ニスカリマ連邦共和国の行政機関は国家行政組織整備法に基づき、大きく上位連邦機関と下位連邦機関に分けることが可能である。
上位連邦機関 
- 連邦首相府
- 連邦議会議長
- 連邦憲法裁判所
- 外務省
- 財務省
- 国防省
- 経済・労働省
- 教育・研究省
- 農林水産省
- 国土開発交通省
- 自然・環境省
- 法務省
- 総務省
- 連邦保安情報局
- 連邦航空宇宙局
- ニスカリマ銀行本店
下位連邦機関
| 名称 | 主務連邦省 | 所在地 |
| 国税庁 | 財務省 | モルベラント |
| 軍備装備庁 | 国防省 | カサブランカ |
| 労働委員会 | 経済・労働省 | モルベラント |
| 特許庁 | 経済・労働省 | モルベラント |
| 中小企業庁 | 経済・労働省 | モルベラント |
| 労働基準監督署 | 経済・労働省 | モルベラント |
| 文化庁 | 教育・研究省 | モルベラント |
| スポーツ庁 | 教育・研究省 | モルベラント |
| 研究・技術庁 | 教育・研究省 | モルベラント |
| 水産庁 | 農林水産省 | モルベラント |
| 林野庁 | 農林水産省 | モルベラント |
| 農林水産技術会議 | 農林水産省 | モルベラント |
| 国土地理院 | 国土開発交通省 | モルベラント |
| 自転車庁 | 国土開発交通省 | ニルデン |
| 海難審判所 | 国土開発交通省 | ニルデン |
| 観光庁 | 国土開発交通省 | ニルデン |
| 気象庁 | 国土開発交通省 | モルベラント |
| 運輸安全委員会 | 国土開発交通省 | モルベラント |
| 鉄道省 | 国土開発交通省 | ニルデン |
| 航空省 | 国土開発交通省 | モルベラント |
| 海上安全整備局 | 国土開発交通省 | モルベラント |
| 都市開発審査局 | 国土開発交通省 | ニルデン |
| 自然保護庁 | 自然・環境省 | ニルデン |
| 放射線防護庁 | 自然・環境省 | モルベラント |
| 検察庁 | 法務省 | モルベラント |
| 出入国在留管理庁 | 法務省 | モルベラント |
| 公安審査委員会 | 法務省 | モルベラント |
| 公安調査庁 | 法務省 | モルベラント |
| 消防庁 | 総務省 | モルベラント |
| デジタル庁 | 総務省 | モルベラント |
| 国家公安委員会 | 連邦保安情報局 | モルベラント |
| 警察庁 | 連邦保安情報局 | モルベラント |
| 連邦高等保安局 | 連邦保安情報局 | ニルデン |
| 連邦情報局(CI7) | 連邦保安情報局 | ニルデン |