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• Debian User Forums / Howto change the grub2 keymap
• Debian Wiki / Keyboard
• Ask Ubuntu / 2012-06-24: Changing TTY keyboard layout on a server?

以下のようにして .gkb ファイルを生成する。

# mkdir /boot/grub/layouts
# grub-kbdcomp -o /boot/grub/layouts/jp.gkb jp

grub-kbdcomp は以下のようにしても結果は同じ

 ckbcomp jp | grub-mklayout -o /boot/grub/layouts/jp.gkb

最小構成にした場合は
(console-setup パッケージから depends されてる) xkb-data パッケージの /usr/share/X11/xkb/symbols/jp が処理されてた。

/etc/default/grub に以下の1行を設定(at_keyboard でないと keymap を変更出来ない？)

GRUB_TERMINAL_INPUT=at_keyboard

/boot/grub/custom.cfg に以下の2行を設定

insmod keylayouts
keymap jp

このファイルは /etc/grub.d/41_custom で処理され、/boot/grub/grub.cfg から読み込まれる設定が追加される。
keylayouts モジュール は keymap 追加コマンドを提供し at_keyboard の keymap を変更する。
keymap コマンドは / で始まらないパラメータが与えられると、拡張子 .gkb を付加したファイル名のファイルを /boot/grub/layouts 以下から開く。

最後に以下のようにして grub.cfg を更新しておく。

# update-grub

なお at_keyboard になっていると、起動時に shift 押す事により menu を強制的に表示する動作が上手く行かないかもしれない。
この場合 esc または shift + esc で表示出来るかもしれない。

以下の2パッケージが必要。

• console-data
• keyboard-configuration

以下のようにすれば設定画面で再設定出来る。Japanese とか jp105 とか OADG109A とか選択しておけばよい。

# dpkg-reconfigure console-data
# dpkg-reconfigure keyboard-configuration
# service keyboard-setup restart

追記: 2015-06-08
Ubuntu 14.04.02 LTS では /etc/default/keyboard に

XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="jp"
XKBVARIANT="OADG109A"
XKBOPTIONS=""

と書いておいて setupcon を実行するようだ。

2019-05-11: 追記
一時的に変更する場合なら以下のようにしても良さそう。

loadkeys jp
loadkeys us

/etc/initramfs-tools/modules に以下のモジュールを追加

usbcore
uhci_hcd
ehci_hcd
usbhid

あとは以下のようにして initrd を更新しておく。

# update-initramfs -u

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