レベルです、指揮官Lvを上げて構造体を育てましょう。
構造体の育成はもちろんのこと、意識(キャラクターに装備させるもの)の育成はかなり大事です。
むしろ育成より意識の方が大事で、Lv1初期状態のキャラクターに最大強化の装備をつけても軽く戦闘要員になり得ます。
何を使えば良いか分からないときは、
構造体一覧から各ページに飛んでください。
意識はイベントストアで交換でき、ストーリーの進み次第では資源ステージの「補給作戦」でも任意の意識を選んで交換できるので、そこで揃えておくと良いです。
ストーリーの5-8は敵にリジェネ(体力回復)がついているので、火力が足りていないと突破できない場合は意識を見直しましょう。