Protein structural analysis room Japan

現在のテスト用セットは終わりました。最後のdtasser_testシリーズのワークユニットが今夜送信されます。それらが戻ってくると、さらに2セットを送信します。1つ目は、homogeneous redundancyがdTASSERに必要かどうかを確かめるためです。2つ目は、動的メモリ割り当てとより小さな出力ファイルをもつdTASSERの新バージョンをテストするためです。

原文： http://predictor.scripps.edu/

注：「there was work...」メッセージの数が減るかどうかを確かめるため、homogeneous redundancy（一様な冗長計算）を無効にしました。

原文： http://predictor.scripps.edu/

ログを見ると、あまりに多くの人々が「there was work but it was for other platforms」メッセージを見ているのは明らかです。現在、共有メモリのサイズは100スロットに設定されています。金曜日に私たちはこれを500スロットに増やそうとしており、これによってみなさんが仕事を取得するまでの試行回数を減らすことができればと思っています。

原文： http://predictor.scripps.edu/

注：もしあなたのマシンがWindowsを動かしていて、最近クライアントを更新していないなら、更新が必要になるかもしれません。現在のクライアントは印象的に見えます。

Windowsマシンですでに出ている問題の1つは、1.2GB以上の仮想メモリがないとワークユニットが処理できないということです。これは現在私たちが対処している問題です。

新しいワークユニットが作られ、未送信のワークユニットは全てキャンセルされました。新しいワークユニットは短くて、512MB以上のメモリが必要です。これは主にdTASSERのWindows版をテストするためのものです。私たちは、MacOS X 10.4未満で動作可能なMac版をつくることにまだ取り組んでいます。私たちは、「exited with zero status but no finished file」問題のようなほかの問題にも気づいており、できるだけ早く調べるつもりです。

Windows版dTASSERがリリースされました。共有メモリに若干の空きができるまで、ワークユニットのダウンロードに遅れがあるかもしれませんので、「work being commited to other platforms」というメッセージが出ても気にしないでください。

dTASSERのWindows版が、まもなく利用できるようになるかもしれません。私たちは、メモリ必要条件を減らすことにも取り組んでいます。

原文： http://predictor.scripps.edu/

依然として、OS 10.4以降で動作するMac PPC向けバイナリの作成に問題を抱えています。我々はそれを調べ続けるつもりです。

dTASSER'sが必要とする仮想メモリを減らす適切な案があります。我々はそれを実装することに取り組んでいます。

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少し良い知らせです！この24時間のLinux版の成功率は95%以上にまで上がりました。Mac版を水準に達するようにしたあと、見る必要がある検証に関する若干の問題がまだ残っています。

バージョン0.13がMac PowerPCのための魔法のバージョンのようです。ライブラリが存在しないことについて、全く問題ありませんでした。
Macintosh PowerPC向けのdTASSERの新しいバージョンがリリースされました。これは、クライアント状況を見るとバージョン0.10となっているのに、実際にはバージョン0.07が動作しているという問題を修正するためです。新しいバージョンは、バージョン0.11です。

通知：Macintoshプラットホーム向けの失敗したワークユニットの最大のグループは、dTASSERのバージョン0.10未満のためのライブラリが足りないことです。gfortranをインストールしておかない限り、MacでdTASSER 0.10未満のバージョンは動作しません。問題を解決するために、gfortranをインストールする必要はありません。プロジェクトを更新するか、プロジェクトをリセットしてください。クライアントがサーバーに接続するとき、バージョン0.10がダウ

原文： http://predictor.scripps.edu/

テストワークユニットの新しいセットが準備されています。これらの新しいワークユニットは以前のものに比べて10倍長くかかるはずです。必要メモリは756MBにまで減らされています。我々はなお仮想メモリの問題の解決策を探しています。

昨日のテスト結果が入ってきています。90%以上のLinux版の結果が成功と判定され、70%以上のMac版の結果が成功と判定されました。Mac版の唯一の最大のエラーは、バージョン0.10未満のdTASSERを使ったときに起こるライブラリの問題です。Macユーザーでバージョン0.10でない方は、dTASSERの最新バージョンをダウンロードするようクライアントをリセットしてください。

原文： http://predictor.scripps.edu/

Rosetta＠homeは、バージョン5.46に更新されました。新しいバージョンでは、Rosettaワークユニットの番犬（システム監視）が終了してしまうバグが修正されました。詳細はこのスレッドを参照してください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Mac版バイナリの新しいバージョンは、問題に対処していないようです。我々は調査しています。
dTASSERの新しいバージョンが利用できます。

注：Linux 32bit版とLinux 64bit版の新しいバージョンが、dTasser 0.2としてリリースされました。Linux 32bit版は、古いライブラリをもつより広範囲のマシンで動作するはずです。以前のバージョンは、古いマシンでは動作せず、デバッグ情報がビットごとの検証に通らないために出力結果が一切検証されませんでした。Mac版はGシリーズとIntelシリーズともに、gfortranがインストールされていないマシンで動きませんでした。我々はこれの解決に取り組んでいます。テストジョブの別のセットが今夜あるかもしれません。

原文： http://predictor.scripps.edu/

注：我々は、32bit Linux、64bit Linux、MacOS X G4とG5、MacOS X Intel向けのdTASSERと呼ばれている新しいアプリケーションのいくらかのテストを現在行っています。我々は、boincサーバーソフトウェアをバージョン5.9.2にアップグレードするところでもあります。テストとアップグレードのプロセスでは、ウェブサイトには問題が出るかもしれません。
実行されるのを待っている10,000の短いdTASSER用テストワークユニットがあります。これらが終わると、我々は出力を見て、より多くのワークユニットを出す前に必要ならどんな調整でもします。コンパイルの手順が分かり次第、dTASSERのWindows版が続いて出てくるでしょう。

原文： http://predictor.scripps.edu/

停止期間通知：新しいBOINC 5.8.8クライアント機能をサポートするためにサーバーをアップデートしますので、プロジェクトは今日断続的にダウンします。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

新しいワークユニット：Gene3Dデータベース（HMMERアプリケーション）からのモデルと、1月末にUniprotとRefSeqデータベースから取り込まれた新しいタンパク質配列の計算が、いくつかのステップにおいて実行されます。HMMERのGene3Dモデルによるおよそ23,000のワークユニットは、すぐにオンラインになります。2月1日と4日には、1月31日までに技術的な理由で作成されなかった、SIMAPおよびHMMERのためのワークユニット群がさらに続きます。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

Rosetta＠homeは、バージョン5.45に更新されました。新しいバージョンは、著しくより安定させるためグラフィックスの修正を行っており、その結果、側鎖と蛋白質回転がONになりました。若干の科学関連の更新も含まれます。詳細はこのスレッドを参照してください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

フォーラムが動くデータベースサーバーがちょっとした問題に陥っており、接続できるかどうかは大きな賭けという状態です。我々は全てがすぐに正常に戻ることを望んでいますが、さもなければ、別に通知をします。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

Ralphは、バージョン5.44に更新されます。若干の新しいrosettaアプリケーションは、タンパク質設計プロトコルの準備バージョンのようなものと、対称形のオリゴマーを取り扱う特別なドッキングアプリケーションのようなものが加えられます。グラフィックに関連した問題はこの最新版ではまだ解決されなかった点に注意してください。引き続きこのスレッドにバグを報告してください。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

新しいワークユニット：HMMERアプリケーションのためのおよそ150,000の新しいワークユニットは、InterPro 14.0に対してSIMAPで領域情報を更新します。ワークユニットは、InterProデータベースPFAM、PIR、Superfamily、SMARTおよびTIGRFAMからのモデルを含みます。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

アカウント作成を再び開きました。プロジェクトに参加する前にどうか規則と方針を読んでください。

原文： http://www.malariacontrol.net/

新しいワークユニット：SIMAPアプリケーションのためのおよそ70,000の新しいワークユニットは、データベースUNIPROT、RefSeq、PDBとGENBANKからのおよそ200,000の新しいシーケンスを含みます。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

次のようなメッセージが出続ける場合は、BOINCクライアントを再起動してください。
Scheduler request failed: HTTP file not found

原文： http://www.malariacontrol.net/

新しいサーバーに移るため、本日2006/12/19 14:00 CET（＝日本時間同日22:00）から数時間、プロジェクトはダウンすると思っていてください。詳細

原文： http://www.malariacontrol.net/

新しいHMMER workunitsの延期について：タンパク質領域データベースInterProの新バージョンのリリースのため、我々は最初にシステムをInterPro 14.0に適応させてから、1月中旬に新しいHMMER計算を始めます。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

Rosetta＠homeは、バージョン5.43に更新されました。新しいバージョンは、一部のユーザーにおけるグラフィックス関連でのクラッシュを減らすために、グラフィックスを単純化しました。側鎖の表示は、モデルのマウス回転と同様に、一時的にオフにされました。これらの機能はすぐに元通りになると思っていて結構です！詳細はこのスレッドを参照してください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

我々は、およそ6時間（PSTの午後8時＝日本時間午前0時）で、Rosetta＠homeアプリケーションをアップデートする予定です。新しいワークユニットを始めるとき、新しい実行可能形式はクライアントに自動的にダウンロードされます。あなたは、何もする必要はありません！ 我々は、前もってアプリケーションをダウンロードできるようにするために、一部のシステム管理者からの依頼を受けました。詳細はこのスレッドを参照してください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Rosetta＠homeのボランティアが、最近のハワード・ヒューズ医学研究所の記事に大きく取り上げられています。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Ralphは、バージョン5.43に更新されます。私たちは簡略化されたグラフィックスを引き続きテストしています。また、クライオ電子顕微鏡からのデータを利用することができるよう、小さな修正がなされています。引き続き、このスレッドにバグを報告願います。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

Ralphは、バージョン5.42に更新されます。このリリースでは安定性を増そうとしています。マウスの回転と側鎖を一時的にオフにしました。BOINCマネージャーから”グラフィックスを表示”オプションを選ぶか、スクリーンセーバーによって、強制的にクラッシュさせることができるかどうかお知らせください。また、Rosetta＠homeをクラッシュさせることができるかどうかもお知らせください。しかし、新しいRalphは安定しているように見えます。Ralphのワークユニットが確実に処理されるよう、Rosetta＠homeの仕事を一時停止する必要があるかもしれません。このスレッドにバグを報告してください。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

ベンチマークのプログラムをWhetstoneとDhrystoneから、TANPAKUオリジナルのものへ変更しました。このベンチマークプログラムでは、実際のTANAPKUアプリケーションに近い計算コードを用いて演算速度を評価しています。

より良いCPU効率による新しいリリースProteins＠Home 7.17は、サーバーにあります！

原文： http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/

現在、クレジットの計算方法をBOINCで提案されたオリジナルのものに戻しております。混乱を引き起こし、ご迷惑をお掛けしました事をお詫び申し上げます。現在、TANPAKU専用のベンチマークを考案中です。

Rosetta＠homeは、バージョン5.41に更新されました。新しいバージョンは、CAPRI 11予測を続行するために重要である、いくつかの以前のBOINC関連のバグと他の科学関連のバグを修正します。詳細はこのスレッドを参照してください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

新しいworkunits：SIMAPアプリケーションのためのおよそ30.000の新しいワークユニットは、データベースUNIPROT、RefSeq、PDBとGENBANKからのおよそ65.000の新しいシーケンスを含みます。これらのワークユニットの計算は、12月2日の朝に始まります。ワークユニットのバッチが計算されるまでの時間をより短くしておくために、報告期限を10日から8日に減らします。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

”申請する功績(claimed credit)”を、ベンチマークの結果は使用せず、CPU時間のみから計算するように変更しました。特定のCPUにだけベンチマークの結果が有利に働いてしまう事を緩和させるためです。

学会発表を更新しました。

Ralphは、バージョン5.41に更新されます。この最新版は、主にいくつかのバグフィックスを含みます。さらなる情報とバグの報告はこのスレッドにお願いします。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

プロジェクトは現在仕事がありません。（下記参照）
SIMAPプロジェクトの類似性マトリックスは、現在最新です。2006年11月からの新規蛋白質を含んでいる新しいSIMAPワークユニットの計算は、12月1日ごろに始まる予定です。蛋白質領域の初期計算は完了しています。最新版（InterPro 13.0からの新しいシーケンスと新しい領域）の計算は、12月15日ごろに始まる予定です。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

Rosetta＠homeは、バージョン5.40に更新されました。最新版では新型のシミュレーション - アミロイドフィブリルの構造予測（詳細）を始めます。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Ralphは、バージョン5.40に更新されます。この最新版では、バージョン5.38と5.39の一部のワークユニットで見られる'exit code -161'バグが修正されます。引き続き、このスレッドにバグを報告願います。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

Ralphは、バージョン5.39に更新されます。この最新版は、バージョン5.38で見られる'exit code -161'バグに対応しようというのが主となります。引き続き、このスレッドにバグを報告願います。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

Ralphは、バージョン5.38に更新されます。新しいアプリケーションには、非理想のバックボーンと側鎖ジオメトリを持つ構造を出力することを取り扱うことができるようになる機能が加わります。引き続き、このスレッドにバグを報告願います。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

Ralphは、バージョン5.37に更新されます。新しいアプリケーションでは、大きな蛋白質のグラフィックスのためのさらなるいくつかの修正がされます。エネルギー関数に対して新しい形を柔軟にテストすることができるような機能が加わります。最後に、我々はアルツハイマー病に関係する蛋白質のいくつかをパックすることをシミュレーションしようとする新モードを試しています。このスレッドにバグを報告願います。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

新しいワークユニット: SIMAPアプリケーションのための新しいワークユニットは、UNIPROTおよびGENBANKデータベースからのおよそ100,000の新しいシーケンスを含みます。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

Rosetta＠homeは、バージョン5.36に更新されました。新しいバージョンでは、5.34でテストされていた遅いワークユニットのいくつかをかなり高速化します。他の改善点と新機能については、このスレッドをご覧ください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Ralphは、バージョン5.35に更新されます。多様な結合ジオメトリを持つワークユニットは、以前のリリースでは遅く、そのことによりクレジットに非常にばらつきがありました。我々は、それらのワークユニットを高速化すべく、いくつかの特徴を試しています。我々がより正確なエネルギー関数をテストできるようになる修正点もあります。引き続き、このスレッドにバグを報告願います。ありがとう！

原文： http://ralph.bakerlab.org/

90〜95%で動かなくなってしまったワークユニットは中止してください。　詳細

原文： http://www.malariacontrol.net/

Rosetta＠homeは、バージョン5.34に更新されました。新しいバージョンでは、より正確なエネルギー関数を試すことと、蛋白質の結合の長さと角度により柔軟に対応することが可能になります。このスレッドをご覧ください。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

プロジェクトは現在仕事がありません。（下記参照）
SIMAPプロジェクトの類似性マトリックスは、現在最新です。2006年10月からの新規蛋白質を含んでいる新しいSIMAPワークユニットの計算は、11月1日ごろから開始されます。蛋白質領域の初期計算は完了しています。最新版（InterPro 13.0からの新しいシーケンスと新しい領域）の計算は、11月15日ごろから開始されます。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

次回のワークユニットは、報告期限が10日に延長される予定です。

原文： http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

BOINCSIMAPは間欠的なプロジェクトに変わります: プロジェクト統計とバッチモニターを見て分かるように、simapとhmmerのための仕事は、残りわずかのバッチに限られています。hmmer計算は、このアプリケーションのパフォーマンス最適化のために予想されるより非常に速く行きました。このように、蛋白質類似点および領域のデータベースはすぐに最新になります。この非常に重要なマイルストーンを祝っており、これを成し遂げた全てのBOINCSIMAPユーザーに感謝したいです。今、我々はさらなるバイオインフォマティックスの手法、入口、データベースによってSIMAPの統合に注力するつもりです - このように、私たちのプロジェクトはコンピュータによる生物学、生命科学において影響を増すことになります。将来、SIMAPは定期的更新内容をあなたにクランチしてもらって貢献していただくことが必要になるでしょう。更新されたシーケンスとドメインは、計算する必要があるsimapとhmmerのワークユニットとして毎月書き込まれます。あなたがこれらの周期的な仕事をクランチすることで私たちのプロジェクトに関わり続けてくれるならば幸いです。

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不良ワークユニット "DOC_"で始まり"pert_bench_1263_"を含む名前のワークユニットを中止してください。例えば"DOC_4HTC_U_pert_bench_1263_1000_0"となります。これらのワークユニットは失敗をもたらした初期の面倒な問題のためにキャンセルされました。詳細はTechnical Newsを見てください。

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Rosetta＠homeは、バージョン5.32 ― CASP7後の最初の最新版 ― に更新されました。新しい最新版には、2つの大きな新機能があります：
1. タンパク質側鎖が、ロゼッタの完全な原子シミュレーション過程細の間、グラフィックに表示されます。（画像）詳しい説明
2. 新型の構造予測作業、タンパク質-タンパク質ドッキングがRosetta＠Home上で動くようになります。（画像）詳しい説明

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Windows、Linux、MacOS、UNIX用の修正されたhmmerアプリケーション 5.09： 新しいhmmerアプリケーション 5.09をリリースしました。
新しいバージョンは全てのプラットフォームにおいてパフォーマンスが向上していますが、特にWindows/AMDとLinux/AMD64システム上でより速く動作します。
リザルトは30%小さくなり、SSEは不要となりました。
このため、デフォルトのLinuxおよびWindows向けアプリケーションは全てのCPUで動作するようになり、i386版の手動インストールは必要でなくなりました。
いくつかのUNIX版hmmerアプリケーションがダウンロードおよび手動インストールが可能になっています。コンパイルしてくれたLars Bausch氏に感謝します。
Windows/AMDシステムでのパフォーマンスについてはまだ調査中ですが、可能であれば今後のバージョンで改善するつもりです。

原文： http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/