Protein structural analysis room Japan

私たちは現在、あと1ヶ月ほどで始まるCASP8に間に合うよう、Rosettaの新バージョンに全力で取り組んでいます。私たちはいつもより速く新バージョンをテストする必要があり、Rosetta＠homeを維持したままそれを可能にするために、テストサーバーであるRALPHを活用したいと考えています。そういうわけで、もしテストレベルにあるコード（クラッシュする頻度がわずかに高くなっています）を許容する気がある方は、どうかRALPHにサインアップしてください。（1週間で数回変更があり実行ファイルが更新されると思われるので、おそらく高速なネットワーク接続環境があったほうがよいでしょう。）すでにRosettaとRALPHに割り当てをしている方は、RALPHの割り当て時間を増やしていただくと助かります。これらの調整は来月までの限定です。これが終わった後には、CASP8のターゲットに使用されるRosetta＠homeのためのすばらしい新しい改良版Rosettaができているはずです。ありがとう！

Rosettaゲームが公開されようとしています！ 他の参加者を負かして世界ランキングを苦労して上げてみてください。それが同時に、CASPや世界中の人々を救う新しいタンパク質の設計に用いられる技術を磨くことにつながっています。
ここでダウンロードしてください。
http://fold.it/boinc
それではお楽しみください！

David Kimが、"RosettaとRosetta＠homeに関する記事"のページを更新しました。
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_articles.php
もし私たちが見落としている記事があればお知らせください。リストに追加します。

再掲します。Rosettaゲームはあと数週間のうちに公開される予定です（この件についてあなたのお気に入りの新聞で読めるとよいのですが）。すぐに試してみて、ライバルたちを打ち負かしてください！

CASP8が始まりました！ CASP8のターゲットはまもなくあなたのスクリーンセーバーに現れるので、探してみてください！

再度申し上げますが、みなさんの貢献は、タンパク質構造予測の最新手法をテストするために非常に貴重なものです。CASP7の結果は、科学誌Natureの記事を含むいくつかの科学論文で発表されました。そして私たちは、最も低いエネルギーモデルを発見した参加者の名前を必ず記します。より一般的に言えば、みなさんの計算結果は最新のタンパク質構造予測において現在可能なものが何かを、世界に知らせることになります。

Rosettaゲーム「foldit」は木曜日に公開します。あなたのお気に入りの新聞で何かを見られるとよいのですが。いずれにしても、ライバルたちを打ち負かすため、すぐに参加してください！

David Kimは、もう1つ驚くべき難しい離れ業をやってのけました。私たちの自動化された構造予測パイプラインであるRobettaは今では時間集約的な「abrelax」計算のためにRosetta＠homeを使用するようになります。これは、Robettaが正確さを改善するために欠かせない高解像度の改良を実現する、最初のことです。結果は特に広く関心のあるものになるでしょう。なぜなら、もし成功すれば、完全自動化されたプロトコルが、多くの異なるグループによって、多くの異なるタンパク質にて実行できるからです。Rosettaのコードの全ては自由に入手できるので、タンパク質の特定のセットに興味のある機関は、もしCASP8でのみなさんの計算結果に頼ることを望むのであれば、構造予測を行うためにRobettaを使うことができます。

RosettaゲームFoldItは、昨日稼動を始めました。そして、見たところ今日の昼までに9000人が登録したようです。それを見て非常に興奮しました！ 競争は激しくなっています。そして私の息子は（正確には）私の提案は全て自分の点数を良くするどころか悪くしている、と文句を言っています！ 私たちは昨日午後にスラッシュドットにFoldItが取り上げられてからずっと、サーバーについて祈り続けています。これまで、若干の速度低下はあったものの、ほとんどの時間は稼動させつづけることができました。

CASP8は先週に少数のターゲットがリリースされてゆっくり立ち上がりました。そして今週はより多くのターゲットがリリースされることが予想されます。大量のCASP8用ワークユニットが見られない理由は、私たちが過去2年間にわたり開発してきた新しい構造予測プロトコルの全ての最終的なベンチマークを新しいminiRosettaコードフレームワークによって行っているためです。テストはCASP7のターゲットで行われています。私たちは、新しい手法のうちどれがCASP8のターゲットに対して最良であるかを決定したいと思っています。（そうです、できることならCASP8が始まる前にベンチマークを完了しておきたかったのですが、やることが多すぎました！）テストは月曜か火曜には完了していなければなりません。そしてこれらの結果に基づいて、現在実行されているテストが最も成功しているように見える手法を使って、来週に最初のCASP8用ワークユニットを送信する予定です。

タンパク質の構造予測手法を改善するための私たちの成果に対して、みなさんの貢献がどれほど重要であるか、を私は十分に強調できません！ 私たちが手がけてきたものへの潜在的改善については、多くの考えがありました。しかし私たちが実際に真実により近づいているかどうかを知るための唯一の方法は、厳しいテスト（構造が既知であるCASP7のターゲットは、完全なテスト用セットです）を行うことであり、これはみなさんの貢献無しでは絶対に不可能なのです！

James ThompsonとAndrew Leaver-Fayは、（特にこの春では非常に珍しくシアトルは晴天に恵まれたのに）この週末に立派にも仕事をして、何人かのコンピュータ上で新しいminiRosettaのコードがうまく動作せずに、ここまでに出たCASP8のターゲットに対しての大規模なminiRosettaによる計算が開始できなくなっていた問題を調査しました。問題はminiRosettaのコードではなくコンパイラにあることが判明しましたが、突き止めるのは特に難しかったです。
この問題の修正により、あなたのコンピュータでminiRosettaによるCASPの計算が実行されているのがまもなく見られることでしょう！

最初のCASP8ターゲットの予測が、本日提出されました！ これから7月末にかけて、1〜2日ごとにターゲットが出てくるはずです。クランチを続けてください！ CASP7を経験した方ならご存知のように、CASP実験がこの秋に評価されるとき、私たちはどの程度良くできたのかを全て知ることになります。

CASP8は、現在真っ最中です。私たちは今後2ヶ月間ほぼ毎日予測に挑むことになります。大きな計算作業を維持していただくとともに、どうか友人や親類を誘ってみてください。私たちはなんでも援助を必要としています！ありがとう！

CASP8はちょうど半分が終わり、真の挑戦とは流れ込み続ける全てのターゲットに遅れをとらないことであることが分かりつつあります。今週初めにリリースされたワークユニットが問題を起こしたことについて、おわびします。これらは、私たちがこれまでに行ってきた多くの類似した計算に基づいての予期が全くできなかったのです。CASPは、私たちがCASPへの挑戦を完了するのと同時並行でテストしようとしている構造予測手法の改善のための多くの新しいアイデアを刺激しています。それゆえに、CASPタンパク質と一緒に若干の非CASPワークユニットが見られるでしょう。みなさんの貢献に改めて感謝します！

おそらく気付いたでしょうが、CASP8ターゲットの多くは実に巨大なタンパク質でした。ここ数日間で、およそ5つの新しいターゲットがリリースされましたが、全てアミノ酸は150以下です。私たちはこれらの構造を非常に正確に予測する可能性に非常に興奮しており、これから数週間はこれらのタンパク質のワークユニットが多く見られることでしょう！