（注意！：ここに書かれている内容は該当するプロジェクトサイトを翻訳し分かりやすく書いたものであり、プロジェクト主体の意図するものと若干表現が異なることもありますのでご了承ください）
■プロジェクト名
■プロジェクト運用主体
■使用プラットフォーム
GPU-CUDA
GPUGRIDを考えたワット・コストパフォーマンス
※参考価格はじゃんぱらさんの中古最安価格 (2011/2/15 roseless調べ)
BOINCマネージャ 6.4.5インストールの際、Windows Vistaご使用の方への注意
インストール手順
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6.4.5ファイルを実行
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Welcome to the InstallShield Wizard for BOINC
Next> をクリック
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License Agreement
全部読み終えて承諾であれば I accept the terms in the license agreemet にチェックし Next> をクリック
��
BOINC Configuration
何も問題がなければ Next> をクリック
Windows Vistaをご使用の方は Advanced をクリック
��' （Windows Vistaをご使用の方のみの作業・以外のOSご使用の方は�イ�）
Customize installation options
Protected application execution のチェックを外し Next> をクリック
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Ready to Install the Program
■推奨環境
■GPUGRIDとは？
GPUGRIDとは？
■私たちの研究
SH2ドメインとリガンドの結合親和性ペプチドの分子シミュレーション
SH2ドメインは蛋白質間相互作用に関与する蛋白質の領域（ドメイン）であります。この特定の領域は、細胞増殖プロセスの際の細胞間シグナル伝達に大きな役割を果たしています。ガンの定義は異常な細胞増殖による悪性腫瘍であり、その細胞増殖に関わる機能性の研究がガン研究にとって大きな関心事であります。蛋白質を構成する一部位であるペプチドに焦点を当て、そのようなペプチド間結合類似性の決定に新たな手法で設計することにより、莫大な資金と時間が費やされる研究ではなく、私たちはより安価そしてより迅速にその相互作用の予測を行うことができましょう。
私たちは現在、GPUクライアント専用としてこれらの結合類似性を演算するワークユニットを徐々に供給しています。
トリオースリン酸イソメラーゼ（TPI）の分子シミュレーション
このワークユニットは、トリオースリン酸イソメラーゼという酵素が炎症や不完全なミトコンドリア呼吸と酸化ストレスの結果としてチロシン残基のニトロ化が発生する際の構造的な違いを調べてゆきます。
このワークユニットは4日以内に完了する必要があります 。
グラミシジンAのカリウムイオン透過
私たちはイオンチャネルに悪影響を及ぼすグラミシジンAの3万個に及ぶ原子シミュレーションを構成するワークユニットを供給しています。
このワークユニットは4日以内に完了する必要があります 。
HIVプロテアーゼの分子シミュレーション
「はさみ」のように作用するとして知られているHIVプロテアーゼは長いタンパク質構造を切り離し、新しくウイルスを作ります（俗にいう増殖作用かと）
HIVの治療というのも今はまだ限られた方法でしかされていません。
このプロテアーゼの働きが小さい原子のようなレベルではまだよく分かっていません。
しかし膨大な時間と処理能力が必要となります。
GPUGRIDのテクノロジーはこれらのプロテアーゼの予測される構造にアクセスすることによりHIV/AIDSへの改良された医療的治癒の基礎を提供します。
■プロジェクト名 
GPUGRID
http://www.gpugrid.net/
http://www.gpugrid.net/
■プロジェクト運用主体
the Computational Biochemistry and Biophysics Laboratory in the Research Unit on Biomedical Informatics (GRIB)-IMIM/UPF. バルセロナ(スペイン)
■使用プラットフォーム
- Windows 32/64-bit
- Linux 64-bit
GPU-CUDA
下記の3点が最低限必要な環境です。
http://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=867 その他、左記フォーラム内緑色で表記されたGPUでも動作するかもしれません
上記3点を揃えた環境下で参加が可能となります。
※1 なお、CUDAは最新のNVIDIAドライバ内に収録されておりドライバをインストールするのみでCUDA環境が得られます
※2 ただし、CUDA対応のGPUでない場合はそのGPUに対応した最新NVIDIAドライバにCUDAライブラリが収録されてない場合もあります
- CUDA対応のGPU
http://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=867 その他、左記フォーラム内緑色で表記されたGPUでも動作するかもしれません
- 最新のNVIDIAドライバ http://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=j... にて最新版をチェックください ※1 ※2
- 最新のBOINCクライアント（6.4.5以上）
上記3点を揃えた環境下で参加が可能となります。
※1 なお、CUDAは最新のNVIDIAドライバ内に収録されておりドライバをインストールするのみでCUDA環境が得られます
※2 ただし、CUDA対応のGPUでない場合はそのGPUに対応した最新NVIDIAドライバにCUDAライブラリが収録されてない場合もあります
GPUGRIDを考えたワット・コストパフォーマンス
| board name | core name | Cc補正 | 公表値?(GLOPS) | 補正後(GFLOPS) | TDP(W) | Performance per TDP | Price(used) | Price per 1GFLOPS |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GT 220 | GT216 | 130% | 128 | 173 | 30.5 | 5.67 | 3980 | 23.01 |
| GT 240 | GT215 | 130% | 257 | 347 | 70 | 4.96 | 7280 | 20.98 |
| GTX 260 | GT200b | 140% | 596 | 834 | 182 | 4.58 | 5980 | 7.17 |
| GTX 275 | GT200b | 140% | 674 | 934 | 219 | 4.26 | 6980 | 7.47 |
| GTX 285 | GT200b | 140% | 695 | 973 | 183 | 5.32 | 9800 | 10.07 |
| GTX 295 | GT200b | 140% | 1192 | 1996 | 289 | 6.91 | 15800 | 7.92 |
| GTX 480 | GF100 | 135% | 1345 | 1816 | 250 | 7.26 | 18800 | 10.35 |
| GTX 470 | GF100 | 135% | 1089 | 1470 | 215 | 6.84 | 16800 | 11.43 |
| GTX 465 | GF100 | 135% | 855 | 1154 | 200 | 5.77 | 10800 | 9.36 |
| GTX 460 | GF104 | 90% | 907 | 816 | 150 | 5.44 | 7980 | 9.78 |
| GTS 450 | GF106 | 90% | 960? | 864 | 106 | 8.15 | 7480 | 8.66 |
BOINCマネージャ 6.4.5インストールの際、Windows Vistaご使用の方への注意
インストール手順
��
6.4.5ファイルを実行
��
Welcome to the InstallShield Wizard for BOINC
Next> をクリック
��
License Agreement
全部読み終えて承諾であれば I accept the terms in the license agreemet にチェックし Next> をクリック
��
BOINC Configuration
何も問題がなければ Next> をクリック
Windows Vistaをご使用の方は Advanced をクリック
��' （Windows Vistaをご使用の方のみの作業・以外のOSご使用の方は�イ�）
Customize installation options
Protected application execution のチェックを外し Next> をクリック
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Ready to Install the Program
■推奨環境
上記GPU-CUDAを推奨いたします
■GPUGRIDとは？
GPUGRIDとは？
PS3GRIDによる実績をGPUの持つ可能性に展開したプロジェクトです。
（PS3GRIDについては、PS3GRDについて「PS3GRID.NETとは？」をご覧ください。）
リアル三次元イメージの表示を要求されるような膨大な演算において、グラフィックスプロセッサ（GPU）の演算能力は標準的なプロセッサ（CPU）と比較すると非常に高いのです。また、これはプログラミングスタイルの革新（CUDA：クーダ）によって達成されます。（CUDAについてはwikipediaを参照ください。 http://ja.wikipedia.org/wiki/CUDA ）
従来のプロセッサはシリアルコードの性能を最大化するため、そのトランジスタの比較的大きな割合で複雑な制御ロジックに割かれています。
Cellプロセッサは演算スループットを最大にするよう設計された8つの速いSynergetic Processing Elements（SPE）を持っています。
グラフィックプロセッサ（GPU）は、一つ一つは遅いながらも並列のスループットを最大化したコアを多数持つことにより、並列処理が優れています。
下の図をご覧ください。黄色の部分が演算コアです。標準的なプロセッサと比較した場合のCellプロセッサの演算能力の優位性、そしてグラフィックスプロセッサの演算能力の優位性が見てお分かりでしょう。特定の演算に特化した演算コアを多数持つグラフィックスプロセッサ、そしてそれに対応するCUDAという環境がハイパフォーマンスコンピューティングに革新をもたらしたのです。
例えばある特定のアプリケーションにおいて、1万人ほどのボランティアにより地球最大のスーパーコンピュータとなる演算能力を容易に提供することができるのです。
(c)GPUGRID
（PS3GRIDについては、PS3GRDについて「PS3GRID.NETとは？」をご覧ください。）
リアル三次元イメージの表示を要求されるような膨大な演算において、グラフィックスプロセッサ（GPU）の演算能力は標準的なプロセッサ（CPU）と比較すると非常に高いのです。また、これはプログラミングスタイルの革新（CUDA：クーダ）によって達成されます。（CUDAについてはwikipediaを参照ください。 http://ja.wikipedia.org/wiki/CUDA ）
従来のプロセッサはシリアルコードの性能を最大化するため、そのトランジスタの比較的大きな割合で複雑な制御ロジックに割かれています。
Cellプロセッサは演算スループットを最大にするよう設計された8つの速いSynergetic Processing Elements（SPE）を持っています。
グラフィックプロセッサ（GPU）は、一つ一つは遅いながらも並列のスループットを最大化したコアを多数持つことにより、並列処理が優れています。
下の図をご覧ください。黄色の部分が演算コアです。標準的なプロセッサと比較した場合のCellプロセッサの演算能力の優位性、そしてグラフィックスプロセッサの演算能力の優位性が見てお分かりでしょう。特定の演算に特化した演算コアを多数持つグラフィックスプロセッサ、そしてそれに対応するCUDAという環境がハイパフォーマンスコンピューティングに革新をもたらしたのです。
例えばある特定のアプリケーションにおいて、1万人ほどのボランティアにより地球最大のスーパーコンピュータとなる演算能力を容易に提供することができるのです。
(c)GPUGRID■私たちの研究
SH2ドメインとリガンドの結合親和性ペプチドの分子シミュレーション
SH2ドメインは蛋白質間相互作用に関与する蛋白質の領域（ドメイン）であります。この特定の領域は、細胞増殖プロセスの際の細胞間シグナル伝達に大きな役割を果たしています。ガンの定義は異常な細胞増殖による悪性腫瘍であり、その細胞増殖に関わる機能性の研究がガン研究にとって大きな関心事であります。蛋白質を構成する一部位であるペプチドに焦点を当て、そのようなペプチド間結合類似性の決定に新たな手法で設計することにより、莫大な資金と時間が費やされる研究ではなく、私たちはより安価そしてより迅速にその相互作用の予測を行うことができましょう。
私たちは現在、GPUクライアント専用としてこれらの結合類似性を演算するワークユニットを徐々に供給しています。
トリオースリン酸イソメラーゼ（TPI）の分子シミュレーション
このワークユニットは、トリオースリン酸イソメラーゼという酵素が炎症や不完全なミトコンドリア呼吸と酸化ストレスの結果としてチロシン残基のニトロ化が発生する際の構造的な違いを調べてゆきます。
このワークユニットは4日以内に完了する必要があります 。
グラミシジンAのカリウムイオン透過
私たちはイオンチャネルに悪影響を及ぼすグラミシジンAの3万個に及ぶ原子シミュレーションを構成するワークユニットを供給しています。
このワークユニットは4日以内に完了する必要があります 。
HIVプロテアーゼの分子シミュレーション
「はさみ」のように作用するとして知られているHIVプロテアーゼは長いタンパク質構造を切り離し、新しくウイルスを作ります（俗にいう増殖作用かと）
HIVの治療というのも今はまだ限られた方法でしかされていません。
このプロテアーゼの働きが小さい原子のようなレベルではまだよく分かっていません。
しかし膨大な時間と処理能力が必要となります。
GPUGRIDのテクノロジーはこれらのプロテアーゼの予測される構造にアクセスすることによりHIV/AIDSへの改良された医療的治癒の基礎を提供します。
このページへのコメント
upHr3C I really like and appreciate your post.Much thanks again.
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