みなし残業-２ちゃんねるのログから拾ったものではありますが、ここからすべてが始まりました。（自分の場合）
上記リンクサイト様より、引用転載を許可いただきました。

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みなし労働時間のチェックポイント会社がみなし労働時間制を採用している場合、それが本当に合法的なものかどうかをチェックしてみて下さい。

きちんと届け出をしているか？みなし労働時間を適用するには、職種や労使協定の締結を労働基準監督所に届け出る必要があります。

正式にみなし労働時間を適用する許可を得るには厳しい要件を満たす必要があるため、まずはこの届出がきちんとされているかどうかを確認する必要があるでしょう。

労務管理は行われているか？会社には労働者の健康に配慮する義務があり、またみなし労働時間を採用していても深夜残業や休日出勤に関しては割増賃金の支払義務があるため、労働時間の管理は必須です。

これらの義務を放棄するためにみなし労働時間のフリをしている会社も多数存在するので注意が必要です。

届出の内容が実態と合っているか？会社が労働基準監督書に届出を出していて合法的にみなし労働時間を導入していたとしても、その届出の内容が実態とかけ離れていれば立派な違法行為です。
内容を厳しくチェックして、現状に見合っていないようであれば会社に改善を求める必要があるでしょう。

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これに関しては現在、松江の労働基準監督署に質問を出しています。
来週の月曜日に調査して折り返しの電話をいただけるということなので、
返答次第、こちらにどうなったかを記載します。