システムクリエイト

この点に関しては圧倒的に独自店の自由度が高いです。自分で好きなように作成できます。
自分のPCで作成して、それをそのままFTPでサーバーへアップすればＯＫです。

モールの場合は、基本的にウェブ上でモールの「ページ編集」ページにアクセスして、ページを作っていくことになります。
そしてある程度限定された範囲内でページ作成していくことになります。限定された範囲内でオリジナリティのあるページ作成するとこになります。

ここで注意して頂きたい点は、モール側の説明で「ページ編集」機能がありますので、ホームページ作成に関する知識もHTMLについての知識がなくても、つまり初心者でも出店できます、と説明されていますが、私の経験上モール出店をしてもホームページ作成・HTML共に基本的な知識がないと非常に苦労されると思います。
したがって、モールに出店する場合でも、ホームページ作成力やHTMLの基本的な知識は必要となります。