画像解析ソフトの定番 ImageJ のまとめ

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  • このページのオリジナルページ:OS X Installation
  • 翻訳に使った版:2014年1月10日 7:43:00 更新
  • 訳者はマックの実機を持っていません!

インストール

Download ページから ImageJ for Mac OS X をダウンロードする。ダウンロードした ZIP ファイル(Image1.xx.gip)は、"ImageJ" フォルダに自動解凍される。このフォルダを "アプリケーション" フォルダにコピーして開き、ImageJ64.app を Dock にコピーする。QuickTime プラグインを動作させるには 32ビット版の ImageJ(ImageJ.app)が必要だが、こちらも利用可能。ただし、32ビット版では 1800MB 以上のメモリを使用できない。

Mac OS X 10.8(Mountain Lion)上で ImageJ をはじめて動作させる際には、"ImageJ64 is damaged and can't be opened"(ImageJ64 は壊れていて開けません)というメッセージが表示されることがある。この問題を回避するには、システム環境設定(System Preferences)> セキュリティとプライバシー(Security & Privacy)> 一般(General) を開き、"ダウンロードしたアプリケーションの実行許可"(Allow applications downloaded from:)を "全てのアプリケーションを許可"(Anywhere)に設定する。この状態で ImageJ を一度動作させてしまえば、その後は元の設定にもどしてもよい。

メモリ

ImageJ はデフォルトで 192MB のメモリを利用するが、これ以上のメモリを利用したいときは、Editメニュー>Options>Memory & Threads コマンドを使う。注意点は、"Maximum Memory" (最大メモリ)の値に、実際の RAM 搭載量の約 75% 以上を設定すると、仮想メモリの "thrashing" (スラッシング;激しく切り替わること)により実行速度が落ちることである。32ビットのシステムで利用できる最大メモリ量は約 1.8GB である。ImageJ で利用するメモリを増やす方法は他にもあり、ImageJ をコマンドラインから -Xmx オプション付で実行することである。注意点は ij.jar をダブルクリックして ImageJ を実行すると 64MB に制限されることである。

Editメニュー>Options>Memory コマンドでは ImageJ アプリケーションのContents/Info.plist XML ファイルにある VMOptions キー(訳注:Java の環境設定)がアップデートされる。

<key>VMOptions</key>
<string>-Xms64m -Xmx1000m</string>

ImageJ アプリケーションへの書き込み権限がないとエラーメッセージが表示される。権限を確認、変更するには ImageJ フォルダを開き、ImageJ アプリケーションを選択、ファインダーの Fileメニュー>Get Info コマンドを使う。ImageJ アプリケーションの名前が変更されているときもエラーメッセージが表示される。

Leopard 上での 64-bit Java の利用

ImageJ64 が使用できるのは、64ビット Intel プロセッサのマックで、Java 1.5 またはそれ以降、OS X 10.5 またはそれ以降を利用しているときである。ImageJ64 では、利用メモリに 1.8GB 制限がない。ImageJ が 64ビットモードで動作中は Editメニュー>Options>Memory & Threads ダイアログボックスのタイトルが "Memory (64-bit)" になる。



注意点は、QuickTime for Java を利用するコマンド(例: Fileメニュー>Save As>QuickTime Movie)は ImageJ64では動作しないこと。

アップグレード

Helpメニュー>Update ImageJ コマンドを使って最新版の ImageJ にアップグレードできる。

ドラッグ&ドロップ

ImageJ の OS X バージョンでは、画像やテキストファイル、ROI、LUT は ImageJ アイコンにドラッグ&ドロップすると開くことができる。

既知の問題

  1. Java 1.6 利用時、最初に ImageJ ウィンドウにドラッグ&ドロップしたものが無視されることがある。このバグはステータスバーの部分でなく、ツールバーの部分にドロップすることで回避できる。Apple はこのバグを Java 1.6.0_17(2009年後半)で修正した。
  2. Save As ダイアログボックスで、ファイル名フィールドに コマンドキー + 'v' でペーストできない。これは Java FileDialog クラスのバグで、ファイル名フィールドを右クリックし、ドロップダウンメニューから "Paste" を選ぶと回避できる。
  3. MacBook および MacBook Pro で、 "Tap to Click" オプションの機能を使って ImageJ ダイアログボックスのチェックボックスのオン/オフを確実にすることができない(うまくいかないことがある)。
  4. Java 1.5 および Java 1.6 で、キーボードショートカットがコマンドキーを押しながらでないと効かないことがある。これを再現させるには、[SHIFT] + 'b' を押して "blobs" サンプル画像を開き、選択範囲を作成し、[SHIFT] + 'w' を押して画像を閉じる。その後、[SHIFT] + 'b' で再び "blobs" を開こうとする。
  5. Java 1.6 で、ROI Manager で複数の ROI を選択しようとして [SHIFT]+ クリックしても機能しない。このバグは Apple (ID# 7092724)に報告済である。
  6. Quicktime for Java を利用するコマンドやプラグインが、64ビット版 Java で失敗する。Mac OS X 上の Java 1.6 は 64ビット版のみである。
  7. Java 1.5.0 が動作している Leopard では、Fileメニュー>New>System Clipboard コマンドが例外処理になる。このバグは Java for Mac OS X 10.5 Update 2 で修正されるべく報告済である。
  8. Leopard では、ダイアログボックスを閉じるとき [RETURN] を押すとテキストフィールドへの入力値の代わりに、デフォルトの内容が返される場合がある。ImageJ 1.40e またはそれ以降ではこのバグは回避されている。
  9. ImageJ が OS X 上でクラッシュすることがある。クラッシュの回数は Java の最新版を使うと減少するはずである。このバグは Apple (ID# 3488737) に報告済である。
  10. OS X で、ウィンドウをひとつ開くごとに大量のメモリが必要になる。1024 x 1024 x 10枚 x 8ビットのスタック(計 10MB)を別々の画像に分離するのにさらに 58MB が必要になる!
  11. ROI Manager で、ROI を非選択にする方法がないように見える(java.awt.List のバグ)。回避するには "Unselect" ボタンを押す。
  12. 画像の描画が非常に遅い。Plasma プラグインPlasma2 アプレットでこの問題をテストできる。
  13. ImageJ(1.32h またはそれ以降)で表示される利用可能なメモリ量が 64MB 多すぎることがある。この問題は Java's Runtime.maxMemory() メソッドのバグのためで、 ImageJ を開始するのに ij.jar をダブルクリックしたとき、またはコマンドラインから起動したとき起こる。
  14. Java 1.4.2 で、カーソルが常に矢印。このバグは Apple に報告済 (ID# 3761991)。テスト用のアプレットが利用できる

トラブルシューティング

Mac OS X で ImageJ を実行するときに遭遇する3つの一般的な問題とその解決法である:
  • Java をアップグレードしたら、ImageJ64 が動かなくなった。
ImageJ 1.42 に含まれる ImageJ64 にアップグレードする。
  • QuickTime を利用するコマンドが動かない。
ImageJ64 ではなく、ImageJ を使う。QuickTime for Java は 64ビットモードで動作しない。
  • Helpメニュー>Update ImageJ コマンドが存在しないか、動かない。
ImageJ 1.42 に付属する ImageJ Updater プラグインを利用する。

JAR ファイルの追加

プラグインによっては、JAR ファイルに含まれる Java コードライブラリを必要とするものがある(例、Jama.jar)。ImageJ の プラグインクラスローダーは、JAR ファイルが plugins フォルダかまたはその直下のサブフォルダにある場合、そのライブラリのコードを自動的に読み込む。ImageJ 1.39 またはそれ以降の Pluginsメニュー>Compile and Run コマンドでも、plugins フォルダかそのサブフォルダの JAR ファイルのライブラリをサポートする。注意点は、Compile and Run はファイル名が ".jar" で終わっていなかったり、ファイル名にアンダースコアが含まれていなかったりした場合、JAR ファイルを認識できないことである。

Java バージョンの変更

OS X 10.4 またはそれ以降では、/アプリケーション(Application)/ユーティリティ(Utilities)/Java にある Java Preferences ユーティリティで別のバージョンの Java に変更できる:
  1. Java Preferences を起動する。
  2. Application(アプリケーション)エリアで、"J2SE 6.0 (64-bit)" または "J2SE 5.0"、"J2SE 1.4.2" を最上部にドラッグする。
  3. "Save" (保存)ボタンをクリックする。

コマンドラインからの実行

ImageJ をコマンドラインから実行するには、Terminal ウィンドウを開き、ImageJ ディレクトリに cd をおこない、その後、ImageJ を実行する Java コマンドを使う。これを行う最も簡単な方法は、ImageJ フォルダを Terminal ウィンドウにドラッグし、return と入力したら、次に下のように入力する:
  java -jar -Xmx1024m ImageJ64.app/Contents/Resources/Java/ij.jar
スイッチ -Xmx1024m により、ImageJ が利用可能な RAM の最大値が 1024MB (1GB) に指定される。

下のようなコマンドで ImageJ をどのディレクトリからでも起動できる。
  java -Xmx1024m -jar /Applications/ImageJ/ImageJ64.app/Contents/Resources/Java/ij.jar -ijpath /Applications/ImageJ
ImageJ は下のようなコマンドラインオプションを認識する:
  "file-name"
     ファイルを開く
     例 1: blobs.tif
     例 2: /Users/wayne/images/blobs.tif
     例 3: e81*.tif

  -macro path [arg]
     マクロやスクリプト(JavaScript、BeanShell、Python)を実行し、arg の文字列(オプション)を渡す
     マクロやスクリプトでは getArgument() 関数を使ってこの値を取得できる。
     マクロやスクリプトは、もしも 'path' がディレクトリの完全なパスになっていない場合、
     ImageJ/macros フォルダにあると想定されている
     例 1: -macro analyze.ijm
     例 2: -macro script.js /Users/wayne/images/stack1
     例 3: -macro script.py '1.2 2.4 3.8'

  -batch path [arg]
    マクロやスクリプト(JavaScript、BeanShell、Python)をバッチ・モード(GUIでなく)
    実行する。arg の文字列(オプション)を渡す。
    マクロが終了すると ImageJ も終了する

  -eval "macro code"
     マクロコードをチェックする。
     例 1: -eval "print('Hello, world');"
     例 2: -eval "return getVersion();"

  -run command
     ImageJ のメニューコマンドを実行する。
     例: -run "About ImageJ..."

  -ijpath path
     Plugins ディレクトリを含むディレクトリのパスを指定する
     例: -ijpath /Applications/ImageJ

  -port
     他のインスタンスが実行中かどうかを ImageJ が判断する際に使用するポートを指定する
     例 1: -port1 (デフォルトポートアドレスとして + 1 を使用)
     例 2: -port2 (デフォルトポートアドレスとして + 2 を使用)
     例 3: -port0 (他のインスタンスをチェックしない)
             訳注) この項目は訳者が意味を理解していない
  -debug
     ImageJ をデバッグモードで実行する

アイコンについて

ImageJ の OS X 用のアイコンは、www.arsmachina.com で公開されているおよそ1870年代の Hartnack 顕微鏡の写真(Tom Grill 撮影)をもとにしている。アイコンのフルサイズの PNG バージョンは rsb.info.nih.gov/ij/images/ImageJ.png で利用できる。O'Reilly の macdevcenter.com サイトの記事で、Mac OS X 用の写真のようなリアルなアイコンの作成法を説明している。


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