Ver.9.7（2020/06/23）より追加された新要素。本能と同じく、未来編3章を攻略すると解放される。

本能を解放できるキャラにこの本能玉を1個装着することができ、特定の属性に対するダメージを上げたり、被ダメージを軽減したりする効果が得られる。
また本能玉は同じ属性・内容・ランクのものを合成することでランクを上げることができ、ランクの高い本能玉ほど装着時の効果が増す。
なお、一部の超本能実装キャラは、Lv.60で2個目の本能玉スロットが解放される。こちらを参照のこと。

本能玉は本能のウィンドウにて装着できるという都合上、第3形態への進化と本能を解放できることが前提となる。さらに「超ダメージ強化」「打たれ強い強化」「めっぽう強い強化」の本能玉は、すでにそれらの特性を持っているキャラに限り該当するものを装着できる。
注意点として、「超ダメージ強化」本能玉を極ダメージキャラ、「打たれ強い強化」本能玉を超打たれ強いキャラに使うことはできない。

なお、第3形態から第4形態への進化で特性が変わる場合、すでに装備している本能玉の効果はなくなるが、本能玉自体が消えたり自動的に貯蔵庫に戻るといったことはなく、装備されたままになる。

公式回答では、本能と同様に第3形態でしか効果を発揮せず、第1・第2形態には効果がない、とのこと。
ウルトラソウルズ・ダークヒーローズなど第1・第2形態ならではの使いみちがあるキャラについては注意を要する。*1

なお、本能玉は一度装着したあと別の本能玉で上書きすると消滅してしまう。
外せば貯蔵庫に戻るが、その際に10NP（にゃんこポイント）消費するのでよく考えて装着しよう。
キャラに装着済みの本能玉もそのまま強化できるが、その分にはNPを要求されない。

本能玉は、発掘ステージや超生命体強襲ステージ(EX)から入手でき、ドロップすると本能玉貯蔵庫に入る。
本能玉は128個まで保管可能。
ver11.4.0アップデートでの本能玉貯蔵庫レイアウトの変更に伴い、上限が撤廃された。

本能玉には、対応する9つの属性（赤い敵・黒い敵・浮いてる敵・天使・エイリアン・メタルな敵・ゾンビ・悪魔・古代種）が存在する。*2
メタル以外の8つの属性それぞれに、「ダメージアップ」「ダメージ軽減」「めっぽう強い強化」「超ダメージ強化」「打たれ強い強化」の5種類がある。*3また、メタルな敵に対しては「ダメージ軽減」のみがある。
さらに効果の大きさでS〜Dの5つのランクに分けられる。

効果	本能玉
ダメージアップ
ダメージ軽減
めっぽう強い強化
超ダメージ強化
打たれ強い強化

貯蔵庫内、あるいはキャラに装着した状態で、同じランクの本能玉を複数合成することでランクを上げられる。

ランク上昇	D→C	C→B	B→A	A→S
必要な本能玉の数	2個	2個	3個	3個

なお、不要な場合にはNPに交換することもできる。

本能玉ランク	D	C	B	A	S
入手できるNP量	1NP	1NP	2NP	7NP	25NP

NPへの交換は、Dはそのまま交換、C以上はSまで強化してから交換すると効率が良い。*4

それぞれの効果の度合いは下表の通り。

本能玉ランク	D	C	B	A	S
ダメージアップ	+1レベル分の攻撃力x2	+1レベル分の攻撃力x4	+1レベル分の攻撃力x6	+1レベル分の攻撃力x8	+1レベル分の攻撃力x10
ダメージ軽減	4%	8%	12%	16%	20%
超ダメージ強化	+0.1倍	+0.2倍	+0.3倍	+0.4倍	+0.5倍
打たれ強い強化	5%	10%	15%	20%	25%
めっぽう強い強化*5	+0.06倍 2%	+0.12倍 4%	+0.18倍 6%	+0.24倍 8%	+0.30倍 10%

「ダメージアップ」の本能玉は、対応する属性の敵に対して、装着したキャラの1レベル上昇分×1〜5倍の攻撃力に相当する分のダメージ量を増やす。
このダメージの増加量はキャラ毎に固定で、装着キャラのレベルに依存しない。
例えば、Lv30のキャラにつけてもLv50のキャラにつけても増加量は同じである。*6

また、このダメージ量は攻撃力上昇や超ダメージといった特性で〇倍化されず、敵の攻撃力ダウンを付与されても半減されない。
つまり、以下のような計算で算出される。

(与えるダメージ量)=(通常ダメージ量)×(特性や妨害等による変化率)+(本能玉による増加分)

「ダメージ軽減」「打たれ強い強化」「めっぽう強い強化」の本能玉は、対応する属性の敵から受けるダメージ量をそれぞれ4〜20％、5〜25%、2〜10% の割合で軽減する。
これらは最終的なダメージ量への掛け算で軽減される。
例えば、被ダメージ1/4の打たれ強いを持つキャラにランクSの「ダメージ軽減」本能玉を装着させた場合、
0.251/4×(1-0.220%)= 0.21/5
となり、1/4→1/5までダメージを軽減できるようになる。

「超ダメージ強化」「めっぽう強い強化」の本能玉は、ダメージアップの本能玉と違い、キャラの基本攻撃力ではなく特性の強化倍率を底上させる効果を持つ。
それぞれ+0.1〜+0.5倍、+0.06〜+0.30倍の値だけ元の倍率に加算する。
例えば与ダメージ4倍の超ダメージを持つキャラにランクSの「超ダメージ強化」本能玉を装着させた場合、倍率上昇量は+0.5倍なので、4.0倍→4.5倍のダメージを与えられるようになる。

以下のキャラクターは、Lv.60超本能解放後に本能玉スロットが追加されており、2個装着できるようになっている。
・金猿帝のクウγ
・インフェルノ・アキラ
・邪眼竜の武神・伊達政宗
・ウルトラケサラン
・豪炎狙撃車ウーウー
・豊穣の狐姫ヒメユリ
・光宝杖のカッパーκ
・Gパーフェクトアヌビス
・爆走兄弟ピーチジャスティス
・ジョイフルねこナース
・Gメガロディーテ

基本的な2種類については、そのキャラの特性に対応する属性で「ダメージ軽減」を付ける、超ダメージに頼らず火力の出せる汎用攻撃役ユニットや被弾しないことを前提とするユニットなどに「ダメージアップ」を付けると効果的とされる。
｢ダメージ軽減｣は、特性込みでダメージを割合軽減するので、どんなキャラに装着しても安定した効果を得られる。
｢ダメージアップ｣は、超ダメージなどの特性による増加を考慮しないため、攻撃力値・DPS値自体が高いキャラに装着すると大きな効果を発揮する。例えばターゲット限定をもつキャラなどは一つの選択肢である。

特性専用の「超ダメージ強化」「打たれ強い強化」「めっぽう強い強化」については、元々所持する特性に合わせて付ければ、同ランクの他の本能玉よりも大きな効果が見込める。
例えば、超ダメージを持つキャラにつける場合、Sランクの「ダメージアップ」と「超ダメージ強化」では前者が6％程度の火力増加に対して、後者は12％増加になる。同様に、打たれ強いを持つキャラにおいて「ダメージ軽減」と「打たれ強い強化」では後者のほうが生存時間が6％長い計算になる。
ただし、特性専用本能玉はやや入手しづらく、いざ付けるとなると、例えばSランク「ダメージ軽減」とCランク「打たれ強い強化」との比較ということもある。
また、古代の呪い被弾時には「打たれ強い強化」本能玉は元特性ごと無効化されるが「ダメージ軽減」は無効化されないなど、数値に表れない優劣もある。

なお、装着するキャラは、レベルを上げて本能によりステータスの強化を済ませている方が好ましい。
レベル上昇や本能は、手持ちのXPやキャッツアイ・NP次第ではあるものの、攻防一方のみ・単一属性に対して強化する本能玉より得られる効果の幅は広い。

実際には、自分の手持ちのキャラ、苦手としているステージなどで判断すべきだろう。
例えば、ガメレオンのように複数の属性に対応する場合は、一本に絞りにくく、装着した後に気が変わることもある。
他にも、例えばネコいて座なら特性上、浮いてる敵の本能玉が最有力だろうが、本能を解放して対ゾンビにも対応すれば、ゾンビの本能玉にしておけば良かった、ということもなり得る。
また、相手やステージにより、シンプルにダメージアップが良いか、ダメージ軽減で生存時間を伸ばした方が良いか、という選択は変わってくる。
ただ、効果が限定的なので、手詰まり感のあるステージにおいてそれをクリアするためだけにピンポイントの攻略アイテムとして使う、という考え方も一部のプレイヤーにはあるようだ。*7

地図を開いた時の名称(｢赤き〜｣｢黒き〜｣など)でドロップする本能玉の属性が分かる。

各難易度ごとにステージ名がまとまっており、Ver.10.7以前はそれぞれドロップする本能玉のランクと入手確率は表の通りであった。
現在は「めっぽう強い強化」「超ダメージ強化」「打たれ強い強化」のDランクの本能玉が、各難易度で1.0〜2.0％ドロップするように追加されている。
ただし、悪魔と古代種の本能玉のみ他の属性とは別のドロップテーブルが設定されており、特性強化系の本能玉がドロップしやすくなっている。
なお、いずれもSランクはドロップせず合成でのみ得られる。

内容については発掘ステージ参照。
各ステージは同列の発掘ステージよりやや難しいが、ドロップする本能玉の属性のみの編成なので、各属性に特化したキャラで対抗しよう。
また、一部「最高」難易度ステージには、真レジェンドに登場する敵も出るので注意。
なお、悪魔など狙いの属性に対する本能玉を排出する発掘ステージはなかなか出現しないが、地図の固定にて幾分確率を上げられる。

後述の超生命体強襲ステージに比べると本能玉のランクが見劣りするものの、NPにする前提ならば「統率力100で確実にNP1以上貰える」というのは実は破格の効率である。
統率力100当たりで比べるならば超生命体強襲ステージを超える。*8

超生命体強襲ステージにて、各ステージをクリアすることで確率で出現するEXステージの報酬として入手可能。
その超生命体に属性は依存し、例えばヒュージゴマ強襲で入手できる本能玉は【赤】となる。
こちらでは、「めっぽう強い強化」「超ダメージ強化」「打たれ強い強化」といった特性専用の本能玉が格段にドロップしやすくなっている。
さらに、D以外のランクもよく出るので、効率よく本能玉を育てられる。
余裕があれば、周回することを勧める。

EXステージの出現率と本能玉の質の両方を考慮すると、Lv.MAXで周回するのが一番効率いいが、結果として周回のハードルも高くなってしまう。
厳しいようであれば、自分に見合ったステージで周回するのがいいだろう。
なお、発掘ステージ同様、Sランクの本能玉がドロップすることはない。

ステージ	ドロップする本能玉
	通常D	特性D	通常C	特性C	通常B	特性B	通常A	特性A
起源の樹海	20%	60%	5%	15%	-	-	-	-
頂の樹海	-	-	20%	60%	5%	15%	-	-
秘境の樹海	-	-	-	-	20%	60%	5%	15%

通常：ダメージアップ・ダメージ軽減
特性：めっぽう強い強化・超ダメージ強化・打たれ強い強化

EXステージの内容、出現率については強襲ステージ参照。