ゲーム内でプレイヤー…Ｇコマンダーが戦うことになる戦闘内容のこと。
高難易度になればなるほど、パーツのレア度も高まり、敵も強くなっていく。

ICカードの使用を前提としてミッション終了後にはパーツを貰うことができ、MSに装備させたり経験値ボーナスに変換したりできる。
戦闘の内容により、スコア（プレイヤーのＩＣカードに加算される経験値にもなる）・
スター（ＭＳの開発系統ごとに加算される経験値）も変動するので、常に全力で臨みたいところ。

今まで、本ゲームを始めたばかりのＧコマンダーにとって、
初心者用（ゲームの操作を覚えるため）のミッションはイージーミッション（簡単なミッション）を遊ぶことによって補っていた。
しかし、「ジオンの興亡」突入以降、
ICカードなしでは通常難易度以上のミッションを遊ぶことが不可能になった、
弾数が増えたことで全体的にミッションを選びにくくなった環境等もあり、新たにこの新モードが実装。
簡単に言えば、初心者〜中級者がゲーム操作を覚えるためのミッションである。
※これに伴いクロスギャザーミッションは本弾ではなくなった。

イージー・ノーマル・ハードの難易度別に３つの中からミッションを選択。
選択することで、その難易度に適したミッションが自動的に出現する。
そのままカードを配備（フラットパネルにセット）し、出撃する。
以後は、概要・遊び方ページ参照のこと。
本ミッションはもちろんＩＣカードなしでも可能。
ＩＣカードがある場合、クロニクルモードもＺ２弾通り選択できる。

ミッションは、クロニクルモード収録の過去のミッションから難易度に合わせ自動選択。
旧弾ミッションが中心のためバーストの使用はほぼない。ＨＰも低めの相手が多いはず。
ただし、ミッションの戦場はランダムもしくはオリジナルから変更されている。
その場合、自分・敵のスピードが変更される・地形アクシデントが発生するため注意。

そしてハードミッションには、新作ミッション「伝説の家系（フリーバトルモード仕様）」が存在することが判明。
本ミッションのみは現行弾Ｕ．Ｃ．ミッションのハード並みの戦力となるがパーツ等得るものも大きい。

リンクの貼られているものはクリックで詳しい解説に飛びます。
レベル…そのミッションのレベル（★の数）。レベルによってクリア時のスコアが違う。　
戦場…宇宙、地上、水中、森林、砂漠の５つ。
　　　　　地形適性、地形アクシデント（Ｚ３弾〜）の発生、母艦のボーナス等に関係。
目的…クリアの条件。
　　　　　記載された隊長機の撃破か敵の全機撃墜がミッションの目的となる。
MS１〜４・隊長機…登場する可能性のあるMSとそのパイロットやアビリティ、パイロットスキル。
　　　　　　隊長機（ゲーム内ではＢＯＳＳ表記）と書かれた敵を倒すことで、基本的にミッションは終了となる。
　　　　　　逆に、指定ラウンドである３ラウンドが終了したり、３ラウンド目に隊長機に倒されるなどすることでミッション失敗となる。
パイロットが一般兵の雑魚機体については、出現する機体は一般兵が乗っているMSの中からランダムで決定される。
取得確認パーツ…そのミッションで登場する可能性のあるパーツ。ファンブックが発売された弾の場合確率も記載。
　　　　　　　　　　「ジオンの興亡」では、１ミッションにおいて１種類の出現に変更された。
AGEシステム…システムで上昇する能力とそのEXP。
ガンダムAGE系を使用してミッションクリアすることで手に入れられる。
備考…細かなミッション攻略の注意点など。

※これ以外に選ばれるミッションがあるかとは思いますが参考まで。自由に書き足してください。
戦場がオリジナルと異なる場合管理人等プレイ時の戦場も記載。リンクは後で貼ります、ご了承ください。

顔：ジェノアス+ラーガン・ドレイス
※今までのイージーミッションと同様遊び方説明が流れる。
・ガンダム模擬戦（０弾）
・連邦の勇士（1弾）
・コンバット演習（２弾）

顔：ズゴック（シャア専用機）+シャア・アズナブル
・地を陰らす巨身（Ｚ２弾）
・ジオン水中部隊(6弾)
・エンデュミオンの鷹(4弾、宇宙→森林)
・激闘！チームディーヴァ（3弾）
・ロシアの荒熊 (0弾)

顔：マスターガンダム+マスター・アジア
・イノベイターの脅威（０弾、宇宙→地上）
・仮面武闘会（５弾、水中→森林）
・白い悪魔（１弾、地上→砂漠）
・その名は東方不敗（Ｚ１弾）

※ハードミッション選択時一定確率で出現することがある。

レベル	？	戦場		宇宙			出撃	3
目的	すべての敵を倒せ！
登場MS	機体	パイロット	HP	タイプ	スピード	スキル	アビリティ	バースト	備考
MS1	ガンダムＡＧＥ−ＦＸバースト	キオ・アスノ	16000	ガンナー	5700	圧倒的な優位： 先攻を取ると、そのラウンドのみアタック・必殺+1000【毎回】 チャンスを逃さない！： 必殺技使用時クリティカル発生【毎回】	装甲5	ディフェンス3	必殺技はファイナルAGE・エクスプロ―ジョン
MS2	ガンダムＡＧＥ−１　グランサ	フリット・アスノ（キオ編バージョン）	18000	ディフェンダー	4500	かすった程度だ！： 攻撃を受けた時、ダメージを50％軽減する【１回限り】 全機、突撃せよ！：２ラウンド目に味方全員のスピード+500	鉄壁4	アタック3
MS3	ガンダムＡＧＥ−２　ダークハウンド	アセム・アスノ（キオ編バージョン）	13000	アタッカー	6500	これで終わりだ!： 先攻時、ディフェンスバーストを封じる【毎回】 決死の回避: 必殺技を受けた時、ダメージを５０％軽減【１回限り】	双撃5	スピード３	1ラウンド目から必殺技使用の可能性あり
取得確認パーツ	万能ナビゲーター（全地形適性+1） 複数所持不能				AGEシステム	必殺＋４０
備考	過去弾再録ミッションがメインかと思われていたフリーバトルモードに、まさかの新作ミッションが紛れ込んでいたことが判明した。 「ヴェイガン一挙襲来」→「ラ・グラミス決戦！」の流れを思い出させるこのミッションは、Ｚ１弾「伝説の家系」と構成パイロットこそ変わらないが、ＡＧＥ終盤を完全再現すべくフラットは（先行ミッション「伝説の家系」登場時には未参戦だった）グランサに変更、全機バースト持ちの上全ての能力が大幅に向上している。小隊名の「壮絶」に違わぬ難敵たちとなった。 まずはディフェンスバーストＬｖ３＋装甲で固いキオをどう落とすかであろう。通常攻撃では速烈があってもアビリティＬｖがかなり高くなければ決定打になりにくく、今弾Ｒマ・クベなどのディフェンスバースト封じや必殺技でバーストバトルに持ち込んでバーストブレイクしても、装甲が発動すれば水の泡となり、その後、相手が必殺技を使えば撃墜される可能性が高い。 鉄壁＋ダメージ５０％カットスキル持ちのグランサは、変形・トランザムで受けるのが無難な選択肢だろうか。通常攻撃でダメージカットスキルを使わせた後に変形で受ければＨＰの高さから撃破はできずとも瀕死には持ち込めるはずである。また、その後に鉄壁が発動してくれればラウンド２ではＨＰ１０のはずなので、こうなれば撃破は容易か。ただしラウンド２の全体強化スキルでスピードが５０００になるのに注意したい。 ダークハウンドは有名な「宇宙海賊ビシディアン」ＥＸよりも、高いスピード・バーストＬｖ・アビリティＬｖを誇り、双撃を打ち込まれれば、ＡＧＥ系や防御アップパーツを使用していなければ致命傷になりうる火力を誇る。撃破方法はスピードバースト+速烈でクリティカル確定パイロットであるＺ３弾ジョニーを使用し一気に…というのもいいが、必殺軽減スキルも報告されているため１ラウンドでの撃破はよほど機体Ｌｖが高くないとダメージが足りず、仕留め損ねて双撃や必殺技で返り討ちにあうので機体Ｌｖがかなり高くないと不可能か。また、この戦法を取る際は必ずバーストバトルをする事になるので注意したい。他、ファンネルや変形も候補になるが、どちらでも高いアタックとアビリティＬｖがなければ撃ちもらして返り討ちという事もありうる。出来るなら６弾ＰＦＸやサザビー、旧３弾Ｐダブルバレット、Ｚ３弾ＰＺガンダムの様な高火力機体を投入するとアビリティＬｖにもよるが安定して撃破出来るか。Ｈアビリティを使うとわかりにくいが、ディフェンスバースト破りもあるので受け主体の戦法は取れないことに注意。 取得可能パーツはＵ．Ｃ．ミッション周回パーツと同等というハイレベルな使い勝手の良いものであるためこちらも忘れずに。