で繁栄し、銀河系に一大星間国家を築きあげ、高度な文明をもって栄えていたが、その後、この星間国家は2つの勢力に別れ戦争状態となった。

二つの勢力は互いに、直接の損害を防ぐ為の代理戦争の目的の為に、遺伝子工学を使って、それぞれが手足となるべき生体兵器・代理兵士として「巨人の兵士」を作り上げ、彼らをコントロールするために「プロトカルチャーに手を出してはならない。触れたる者は滅びる」というコードを潜在意識に組み込んだ。

なお、その分裂した一方の勢力によって作られたのが「ゼントラーディ」であり、もう一方によって作られたのが「監察軍]である。しかし、争うことしか知らない巨人達の戦争は拡大の一途をたどり、コントロールは失われ、敵に打ち勝つ為に一度は解除された上記のプログラムを再発令することは不可能となった。

そして暴走した巨人達の戦火の中で、プロトカルチャー達も犠牲となり、自らの生み出した創造物によって滅ぼされた。 地球時間でおおよそ50万年ほど過去のことである。

なお「現世人類」は、プロトカルチャーが地球に立ち寄った際に原住生物を遺伝子的に改造、将来の移民に備えて惑星環境に適応した亜プロトカルチャー人種作成計画を実行した結果、発生した種族と推測される（劇場版『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』およびOVA『マクロス ゼロ』では地球上に残されていたプロトカルチャーの遺跡が登場する）。

つまりプロトカルチャーは人類の創造主であり、祖先というべき存在である。
ファーストコンタクト時に、巨人達は地球人類のことをゼントラーディ語で「マイクローン」(＝ちっぽけな生き物)と呼んでおり、彼ら巨人達が過去にも同様な生物と接触したことが推察される。また彼らの戦闘マニュアルにはマイクローン生息星への侵攻を禁じる条項が存在したが、これが過去の他のマイクローンとの接触の教訓なのか、先述のプロトカルチャー接触禁止コードの名残なのかは不明である。

そして、地球人類が行う彼らの造物主と同じ程度の文化的創造や、男女間の感情表現を目撃した後、これを「文化を持つ敵」すなわち「プロトカルチャー」として驚愕を持って怖れるようになった。

なお「プロトカルチャー」は劇場版におけるゼントラン語でもそのまま発音されており（「文化」は「カールチューン」）、これからゼントラン語も地球語（英語）も同一の言語（プロトカルチャー語）が起源になっている物と考えられる。

---

【付記】

なお『愛・おぼえていますか』は「ゼントラーディ軍との第一次星間大戦（2009年 - 2010年）の戦勝20周年を記念して、2031年に公開された歴史映画」、つまり劇中劇として設定され、この作品中では男女で別々性別に分かれたプロトカルチャー達が互いの代理戦争の戦士として、男だけの「セントラーディ」、女性だけの「メルトランディ」の両種族を産み出したという設定とされている。

この作品が作られた背景にはゼントラーディ人の市民化が進み、宇宙移民政策による銀河播種計画も軌道に乗っている状況であったが、その過程において過剰なクローニングによる健康障害などが社会問題として取り沙汰されるようになり、この為地球統合政府は、健全な性交渉手段による（つまり「クローニング」によらない）人口拡大を１つの政策手段として推進する必要が生じ、この支援策の一環として男女の融和を主軸にした物語を用いる必要があったことが、前記作品の物語設定やプロット構成に影響を及ぼしたとされる。