MMD紳士動画製作wiki

長所: 無料。強力。MMD界の定番だったため、直接使える参考記事が豊富
短所: 初心者にとっては、プラグイン類の導入とか意外と躓きポイントがあるかも

「MMD AviUtl」等でぐぐると、色々ノウハウ記事がでてくるはず。
ニコニコで検索すると、色々ノウハウ動画がでてくるはず。

(プルート氏による)とある妹達　AviUtlでMMDモデル全数万体を踊らせる方法

普通はMMD上で扱うモデルを増やしすぎると非常に重くなりますが、上記動画の手法を用いることで
背景とモデルの視野角を変えて撮影したり、それぞれを異なる色調に変えることができます。
また、AviUtlのプラグインの中には「フレーム移動時に音を鳴らす」というものが存在し、このプラグインを導入することでMMD同様にAviUtlでも編集時のフレーム移動の際に音を鳴らすことが可能となります。
AviUtl 配布サイト

ゆっくりMovieMaker4 | 饅頭遣いのおもちゃ箱
実は使ったこと無いけど、知る限り基本機能もあなどれない。

プロ御用達のPremireに喧嘩を売れる性能のくせして、無料版がある。
MMD用に使うなら無料版で十分そう。

一般的な映像編集用途を今望むなら　とても強力な選択肢かも。

筆者は昔仕事で使ってたけど、プロの定番になるだけの事はある。
エフェクト類は別ソフトの「Adobe AfterEffect」に頼ることになる。

AfterEffectの見栄えするエフェクト類やプロ定番ならではのノウハウ類は魅力的。
とはいえ、MMDのためだけに購入を進められるようなお値段じゃないかも。

凄く単純だけど、ニコニコは容量制限があるから、長編動画を作った後分割した方がいい事があるよ
ちなみにエンコードの項目で触れられているような容量制限を回避する目的でも使うことがありそう。