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一定の条件を満たすと移行するギルドとの戦闘フェーズ。移行時には下記のアナウンスが流れる。

【バトルフェーズに移行します】
【戦列を組んでください！】

主な戦場は飛来してくるギルドを迎撃するため宇宙空間。バトルフェーズが発動するとプレイヤーは強制召喚され、三面構成のフェーズを攻略しながら最終フェーズのボスを目指すこととなる。戦列（パーティー）を組むことを要請されるが実際に組むと戦力の無駄遣い扱いで引き離される。

正常個体のエンドフレーム変身が解禁されるのが最大の特徴。本来の仕様では異常個体はバトルフェーズに参加できないがョ％レ氏の意向によりGumS Gems Onlineでは異常個体も強制召喚される。
バトルフェーズではエネルギー供給等のサポートがあり、変身中に残機が減ることはなく機体が大破してもロストしない。ラムダが接近してきた際の初めてのバトルフェーズではチュートリアルを兼ねて強制的に変身させられたが以降のバトルフェーズでは変身は任意のようである。