ImageJ 旧公式サイト（imagej.nih.gov、米国国立衛生研究所 NIH）で公開されてきたImageJマニュアルを中心とした内容の日本語訳です。
ご注意：ImageJ の最新バージョン（2017年8月現在）は 1.51です。この日本語訳のうち、ImageJ メニューやコマンドの説明は、ImageJ 1.45 （2012年）に準拠しています。その後、本家 ImageJ サイトでは "ImageJ User Guide" という文書（ImageJ 1.46 に準拠）が公開されました。下の日本語訳のオリジナルの英文ページは現在も公開されていますが、更新はされていません。したがって、下の日本語訳には、1.46以降に ImageJ に追加された、あるいは今後追加されていく機能の説明が含まれていませんので、ご注意ください。ただし、ImageJ の基本機能には変更はありませんので、ほとんどの内容は最新バージョンの ImageJ でもそのまま通用します。
目次
ご注意：ImageJ の最新バージョン（2017年8月現在）は 1.51です。この日本語訳のうち、ImageJ メニューやコマンドの説明は、ImageJ 1.45 （2012年）に準拠しています。その後、本家 ImageJ サイトでは "ImageJ User Guide" という文書（ImageJ 1.46 に準拠）が公開されました。下の日本語訳のオリジナルの英文ページは現在も公開されていますが、更新はされていません。したがって、下の日本語訳には、1.46以降に ImageJ に追加された、あるいは今後追加されていく機能の説明が含まれていませんので、ご注意ください。ただし、ImageJ の基本機能には変更はありませんので、ほとんどの内容は最新バージョンの ImageJ でもそのまま通用します。
目次 
- オリジナルの目次：Documentation
- 解説文書 − （Documentation）
- はじめに − （Introduction）
- 基本的な概念 − （Basic Concepts)
- インストール − （Installation）
- Linux − （Linux Installation）
- Mac OS X − （OS X Installation）
- Mac OS 9 − （Mac OS 9 Installation）
- Windows − （Windows Installation）
- メニューコマンド
- ツール − （Tools）
- キーボードショートカット − （Keyboard Shortcuts）
- チュートリアルと実例 − （Tutorials and Examples）
- ImageJ解説文書ウィキ ImageJ Documentation Wiki
- プラグイン集 "ImageJ for Microscopy" マニュアル ImageJ for Microscopy Manual
- ウィキペディア項目「ImageJ」 ImageJ on Wikipedia (en)
- 質問と回答集 − （Frequently Asked Questions）
- マクロ言語 − （Macro Language (download PDF)）
- 機能追加予定 − （Planned Features）
- バージョンアップの記録（完全版;300キロバイト） Complete Release Notes (300K)
- ImageJの免責条項 − （ImageJ Disclaimer）
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このページへのコメント
すばらしい
ImageJで2GB以上の画像を取り扱おうとすると、
Image is too large. ImageJ does not support single images larger than 2 gigapixels.
というアラートが出ます。これはImageJ や Fijiでは画像を32ビット整数型として扱っているための制限です。PC、OS、Javaのすべてが64ビット対応し、ImageJのメモリ割当をどんなに増やしても、同時に開ける画像の合計容量が増加するだけで、1枚の画像の上限には「2GBの壁」があります。この問題のことですよね。
次バージョンのImageJ2ではImgLib というライブラリを使うことで、この制限をなくすとのことですが、現在ImageJ2はまだ開発中で、一部機能が未実装です。ご自分でプログラムをいじることをお考えなら、ImageJ2の開発サイトや、ImgLibについて調べてみていただくとヒントになるかもしれません。
ImageJでtiff画像を読み込むことの出来る容量を引き上げたいと考えています。現在、ImageJ64bitを使用し、Memory&Threadsを3010MBまで拡大したところ、1.3GB前後のtiff画像を読み込むことが出来ました。2GB前後を読み込むために、ソースコードを改良したいと考えています。方法が分かる方、どなたかご教示いただければと思います。よろしくお願いいたします。