【Tera Term】
ターミナルソフトの定番ですね。

【poderosa】
最近使い始めたターミナルソフト
タブで扱えるのと、Cygwin と連動するのが便利。
使って見ると、Tera Termよりは使いやすい。かな。

【Cygwin】
UNIXのさまざまなフリーソフトウェアをWindowsに移植したものです。
あんまり使わないけど、無いと困るときがあるので・・

【3CDaemon】
3Comのツール。syslog、TFTPクライアント、TFTPサーバ、FTPサーバがセットになっていて
とっても便利。
TFTPクライアントに3CServerを使うなら、こっち使っちゃえば。ってかんぢ。

【TCP Monitor Plus】
Windows用のTCP/IPネットワークモニター
インストールの必要なく、レジストリーもいじらないのに多機能。

【Ethereal】
フリーのパケットアナライザー

【Wireshark】
Ethereal が Wireshark へ名称変更したそうな・・・

【DF】
diffツール。軽い！簡単！

【Diffrencer】
これもdiffツール。DFにちょっと機能を追加したい時に...

【ExPing】
複数のアドレスに対してpingを実行可能なソフト

【サクラエディタ】
とにかく使いやすい、フリーのテキストエディター
「矩形(クケイ)範囲選択」機能が、ホント最高！

【cidr】
サブネット計算ツール。シンプルで日本製

【IP Subnet Calculator】
これもサブネット計算ツール。ビットまで計算してくれます。

【GetPass】
ルータパスワードデコーダ
Ciscoコンパチブルルータタイプ7パスワードを解読するユーティリティ。

【sidetelnet】
TELNET接続による、マクロツールです。
TELNET接続しか出来ないのは難点ですが「tera termマクロ」や「windows bat」を作るのがめんどくさい時や、わからない人にはGUIで設定出来るので最適です。
私も初めて使ってみましたが、そこそこ便利ですよ。

【UWSC】
マウスとキーボード入力をスクリプト形式で記録して再生するソフトです。
同じようなツールとして、ロケットマウスがありますが、こっちはシェアウェア(3週間試用期間あり)ですが、初心者向きです。
(UOやってるとき寝マクロで使ってました。。。)

【cacti】
MRTGより良いという噂のグラフツール。
ボクはWindows2000に導入したんですが、ここをすごく参考にさせて頂きました。
※ただ、ここだけの説明では、PHP5＋MYSQL5 が使用出来なかったので、最新パッチ当てて、公式HPのインストール方法を見て出来るようになりました。
Plug-Inも入れてみたいなぁ〜とは思ってますが・・・

【Windows 2000 で NTP サーバー を構築する。】

【NetSaint】
ネットワーク接続されたホストや、ホスト上で動作しているサービスの動作状況を監視し、指定された監視タイミングでステータスを収集するツール
使ったこと無いけど、なんか楽しそう・・・

【D-ITG】
Engage Packet builder同様、テストパケットを生成できるトラフィックジェネレータ。
でも使ったこと無い・・・(　；∀；)

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以下は、日経NETWORK 2004年10月号「特集１：そろえておきたいフリーソフト」から抜粋した内容です。
http://itpro.nikkeibp.co.jp/NNW/index.html

そろえておきたいフリーソフト
日経NETWORK特集記事より

目的１　LAN内にある機器のアドレス・リストを作る

AddChecker
LAN内の指定したIPアドレスの範囲内を調べ、存在を確認した機器のIPアドレス、MACアドレス、コンピュータ名を表示する。

DomainView--
LAN内にあるWindowsパソコンの各種アドレス情報をワークグループ単位で収拾し、一覧表示する。

NetEnum
IPアドレスなどに加え、Windowsネットワークの情報を収集するツール

Network Watcher
LAN上にある複数のWindowsパソコンの稼動状態を一覧表示するツール

ネットブラウザ＋＋
Windowsネットワークの一覧表示ツール。パソコンの遠隔起動／終了も可能

目的２　不要なポートが開いていないかを調べる

PortScanner ver.1.11
サーバー・ソフトが待ち受けているTCPポートを確認するポート・スキャン・ツール

目的３　回線のスループットやダウンロード速度を測る

Line Speed Tester
インターネットの接続回線速度を精密に測るためのソフト。大小二つのファイルのダウンロード時間を計る

ポート速度ベンチっち
本来はルーターやスイッチなどのLAN機器のスループットをベンチマークするソフト。アクセス先でサーバー・ソフトを動かせばWAN回線の速度測定にも使える

HPSpeed
Webアクセスの速度を計測して、結果をグラフ化するツール

Nana
回線トラフィック負荷テスト＆スループット測定ツール

NetMi
パソコン間で任意のサイズのパケット（TCP/UDP）を送受信し、速度を測るツール

目的４　裏で勝手に通信しているプログラムを探し出す

スタートアップチェッカー
Windowsのスタートアップ項目に登録されているプログラムを確認したり削除できる

サービスチェッカー
インストールされているサービスを一覧表示して、起動状態を確認したり変更できる。

ポートモニター
どんなプログラムがTCP/UDPのどのポート番号を使って通信状態にあるかを表示する

TrayMeter
タスク・トレイ（画面の右下）に常駐し、現在の送受信データ量などを表示するツール

サービス情報収集ツール
サービスの状態や起動設定をCSV形式のテキスト・ファイルに出力するツール

スタートアップエディタ
スタートアップに登録された項目の追加／削除／編集用ツール

目的５　クラッカに破られにくい安全なパスワードを作る

Password Evaluation Soft
自分が作ったパスワードをさまざまな角度から検証して採点する

56wz（ゴロワーズ）
語呂合わせで覚えやすいパスワードを作成する

Cain & Abel
強力なパスワード・クラック・ツール（管理者権限で使うこと）

ID Manager
複数のパスワードを一元管理するソフト。入力支援機能や自動生成機能を備える。

u15
USBメモリーをパスワード代わりに使えるようにするソフト

目的６　不正パケットの送信元がどこの国かを調べる

一網打尽
IPアドレス管理機関（APNIC、ARIN、LACNIC、RIPE）が管理しているIPアドレス割り振りデータベースから世界各国・地域のIPアドレス範囲を検索する

AirG_PC監視2
外部からのアクセスを監視してリアルタイムに表示するツール

Snoop Whois
複数のサーバーに連続して問合せが出来るWhoisクライアント

Snort
ネットワーク型侵入検知ツール（IDS）。不正アクセス元のIPアドレスなどを記録できる

目的７　テストなどのために加工したパケットを送る

Engage Packet builder
自分で好きなようにパラメータを設定してTCP/UDP/ICMPパケットを送信できる。スクリプトを使って連続的にパケットを送信することも可能

目的８　プロトコル動作の確認にダミー・サーバーを立てる

鯖男
サーバーの動作を手動で模倣できるソフト。クライアント・ソフトがサーバーに対してどんなコマンドを送っているかを見たり、それに対して応答を返したり出来る

目的９　巨大ファイルを手軽にやり取りする

sHTTPd
一時的にファイルを公開する目的などで使えるWebサーバー・ソフト。レジストリなどは一切いじらないのでアンインストールが簡単。WebサーバーだけでなくFTPサーバー機能も備える

目的１０　面倒なサブネット計算をパソコンに任せる

cidr（サイダー）
IPアドレスと、サブネット・マスク、マスク長、ホスト数のいずれかの組合せから他のアドレスやネットワーク・アドレスやブロードキャスト・アドレスを計算する

汎用ツール　自分好みのツールを揃えて最強の道具箱に仕立てよう

Internet Test Tools
ping、multiping、traceroute、nslookup、ポート・スキャンの機能をそろえた統合ネットワーク・ツール

3d Traceroute
実行結果を3Dグラフで表示するtracerouteツール。ポート・スキャンやポート監視などのツールも備える

CzWTime
NTP/SNTPに対応した時刻合わせツール。timeとdaytimeプロトコルにも対応している。時刻のずれをログとして記録する機能も備える。レジストリを変更しないのでアンインストールが簡単

DiCE
ダイナミックDNSクライアント。動的IPアドレスでドメイン名を使うための必須ツール。国内外の数十以上もの主要なダイナミックDNSサービスに対応しており、Windows向けとしては唯一無二の存在

EditMTU
ADSLやFTTHなどのブロードバンド回線利用時に、1回に送り出すパケットの最大サイズなどを調節するMTU調整ツール

EPDエポックパケットディテクター
国産のパケット・キャプチャ・ソフト。キャプチャしているパケットをプロトコル別にリアルタイムにグラフ表示したり時間ごとの統計を表示したり出来る。SMTPのパケットを繋ぎ合わせてメールとして表示する機能などもある

FFFTP
国産FTPクライアントの代表的存在。機能や安定性の点でこのソフトを選んで間違いは無い。

IP Messenger
LAN用メッセンジャ・ソフトの定番。最新版のバージョン2以降では、WindowsやMacOSなど異機種間で簡単にファイルを交換出来る

Irvine
HTTPとFTPに対応し、レジューム機能を備えたダウンロード支援ツール

Network Notepad
ネットワーク構成図を作成するための専用ツール

X-Lite
IP電話で使うSIPに対応したクライアント・ソフト。IP電話のトラブル時にパケットをキャプチャする目的などに利用できる

あいぷっち　ぷらす
現在のネットワーク設定を保存・復元するネットワーク環境切り替えツール。TCP/IPの設定、hostsやlmhostsファイル、IEのプロキシ設定などを保存出来る

ネットワークユーティリティ
ping、ipconfig、route、tracert、netstat、nbtstat、arp、net sendの8個のネットワーク・コマンドをまとめた総合ネットワーク・ツール