メインパイロット、パートナーの2人まで作成可能。
セーブデータにはメインパイロットの名前が表示されるものの、
それ以外は特にイベントが用意されているわけでも無いので、
作成後はどちらをメインキャラとして操作してもいい。

命名に困ったなら、「一般兵」「ザフト兵」のような名前にして
VSシリーズやGジェネの無名パイロットみたいにして出撃させるのもまた風情がある。

オジリナルパイロットは出撃する度にステータスが成長していく上、
通常スキル2枠と、瀕死時発動スキル1つを、全スキルから自由に付け替える事が出来る。
　
　
SEEDシリーズの登場人物はゲストパイロットという項目で
ミッションを進める度に加入してくる。
よって、オリジナルパイロットを一切使わない遊び方もできる。
ちなみに、キャラクターによっては見た目や衣服のパターンが複数用意されている。
(イザークの顔の傷有り無しなど) (キャラクター選択時に、詳細を開くと変更が可能。)

このゲストパイロットは基礎ステータスが高いものの、
ミッションクリアでステータスが成長せず、スキルの付け替えもできない。
よって、長期的に見れば作成したオリジナルパイロットの方が伸びしろがある事になる。
とはいえ、ゲストのステータスは本編クリア手前並みに高いので、あえてゲストだけ使う手もある。

キャラクターの顔グラフィックは男性4人、女性4人から選択でき、
それぞれ声優と台詞、開始時点での所持スキルが異なる。

	声優	ナチュラルスキル	コーディネイタースキル	備考
男性1	間島 淳司	姿勢制御 鉄人/激昂	コーディネイター 鉄人/激昂	自信過剰なオラオラ系
男性2	村田 太志	冷酷 索敵/祈り	コーディネイター 索敵/祈り	真面目な一般兵
男性3	武藤 正史	身軽 鉄壁/威圧	コーディネイター 鉄壁/祈り	かっこいい兄貴系
男性4	松田 健一郎	クイック 器用/修復	コーディネイター 器用/修復	頼れるおっさん系
女性1	水野 マリコ	鉄壁 クイック/修復	コーディネイター クイック/修復	元気な新米兵士
女性2	沼倉 愛美	索敵 身軽/祈り	コーディネイター 身軽/祈り	ゆるふわロリ系
女性3	持月 玲依	器用 姿勢制御/激昂	コーディネイター 姿勢制御/激昂	控えめなお嬢様系
女性4	大浦 冬華	鉄人 冷酷/威圧	コーディネイター 冷酷/威圧	年上の姉御系

・ナチュラル
ナチュラルは俗にいう一般人。地球に住む人間はだいたいこっち。
基礎ステータスは低いが成長が早いタイプ。
通常スキル枠が2つあるので、攻撃力アップや機動力アップなど、自由なスキルを組むことができる。
スキルは、パイロット作成時に覚えているものに加え、ミッションをクリアすれば次第に獲得していく。
1週クリアする事にはほぼほぼ全部埋まっているだろう。

ただし、一般兵なのでコーディネイター専用機であるザフトのジン系やガンダム系には乗れない。
一般量産機であるストライクダガーやダガーL、M1アストレイ等が主な登場機体となる。
(ナチュラルでもガンダム系に乗る事はできるが、機体性能が大きく下がるので実質搭乗制限)

SEEDシリーズに登場する有名なガンダム使い達に混じって戦う、
一般兵の気分を味わいたいならナチュラルでもいいだろう。
ストライクガンダムをはじめとした主人公機には乗れないが、ミッションを進めるとナチュラル専用MS
なるものが多数製造され始める為、序盤は苦労するものの終盤には巻き返していける。

途中でどうしてもガンダムに乗りたくなったら、スキル枠を1つ捨てて強化人間になる方法がある。
スキル1に生体CPU・エクステンデットを装備する事で、疑似的なコーディネイターになれる。
ただし、装着すると二度と外せないばかりか、ちょっとしたデメリットがある……


・コーディネイター
基礎ステータスが高い代わりに成長が遅いクラス。
また、スキル枠の1つが「コーディネイター」で固定されてしまう為、実質スキル枠は1つとなる。

スキル「コーディネイター」によって搭乗制限が無くなる為、
ナチュラル用の量産機、ジンやザク、ガンダム各種に大型MAなどなど、何でも乗りこなせる。

ただしスキル枠が狭い為、機体性能に依存する傾向が高く、攻略には強いMSが必要になってくる。
まぁ、いくら高性能なガンダムといえど、結局改造には上限というものがある為、
攻撃力upスキルを2個つけたナチュラルが、フル改造した量産機に乗った方が威力が出る。

ちなみに、Z.A.F.Tはコーディネイターの国であるプラント出身者で構成された組織なので、
Z.A.F.T陣営を選んだ場合、1週目は強制的にコーディネイターとなる。
(Z.A.F.Tルートを1週クリアすれば、次回開始時からナチュラルが選択できるようになる。)

スペシャルアタック……略してSPAと書かれる。
△+○を押した時にゲージを消費して発動する特殊効果。

ミッション開始時にパイロットSPAと機体SPAを選択する事が出来、
パイロットSPAを選ぶとキャラ選択時に選んだ2種類のSPAを発動できる。
パイロットSPAはどちらも20秒。

機体SPAは登場している機体ごとに設定された必殺技を使用する。
フリーダムならハイマットフルバースト、イージスなら自爆といったように機体特有の必殺技から、
エールストライクなら極太ビームライフル、ストライクダガーなら体当たりといった地味なものまである。
今作の敵エース(顔グラありの敵キャラ)はものすごく硬いので、いかにこの攻撃を当てるかが肝になる。


・ハイパーモード
20秒間無敵になり、リロード時間が短縮されるモード。
加えて、射撃武器はリロードになるまで撃ち放題になるので、大型ミサイルや極太ビームすら連射できる。
格闘武器の場合は立ち格闘3段目の吹っ飛ばし効果がなくなり、その場で連続攻撃を繰り返す事が可能になる。ただし、1セットごとにダメージ半減のコンボ補正がかかる。
SP射撃を連打しても最初の1ゲージしか使わない場合もある、というバグもある。小ネタ参照。
SPゲージが余っているようなら積極的に使って行けば、雑魚戦も対エースも実に快適。ついでに無敵を利用して格闘で倒せば弾の節約にもなる。

対ハイパーボス戦では、ハイパーモードなしはかなりの縛りプレイとなり得るので、どちらかのパイロットには持たせたい。
レクイエム内部のような一部の狭いマップも、ハイパーモードなしだとややキツイ。
スローモーションと違って相手に射撃が当てやすくなるわけではないので、射撃が当たらないと思ったら格闘で真っ直ぐいってぶっ飛ばす戦術に切り替えると楽かもしれない。
どうせ無敵なので棒立ちで敵機を誘うことも可能である。

ゲストパイロットはほとんど全員のパイロットSPAはこっちになっている。
パートナー指示からSPAを指示するだけで一定時間強くなる為、機体SPAのように攻撃を外す事が無く、
下記スローモーションのように使い所を選ばない為、ゲージが溜まるたびに発動させるとお得。


・スローモーション
自分以外の敵味方がスローで動くようになる。（自分も1〜2割は遅くなる）
雑魚狩りからエースの完封、ミッションの施設破壊……と用途が多岐に渡るので、使い勝手としてはこちらが上。
慣れないうちはこっちでやるといいだろう。
ただし、SEED覚醒持ちには通用しない……が、SEED覚醒を発動されるまでは普通に有効。
SEED持ちのHPを調整して、SEED発動前にスローを再使用してからダウンさせ、再度倒しきるというような調整をすると良い。
対ハイパーボス戦だとHPが高すぎてこの調整は無意味だが、通常マップは大体いける。

ハイパーモードと違って、スロー中でもリロードは普通に5〜6秒かかってしまう。
SP射撃によるリロード短縮をするか、別の射撃武器を使うか、格闘に切り替えて戦うかが必要。
格闘を安易にしかけると、視界外の敵から手痛い反撃を受けることもあるので、慎重に行う必要がある。
SP射撃リロードは次のスロー用のSPが消えてしまうし、別の射撃はチューンポイントが不足しがち。

ゲストパイロットは、キラ、アスラン、カガリ、シンのみSPAがスローモーションである。
パートナー指示でも発動させられるが、パートナーが高速で動いている間は自分がスローになってしまう為、
ハイパーモードよりも使い所が肝心となる。ついでにスロー中も制限時間は通常通り減っていくのでタイムスコアが悲惨になりがち。

・地球連合軍
地球連合勢力で開始すると量産型MS「ストライクダガー」をはじめとした
一般兵用の汎用MSが多く手に入る。コーディネイター専用機に比べると性能は少し低いが、
バリエーションは多く、癖が無く使いやすい機体から実験機まで様々。

ミッションを進めて行くと、終盤あたりからガンダム系が一気に手に入り始める。
よって、ナチュラルで開始するならこっちの勢力一択となる。

連合勢力をコーディネイターで開始すれば、ストライクガンダムを含めた主役機に乗れるが、
量産機は量産機で比較的強いのが揃っている為、機体の性能不足でクリア出来なくなる事は無い。


・Z.A.F.T
Z.A.F.T勢力では、ジンをはじめとしたコーディネイター専用機がなんと10割を占めてしまう。
つまり、ナチュラルで開始するとほとんどの機体に乗れないという悲惨な事態になる。
(よって1週目のZ.A.F.T勢力で開始した場合、強制的にコーディネイターとなる。)

コーディネイター専用機はナチュラルでも、一応搭乗する事はできるのだが……
火力、耐久性、機動性を含めた全ステータスが30%も下がるので、縛りプレイ以外の何物でもなくなる。
このゲームを何週もクリアすれば搭乗制限を解除できるが、それまではコーディネイター一択。

ストーリー開始時点ではジンやディン、シグーなど実弾武器機体しか登場しないが、
ストーリーを進めていくと、強奪した4機のガンダムをはじめとした高性能機が入手できる為、
機体のバリエーションには困らなくなっていく。


・アークエンジェルルート
どちらの勢力で開始しても、ストーリー中盤にルート選択が発生する。
ゲーム開始時に選んだ所属陣営に残るか……それとも所属陣営を裏切って
アークエンジェル、キラ、ラクス達と共に両勢力を相手にしつつ、悪の根源を倒すか……

まぁ、キラやアスランが仲間にいるので勝ち確みたいなものだが、
3勢力それぞれで入手できる機体は違うので、よくよく考えてルートを選ぼう。
基本的にコーディネーター推奨のルートである。

このルートに入るとアニメのストーリーに近い流れになり、主役機が多く入手できる一方で、
アストレイやMSVなどの外伝作品のミッションが極端に少なくなる。
SEED外伝作品のキャラにも触れたい場合は、地球連合軍かZ.A.F.Tの方がいいだろう。

ナチュラルでスキル1に「生体CPU」「エクステンデット」をつけると、
オリジナルパイロットの戦闘時のセリフが変化する。

戦闘中のリアクションが変更されるのみでなく、ミッション中の反応にも反映されるなど芸が細かい。
変化後の台詞は、SEEDのブーステッドマンやエクステンデッドをイメージしたものから、
過去作のニュータイプ覚醒者や強化人間イメージのものまで様々。

ミッション等で獲得したスキルは、新たにニューゲームで作ったキャラにも持ち越せるので、
2週目以降はゲーム開幕直後から上記のスキルをつける事が可能。

• 通常時の台詞と、変化の一例

男性1：
・通常時
　　自信過剰なタイプ。ややウザ系。敵機撃破時や皮ダメージ時はなかなか大それた発言をする。
　　まぁ、SEEDにはイザーク・ジュールといいカナード・パルスといいシン・アスカといい
　　本作にはこういう感じの若者が多いが……。僚機に選んでも不真面目な男子という感じは変わらず。
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　声のトーンがやや低くなるが、基本的な印象は変わらず。台詞も通常時と共通するものが多い。
　　粗暴な発言は増えるが、元々自信過剰気味なセリフが多い為かあまり変化が感じられない。
　　戦闘中は通常時よりイキイキした雰囲気となり、三馬鹿ブーステッドマンらしい変化が見られる。
　　仕事で戦わされている若手風な感じから、ゲーム感覚で戦っている青年に変わった感じ。
　　声のテンションとトーンが高くなったぶん、こちらの方が通常時よりも自然なキャラに見える。
　　

男性2：
・通常時
　　真面目な一般兵と言ったキャラクター。一般兵になりきりたい人にお勧め。
　　「了解」「出撃します」等モブキャラらしいセリフが多く、余計な台詞が無いので安心できる。
　　主人公にすると、敵を撃破した時に調子に乗る事もあるのが鼻につくが……。
　　パートナーだと基本ずっと真面目。「一般兵」という名前をつけても違和感が無いくらい普通。
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　あの真面目そうな性格はどこへ行ったのか…というくらい過激で凶悪な物言いとなり、
　　男性1よりもっと乱暴かつ物騒なキャラになる。人って変わるんだね……

男性3：
・通常時
　　やや軽いノリで調子のいいハンサムボイス。頼れるアニキっぽくもある。
　　台詞のパターンが豊かなので、基本的に男性パイロットを選ぶ中では無難な方。
　　モブ顔だがキャラもしっかり立っており、僚機にするとネームドキャラに負けないくらい楽しい。
　　……そういや、こんなやつザフトにいたけ？ いたよな……いた！ ……ってかこれもう半分お前だろ？
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　基本的な印象は変わらないが、声が低くでダルそうな感じになる。
　　返事も「わ〜かったよ」「何で俺がぁ？」など、頼れる先輩から頼りづらい先輩に。
　　やや軽いノリで調子のいい台詞だったものが、一転して不誠実で態度が悪く聞こえる。
　　プレイヤー操作時はダルそうな台詞が多く、パートナーにすると不真面目な返事が目立つ。

男性4：
・通常時
　　おっさんポジション。オリジナルパイロットで唯一の年配ボイス。
　　台詞はかなり真面目でしっかりしているので、オッサン軍人やベテラン兵が好きな人にはうってつけ。
　　逆に言うと淡白で平凡、良くも悪くも一般兵のおっさんといった感じ。
　　名前を「ザフト一般兵」とかにすると、なにかとそれっぽくなる。……スパロボとかにいそう？
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　基本的な印象は変わらないが、ほんのちょっと高圧的になる。
　　全体的には恨みを持って戦っているのを抑えている人といった感じ。妻子でも失ったか…
　　全体的にふっきらぼうになった気もするが、基本の台詞はそのまま。通常時のキャラが普通過ぎたんや。

女性1：
・通常時
　　真面目な新米兵士と言った感じ。自分で使用してもパートナーにしても癖の無い台詞を言う。
　　女性版一般兵と言った感じだが、声がハツラツとして元気なのでちょっとうるさめ……かな？
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　常にムスっとしている。元気なセリフが多かったのが一転してやや声が低くなる。
　　投薬で狂ったというより、ストレスが溜まりに溜まった状態で戦っている人のような感じ。
　　攻撃を受けると余裕なく取り乱したり、敵機撃破時や味方撃墜時に攻撃的なセリフを吐くなど、
　　わりと順当にブーステッドマンやエクステンデッドになった感がある。
　　プレイヤー操作時はやや過激なセリフが多いが、パートナーにすると通常時と似たような返事をする。

女性2：
・通常時
　　ゆる〜い台詞の多いロリ系。「りょうか〜い♪」「相手したげるからかかっておいで〜♪」等、
　　ちょっと戦場においてはふわふわした台詞が多い。あざとい系なので好きな人は好き。てか好き。
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　ロリっぽさに磨きがかかり、さらに明るくアホの子っぽくなる。「がんばりま↑ーす」などなど。
　　他のキャラクターが暗くなったり高圧的になったりする中、こいつはめっちゃくちゃ元気になる。
　　エクステンデッド施術による幼児退行…と言うより、施術によって「恐怖心が無くなった状態」が正しいか。
　　プレイヤーが操作すると子供っぽい台詞が多く、パートナーにしてもやはり子供っぽい返事をする。
　　戦争の緊張感は皆無になるが、別作品のアホキャラかというくらいムードメーカー役をこなしてくれる。
　　声質がアニメ声なので、実は通常時よりもこっちの方がしっくりくる。うん、すごくかわいい。

女性3：
・通常時
　　エリートお嬢様。自信満々と言うか、完璧主義と言うか、デキる秘書のようなイメージ。
　　クール……というより控えめなセリフが多く、女性ボイスの中では静かな方。
　　「〜ですわ」など、ごくたまにお嬢様風の台詞を言うが、オリジナルパイロットの中では無難な方。
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　エリートっぽさに磨きがかかり、たまにチラッと見せる程度だったお嬢様台詞がもう前面に出て来る。
　　プレイヤー操作時は上から目線なセリフをやや物静に言う事が多く、ちょっとコワい感じもする。
　　パートナーにすると、冷たい目で見られているんじゃないかと言う程そっけない返事が多く、
　　基本的に周囲のキャラクターを気にかけてくれないばかりか、たまに小言みたいな事を言われる。
　　撃墜されると「足手纏い」「下手ですわね」とか言いやがるので、ギスギス感を味わえる。
　　てか、エクステンデッド化の症状なのかこれ……単に嫌われてるだけとかなんじゃ……？

女性4：
・通常時
　　お姉さん系キャラ……だが、アネゴっぽくもある。このキャラだけ口紅を塗っている。
　　Zガンダムによくいる人っぽい台詞もあり、空が落ちて来るとか色々言い出しそうでもある。
・｢生体CPU｣ or ｢エクステンデッド｣装備時
　　通常時の人間っぽさが抜け、作戦遂行の為の兵士といった台詞が増え、
　　感情を出さず淡々と必要事項だけ話す様になる。「目標、破壊」「任せろ」等。
　　ユーモアは無くなるが、こちらの方が割と精鋭の兵士っぽいのでキャラには合っているかも。
　　プレイヤーが使うとベテラン兵らしくなり、パートナーにすると上記の端的な会話が多いイメージ。