MMDでレンダリングした動画ファイルを 外部ソフトで加工する事で、
MMDだけでは実現できないエフェクトをかけたり、映像を合成したりできるよ
クロマキー合成 
(プルート氏による)とある妹達 AviUtlでMMDモデル全数万体を踊らせる方法普通はMMD上で扱うモデルを増やしすぎると非常に重くなりますが、上記動画の手法を用いることで
背景とモデルの視野角を変えて撮影したり、それぞれを異なる色調に変えることができます。
また、AviUtlのプラグインの中には「フレーム移動時に音を鳴らす」というものが存在し、このプラグインを導入することでMMD同様にAviUtlでも編集時のフレーム移動の際に音を鳴らすことが可能となります。
AviUtl 配布サイト
映像分割
ニコニコは容量制限があるから、長編動画を作った後分割した方がいい事があるよ