秘封ぼうえんきょうはSRPG(シミュレーションRPG)に区分され、それぞれのユニットを動かすことによっていかに勝利するかが試されるゲームです。
勝利条件と敗北条件は章毎に決まっており、勝利することでステージクリアとなり次の章ヘ進むことができます。
しかし敗北してしまうとゲームオーバーとなり、タイトル画面に戻されます。そうなった場合セーブデータをロードしてやり直すこととなるので、セーブはこまめ且つデータを複数に分けておくと詰み状況を防ぎやすくなります。
やり直しあるいはリセットによるペナルティは存在しないので、初めのうちは特に気にならないようでしたら何度もやり直しましょう。

秘封ぼうえんきょうではイージー、ノーマル、ハードの基本難易度設定とそれとは別にカジュアルモード、クラシックモードをゲーム開始時に選択できます。(逆にそのデータ途中では変更できません)
イージーは敵の能力が低く、SRPGが初めてという方でもプレイしやすいようになっています。
ノーマルは敵の能力が普通で、少し戦略を立てながらプレイしたいという方向けです。
ハードは敵の能力が高く、じっくり考えながらプレイしたい方向けです。
SRPGに不慣れでしたらイージーかノーマルを推奨します。
またイージーとノーマルは自分のターン中だといつでもセーブをすることが可能なので、こまめにセーブをすることでより安全にゲームを進めることができます。
ハードはゲームの設定画面で5ターンごとにセーブできるかどうかを設定でき、また中断という再開すると消えてしまう臨時のセーブデータを作ることが可能です。

カジュアルモード（おてがる）は自軍のユニットがHP0となってしまった場合でも次の章では復活するため、ミスをしてもそのユニットを使い続けることができます。
クラシックモード（どきどき）は自軍のユニットがHP0になってしまうともう2度と復活することはなく、ロスト扱いとなり以後そのユニットを使用することができなくなります。
ユニットを失うことを恐れてカジュアルモードでプレイしても良し、クラシックモードで緊張感を味わうもよしです。
両モードどちらを選択してもゲームの内容は変化しないのでどちらを選択しても大丈夫です。
ただし、場面やキャラクターによっては例外もあります。
例えばチルノなどの妖精種族のキャラはクラシックで敗走しても一回休みのスキルにより、後のステージで復活します。
逆にカジュアルでも離脱という形でロストする例もあります。これは仲間になったステージで敗走が多くを占めます。

秘封ぼうえんきょうは主人公を宇佐見蓮子とマエリベリー・ハーンの二人から選択します。
基本主人公は強制出撃となり常時敗北条件に含まれるため、HP0になるとクラシックorカジュアルモードに関係なくゲームオーバーになります。
どちらを選んでもストーリーに大きな変更はありませんが、両ユニットその特徴が全く違う上に強制出撃なので攻略の仕方は大きく変化するでしょう。

ユニットはそれぞれ移動できるマスが決まっており、そのマスの内でしか1ターンの内に行動できません。(ステータス画面のMVの値です)
基本的に獣のようなユニットほど移動力が高く、幽霊といったユニットほど移動力が低くなります。
斜めに移動する際には2マス移動する必要があるので注意しましょう。
また移動する際には地形にも注意する必要があり、森林などといった普通では通りぬけしにくいそうな地形は移動力を多く必要とする事があります。
他にも森や水といった地形は人型のユニットでは基本侵入できません。進軍の際には地形にも注意しましょう。
なおこれらは一部のユニットであれば難なく侵入できます。
移動する先に敵がいる場合はそのマスを通った進軍が不可能になります。その敵を倒して進むかどうかを判断しましょう。
裏を返せば相手の通り道を通せん坊することもできますので活用していきましょう。

敵に接近すると戦闘を行います。基本的には敵を倒さなければクリアはできませんので積極的に敵を倒してきましょう。
攻撃する際は○○蒼弾や○○紅弾といった武器(青、赤、緑色のアイコンの武器)は物理武器に分類され、ユニットの力と守備が影響します。
魔術弾(紫色の武器)は魔法武器に分類され、魔力と魔防が影響します。
自分と敵の能力を見てどの攻撃が適しているかしっかりと判断しましょう。
また攻撃できる武器には射程というのが設定されており、これにあった数値の中で攻撃しないと攻撃あるいは反撃ができません。
相手の射程から外れた位置から攻撃することでより安全に戦うことが可能になります。
これは敵から攻撃を受けるときも同様で、射程1に武器を装備し続けていたら敵から射程1〜2の武器で一方的に攻撃されたというケースが発生します。
そして攻撃関係で一番気をつけなかればいけないのが武器を装備はおろか持っていないとこのゲームでは攻撃はできないことです。
ゲームを始めた時は特にその状況が発生するのですが、武器を持っていない時は素直に逃げましょう。何があっても勝つことができず、やられる以外の選択は残されていません。

敵からダメージを受け続けるとHPが減っていきます。HPが0になると敗走となるため、HPの回復も必要になります。
HPを回復させる手段は傷薬といった消費回復アイテムの使用や、札と呼ばれる武器を味方に使用することで味方を回復させることができます。
逆に札を持った者は自身を回復できないので他の札使いに回復してもらうか回復アイテムを使いましょう。
これら以外にも地形補正やスキルによって回復が可能ですがこれらは後述します。

全員の行動がこれでいいかなと思ったら自軍ターンを終了します。ターンを終了させなければゲーム自体が進みません。
全員が行動終了になると自動でターンが終了する、自動ターン終了のオンオフが設定画面で可能なので忘れっぽい方はオンにしておくといいでしょう。(初期設定はオン)
PlayerTurn→NPCTurn→EnemyTurn→PlayerTurn→・・・と順に進んでいき、それぞれターンが変わるごとにまた全員行動可能となります。
これを繰り返してゲーム全体が進んでいく形になります。

敵との戦闘の際、武器の名前に矢印が表示されることがあります。
これは武器の三すくみの影響を受けている状況で、有利不利が付けられています。
三すくみは物理武器である追尾、高速、大型のみに存在し、追尾は大型に強く、大型は高速に強く、高速は追尾に強いという関係にあります。
三すくみの補正はわずかですがそのわずかで戦いやすさが変わってきます。
ぜひ有利不利の相手を見極めていきましょう。

今立っているマスがどういうマスなのかの説明が画面左上に表示されます。
基本何の変哲もないマスが多いですが、先ほど述べた森林は防御+1&回避+15という効果を持っています。
このマスは侵入しにくいですがその分戦闘を有利に進めることができるため積極的に活用するといいでしょう。
また魔法陣マスはこの森林より強力な補正を得ながらターン終了時に回復もできるといった非常に優秀な地形です。。
ちなみに良い効果ばかりの地形ばかりではなくマイナスの補正を被ったり、進入することでトラップが発生する地形も存在します。
地形の特性をしっかりと見てから戦いましょう。

ユニットには所属する部隊があり、誰が同じ部隊にいるかはユニットステータスの画面の縁の色や、ユニットのミニ説明の色で判別が可能です。

青色のユニットは自軍です。
これらのユニットは全員自分が操作可能です。
このユニットたちを動かすターンはPlayerTurnと表記されます。

緑色のユニットは友軍です。
いわゆるNPCで、こちらからの操作を受け付けずにそれぞれのユニットに決まった動きを、PlayerTurn終了後自動的に行います。
友軍なので自軍を攻撃することはありませんし、こちらから攻撃をしかけることもできません。回復など札の使用は行えます。
その章が終るまでNPCのままのユニットもいれば誰かが会話することで青軍にすることができるユニットもいます。
特に後者は敵に向かって突っ込む事がある場合、勝手に進軍して敗走してしまう危険もあります。
このユニットたちが行動するターンはNPCTurnと表記されます。

赤色のユニットは敵軍です。
もちろん操作は不可能で、自軍の敵です。
勝利条件の敵の全滅とはこの赤軍を指し、赤軍がマップ上からいなくなることで勝利となります。
このユニットたちが行動するターンはEnemyTurnと表記されます。

黄色のユニットも敵軍ですが少し事情が違います。
敵ではあるが青軍にも赤軍にも所属しない、つまり第3勢力です。
なので自軍に攻撃してきますが、赤の敵軍とも敵対関係にあります。
また、難易度によるステータス調整がされないことが多く、基本的に赤軍よりも強い傾向があります。
黄軍のターンは赤軍より先に回ってきます。
黄軍が存在するマップは少ないですが、敵の全滅はこの黄軍の全滅も含まれます。
このユニットたちが行動するターンはNPCTurnと表記されます。

秘封ぼうえんきょうでは能力上昇がレベルアップによる上昇やドーピングアイテムが主となります。
レベルアップによる能力上昇はユニット毎の各能力それぞれに決められている確率によって上がりやすい能力と上がりにくい能力がはっきりとしています。
能力上昇が運によって左右されるため時にうまく能力が上がらず不満に思うかもしれません。
それを補うことができるのがドーピングアイテムです。ドーピングアイテムは消費することでレベル上昇に関係なく能力を上昇でき、運に左右されない能力の補強が可能となります。
ただしドーピングアイテムは入手が限られるのでここぞで取っておくも良し、その一方で早めに使ってゲームを円滑に進めるも良しなので使用タイミングは見極めましょう。

攻略の指針のページでも触れられているがこのゲームではLv20以上には自力でレベルを上げることができません。
「進化の宝玉」を使いクラスチェンジすることで、更にレベルを上げることが可能となります。
詳しい説明は攻略の指針を見ましょう。

武器は誰しもがすべて使えるわけでもなく、ユニットごとにどの武器が使用できるかユニットデータ画面の左下に表示されています。
また武器には武器レベルが設定されています。
武器を調べることでその武器のレベルが表示され、先ほど述べた扱える武器のアルファベットのランク以上でなければその武器を扱えません。
(E→D→C→B→A→S→SSの順です)
武器レベルは武器レベルの高い武器を使うほど成長しやすいのでお金と相談しながら積極的にレベルを上げておくといいでしょう。
武器レベルを上げることで攻撃に関するボーナスも得られます。

秘封ぼうえんきょうではお金を稼ぐ方法がアイテムを売る以外に存在しません。
換金アイテムと呼ばれるアイテムを売るのが一番効率のよいお金の稼ぎ方になりますが、これらはなかなか入手できないものなので時には使わない武器やアイテムを売るといったことも必要になるでしょう。

ゲームを進めるとお店が使用可能になります。
お店では武器やアイテムを整える大事な場所で、壊れてしまったり耐久値の落ちた武器の修理なども請け負ってもらえます。
ただし修理は通常の購入より割高になるので注意しましょう。
同じ武器を使い続けるメリットは攻略の指針の武器の撃破数にかかれています。

最初は片手で数えられるほどの仲間しかいませんが、ストーリーを進めていくことで仲間を増やしていくことが可能となります。
その手段はストーリー中に強制で仲間になる、援軍として戦ってくれているところを誰かで話しかける、敵として現れるが特殊な条件を達成することで説得あるいは加入させるといったものがあります。
ストーリーの中でそのヒントが隠されている時があるのでストーリー中の会話にも注視してみるといいかもしれません。
基本的に仲間が多いほうが戦略の幅が生まれてくるので出来る限りであればユニットを加入させましょう。

秘封ぼうえんきょうにはそれぞれユニットが持つスキルというものがあります。
スキルは能力値とは別にそのユニットを特徴づけるものとなり、中には能力が弱くてもスキルのお陰で戦いやすいといったユニットも存在します。
スキルには常時発動するタイプと確率によって発動する2種類があり、確率発動のスキルはユニットの能力値によってその確率が変化します。
ゲーム序盤では発動しなかったスキルも後半になって能力が上昇すると発動しやすくなるものもあるので、ゲーム後半ほどスキルの重要性が増してきます。
スキルはスキルのページにそれぞれのスキルの効果の詳細がかかれてあります。

スキル欄にはそれぞれユニットごとに決まった空スロットがあります。
絵巻と呼ばれるアイテムを使用することで新たなスキルを得ることができます。
絵巻に関してやその入手法に関しては読学一覧のページが詳しいです。

2ユニットが隣接している状態で共鳴を選択することで共鳴が可能となります。
共鳴することによってその2ユニットは1ユニットとして扱われ、前衛と後衛一緒になって行動します。
一度共鳴しても再度下ろすという形で後衛ユニットを下ろすことができます。
前衛は後衛から能力値の補正を受けることが可能となり、能力値を強化することができます。
後衛は基本的に戦闘に参加せず、前衛に守ってもらい安全を確保することができます。
前衛後衛の交代は常時可能で、前衛が危ないと思ったら後衛に切り替えて戦うといった戦略を取れます。
しかし共鳴によるデメリットもあり、共鳴することでユニット全体の数が減ってしまい、手数が足りないといったケースが発生することがあります。
また共鳴中は獲得経験値が下がってしまうため育成に遅れが生じます。

共鳴はどのユニットでも行うことが可能ですが、三位一体は決まった三ユニット同士が3人で共鳴を行うことで1ユニットとして扱われる強力な共鳴です。
基本ルールは通常の共鳴と同じで、前衛のみが戦います。能力の補正は後衛二人から受けることができるのでより能力の高いユニットが完成します。
ただし通常の共鳴以上のデメリットを被るので常に安定した能力を保持するか、手数や育成を優先させるかは判断しましょう。

出撃準備段階で予め共鳴、三位一体する方法です。
固定共鳴することにより、出撃枠を空けることができより多くのユニットを出撃することが可能となります。
しかしこれにも当然デメリットがあり、ステージ内でこの固定共鳴を解くことができなくなり、育成に自由が効かなくなります。

予め決められている仲の良いユニット同士が近くにいる状態で戦闘を行うことで戦闘を有利に進めることができるシステムです。
詳しくは支援効果のページにて。

Switch版には大妖精、小悪魔、朱鷺子によるチュートリアルがついています。初心者の方は必ず目を通しておきましょう。
必要がなければ環境設定からチュートリアルをオフにできます。
また、会話において重要な台詞は色付きでマーキングされます。とくに黄色は仲間の加入などかなり重要です。