ヒヴァ・ハン国の時代から中央アジアでは綿花栽培の拡大の為、運河の必要性が提案されてきた。
アムダリヤ川・シルダリヤ川を水源として灌漑用水路を建設したがこれらは手掘りで河床対策が施行されなかったため、大半の水が無駄に砂漠に吸収され土壌の塩類集積・沼地化が進んだ。これらにより、流量が激減した両河川は、アラル海を大きく減少させた。
1990年代より、
カラカルパク人民共和国政府は、アラル海の減少に危機感を持っており、トルクメン政府に改善を要求している。しかし、カラクム運河は、トルクメンの重要な水源になっている為、解決には至っていない。