会社の合併とは２つ以上の会社が合併契約を結んで権利義務等を包括承継させる行為で、合併により消滅する会社の権利義務の全部を合併後存続する会社に承継させる吸収分割（会社法２条２７号）と合併により消滅する会社の権利義務の全部を合併により設立する会社に承継させる新設合併（会社法２条２８号）の２種類があります。
　株式会社、合同会社、合名会社、合資会社のどの組み合わせでも合併できますが、特例有限会社や清算中の会社は消滅会社にはなれるが存続会社になる事はできません。
　合併は消滅会社においては従前の会社が消滅してしまい、承継会社においても合併対価と引換えに権利義務を包括的に承継するというリスクが発生するので両当時会社の株主・債権者とも保護手続きが用意されています。

１．取締役会での合併契約書の承認
　　　合併契約書の締結、官報公告の手配
　　　　　　　　　　　　　　↓
　２．官報への合併公告、株券提供公告、債権者への個別催告
　　　合併契約書等の事前備置
　　　　　　　　　　　　　　↓
　３．株主総会招集通知及び株主・新株予約権者等への通知
　　　　　　　　　　　　　　↓
　４．株主総会での合併契約の承認決議
　　　　　　　　　　　　　　↓
　５．債権者異議申述期間の満了
　　　　　　　　　　　　　　↓
　６．合併契約の効力発生日、合併に関する事項の事後開示
　　　　　　　　　　　　　　↓
　７．変更登記、解散登記の申請

　以上の中で、債権者保護手続きや株券提供公告手続きには１ケ月を要し、また公告の手配にも通常２〜３週間要しますので、最短でも計画から登記申請まで２か月はかかると考えた方が良いと思います。登記申請後、登記が完了するまでに更に１週間〜１０日程度要します。

　合併の効力が発生すると、存続する会社においては変更登記を、消滅する会社においては解散の登記をする必要があります。存続する会社の変更登記の登録免許税は次のとおりです。
　増加した資本金の額の１０００分の１．５（消滅会社の合併直前における資本金の額として財務省令で定める額を超える部分については１０００分の７）　以上により計算した額が３万円以下の場合は３万円
　消滅する会社の解散登記の登録免許税は３万円です。尚、消滅する会社の本店が存続する会社と別の管轄の場合でも存続する会社の管轄登記所に変更登記と解散登記を一緒に提出します。この場合の解散登記の宛先は解散する会社の管轄登記所御中と記載して、存続会社の管轄登記所が調査した後に解散する会社の管轄登記所に送付します。

　存続する会社に関する書類
１．合併契約の承認に関する議事録又は証明書
２．債権者保護手続を証する公告及び催告証明書
　（異議を述べた債権者がいる場合は当該債権者の弁済金受領書等又は債権者を害するおそれがないことを証する書面）
３．資本金計上証明書
　消滅する会社に関する書類
４．消滅会社の登記事項証明書
５．合併契約の承認に関する議事録又は証明書
６．債権者保護手続関係書面
７．株券発行会社については株券提供公告を証する書面
８．新株予約権発行会社は新株予約権提供公告を証する書面
　その他
９．合併契約書
10．合併に主務官庁の認可が必要な場合は主務官庁の認可書
11．簡易又は略式合併の場合は要件を証する書面
12．登録免許税の算定根拠を明らかにする書面
13．合併により役員が変更する場合には役員変更関係書類

１．合併認証手続き

* 法人は、他の特定非営利活動法人と合併することができます。 * 合併するには、定款に特別の定めがない場合、社員総会において社員総数の４分の３以上の多数をもって決議しなければなりません。 * 社員総会の決議を経た後、都道府県の認証を受けなければ合併できません。 * 都道府県は、法人から合併認証申請があった場合、法人設立申請の場合と同様に、公告及び２か月の縦覧後、原則として２か月以内に認証、不認証の決定をします。 * 合併の登記が完了したら、遅滞なく登記完了の届け出をしなければなりません。 * ただし、他県に新たに事務所を設置する場合等所轄庁の変更を伴う合併の場合は、所轄庁の変更を伴う定款変更の場合と同様の手続きとなります。