画像解析ソフトの定番 ImageJ のまとめ

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はじめに



ImageJ は、パブリックドメイン*1 の Java による画像処理ソフトウェアで、Macintosh 用の画像処理ソフトである NIH Image*2 がきっかけになって作られた。Java 1.4 またはそれ以降のバージョンがインストールされたコンピュータ(Java 仮想マシン)であれば動作し、アプレット(online applet)*3 としても、プログラムをダウンロードして使うこともできる。ダウンロード版は、Windows、Mac OS、Mac OS X および Linux 用のソフトが入手可能*4 である。

ImageJ では、8ビット、16ビットまたは32ビットの画像を表示したり、加工、解析、処理、保存、印刷したりできる。読み込める画像フォーマットは数多く、TIFF、GIF、JPEG、BMP、DICOM、FITS や 「raw(生データ)」画像などである。また、ひと続きになった多くの画像を、1つのウィンドウでまとめて扱う「Stacks(スタック)」機能をサポートしている。マルチスレッド(multi-thread)処理に対応しているので、時間のかかる作業(例、画像ファイル読み込みなど)は他の処理を行いながら並行して処理できる。

ImageJ では、ユーザーが決めた選択範囲に対して、その面積やピクセル値(輝度値)に関する統計量を算出できる。距離や角度も計算できる。輝度分布のヒストグラム(度数分布)や2点間の輝度変化の様子を示す「ラインプロファイル」プロットを作成できる。また、一般的な画像処理機能、たとえば、コントラスト調節やシャープ、スムージング、輪郭の検出、メディアン(中央値)などのフィルタ処理も行うことができる。

画像の拡大縮小、回転、反転といった幾何学的な変換も行える。表示は、32倍表示から1/32表示までのズームが可能。どの倍率で表示していても、すべての解析、処理機能が使える。コンピュータのメモリ領域が利用できる限り画像(ウィンドウ)を何枚でも同時に開いておくことができる。

ミリメートルなど現実の単位を使って計測ができるように、長さのキャリブレーションが可能。また、濃度(輝度)のキャリブレーションも可能。

ImageJ は、オープン・アーキテクチャとして設計されていて、Java によるプラグインソフトを追加すると機能を拡張できる。ImageJ にはエディタと Java コンパイラが内蔵されていて、ユーザ独自の画像取込み、解析や処理用のプラグインを開発できる。必要なプラグインを作成することで、ほぼあらゆる画像処理や解析の問題を解決できる。

ImageJ は、Mac OS X*5 内蔵のエディタと Java コンパイラ、それに BBEdit*6 エディタと Ant*7 ビルドツールを用いて開発されている。

プログラムのソースコードは自由に入手できる。作者の Wayne Rasband*8 は米国メリーランド州ベセスダにある国立精神保健研究所の研究支援部(the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA)に勤務。


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