Protein structural analysis room Japan

Rosetta＠homeではタンパク質の立体構造解析をコンピュータで計算させています。
Fold it!は画面上のタンパク質を人力で変形させてスコアの高い構造を探すゲームです。
スコアを送信することで世界中のユーザと競い合うことができます。

現在2008年４月時点でBETA版です。

http://fold.it/portal/

1. 簡単なユーザ登録。BOINCのものとは異なります。
2. ソフトのダウンロード＆インストール。
3. ソフトを起動してログオンするとパズル選択メニューになります。

操作になれるための練習問題です。計１８問。
rosetta＠HOMEのDavid Baker教授がヒントを出してくれます。

David Baker教授のヒント
１−１
　このプロテインのサイドチェインは近すぎる。
　その結果クラッシュが発生している。
　サイドチェインをドラッグして引き離してクラッシュを消滅させるんだ。
１−２
　クラッシュの近いプロテインが赤いのには気がついたかい？
　赤い部分はスコアが低い。緑は高い。
　スコアを上げるためにクラッシュを解消するんだ。
１−３
　サイドチェインが隠れてしまっている！
　背景を左クリックでドラッグすると視点が回転する！
　右ボタンや中央ボタンを使えば、移動やズームさせることができる。
１−４
　クラッシュがたくさん発生している！
　SHAKE SIDECHAINアクションを使って素早く解消するんだ！
２−１
　サイドチェインを動かすだけじゃクラッシュは解消されない！
　この場合はプロテインのバックボーンを動かすんだ。
２−２
　プロテインがクラッシュだらけだ！
　これからは、赤くないクラッシュは見えなくすることにしよう。
２−３
　バックボーンを良好な位置に動かすためにWIGGLE BACKBONEを使えるようになった。
　クラッシュを適切に解消してくれるだろう。
３−１
　大きなハイロドフォビックサイドチェイン（橙色）が突き出ている。
　ハイロドフォビックを内側に隠して
　ハイドロフィリックサイドチェイン（青色）を外側へ動かそう。
３−２
　バックボーンが２個の螺旋状のヘリックスから成っている。
　ヘリックスの間にハイドロフォビックを隠すためにプロテインを動かそう。
　ガイドに近づけてから、SHAKEとWIGGLEを使ってみよう。
３−３
　ハイドロフォビックを内側へ隠そう。
　まず、中央のヘリックスを右クリックしてLOCKしよう。
　そうすればそれは動かなくなるので操作が簡単になる。
　SHAKEとWIGGLEで仕上げをしよう。
３−４
　３−２をガイドなしでやってみよう。
　ハイドロフォビックサイドチェインがまとまったところで、SHAKEとWIGGLEを使うんだ。
３−５
　これは３−３のガイド無し版です。
　中央のヘリックスを右クリックしてLOCKすると簡単になるでしょう。
　SHAKEとWIGGLEで仕上げをして下さい。
４−１
　バックボーンが２個の平らなシートでできています。
　ハイドロゲンボンドの梯子を形成するためにそれらを動かしましょう。
　TRANSPARENT　ガイドはシートの丁度良い場所を示しています。
４−２
　いくつかのシートは、このタンパク質の中で並んでいます。
　しかし、ひとつだけはみ出しています。
　ハイドロゲンボンドの梯子を形成するために、これを動かして下さい！
　右クリックでLOCKできることを忘れないで。SHAKEとWIGGLEも使って下さい。
４−３
　３枚のシートをそれぞれをシート同士で
　ハイドロゲンボンドの梯子を形成するために並べて下さい。
５−１
　あなたのスキルをすべて使ってプロテインを折りたたむ時がきました！
　ヒント：シートは並べて一体のなるようにしましょう。すべてのツールは利用可能です。
５−２
　このタンパク質は既にかなりよく形作られています。
　タンパク質を少しずつ動かして形作れば、さらなるポイントを得ることができます。
５−３
　このプロテインを折りたたんでcompetition puzzlesに備えよう！！！

問題は随時更新されます。
スコアを稼ぐことでポイントを得ます。

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