JustCause2

ゲームのストーリーそのものとなるミッション。
会話シーンが多く、登場人物も重要人物が多い。

1と2は強制的に参加させられ、抜けることはできない。
3以降はChaosを溜めてロック解除する。
順番にクリアする必要があり、前のミッションが終わらなければ次のミッションは出てこない。
※Chaosが溜まっていれば次のミッションはクリア後すぐ出てくる。
ちなみに最終ミッションのアンロックに必要なChaosは435000である。

各ミッションのクリアごとに同名の隠し実績/トロフィーが解除される。

FAQの項にも書いてあるが、エージェンシーミッション6クリア前に全ての拠点制圧ミッション(9つ)をクリアしておくこと。
クリアしておかないと一部ミッションが進行できなくなる。

※詳細はリンク先参照。ネタバレ注意。

名称	備考
Story Mission 1	強制ミッション。
Story Mission 2	強制ミッション。
Story Mission 3
Story Mission 4
Story Mission 5
Story Mission 6
Story Mission 7	最終ミッション。Mission 6クリア後に強制的に進行させられる。