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NAMDはコンパイル済みのバイナリファイルも配布されています。それを使っても勿論いいのですが、例えばアップデートパッチを入れたりintelコンパイラでコンパイルしたかったりと、色々アレがソレでコレな場合もあると思うので、ソースコードから自分でコンパイルしてみましょう。というか、それやらなかったら今回の記事の分量が・・・(´・ω・｀)
ま ずNAMDのソースコードをダウンロードします。
http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/downlo...
今回は Nightly Build (2013-06-08) のSource Codeでやってます。ナイトリービルドは日々更新されるので、多分違うバージョンになってるでしょう。なんなら2.9の安定バージョンのほうがいいかも？そんな安定してねぇけど

ダウンロードしてきた圧縮ファイルを適当なところに解凍します。んで、フォルダ内にあるnotes.txtのCompiling NAMDセクションにコンパイルの手順が書いてるのでそれを参考に適当にコンパイルします。
＜完＞

・・・では今回の記事の分量が（略）なので、一応留意点としては
(1) gccがインスコされていること。iccのほうが早いので、可能ならばそっちを入れる。
(2) cshがインスコされていること。
(3) gmakeがインスコされていること（必須ではないけどあると便利）
(4) OSが64bit（Ubuntu13の32bitではうまく行かなかった。俺のスキルがうんこであるだけで、回避は可能かもしれないけど、明らかに64bit推奨なので、可能ならそっちにしよう）

あと、途中でarch/Linux-x86_64.fftwとかを編集するところがあるのですけど、デフォルトではfftw/Linux_なんとかになってたようななってなかったような気がします。fftwの前を/NAMDのソースコードを解凍したパス/fftwにするのは勿論ですが、後ろのLinuxなんとかは必要ないのでとっておきましょう。前のパスにのみ注目がいって忘れちゃうと、エラーを(σ・∀・)σゲッツ!!することがありますので注意。
コンパイルできたら/NAMDのパス/Linux-x86_64-g++/以下にnamd2とcharmrunファイルができていることを確認しまし ょう。んで、パスを通しておきます。.bashrcか.bash_profileに以下の記述を追加します。

PATH=$PATH:/NAMDのパス/NAMD_CVS-2013-06-08_Source/Linux-x86_64-g++
export PATH

んで、
source ~/.bashrc
で有効化します。次にテストジョブを実行しましょう。
おそらくnotes.txtに従ってalanin（何故かeがない。）のテストジョブを実行したと思います。が、なにぶん短すぎる。ので、もうちょっと長いジョブをしてみましょう。記されているapoa1は系がでかすぎて異様に見にくいのでこっちを使いましょう。

wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/tin...

んで解凍したフォルダ内のtiny.namdを編集します。outputName以外は別に編集しなくても動きますけど←

＜変更＞
outputName /tmp/tiny_out　=> tiny
numstep 500 => 100000　（マシンスペックと相談だ）

＜追加＞
DCDFile tiny.dcd
DCDfreq 100

んで、コレを実行します。４コアマシンで流しております。MPI？何ソレ美味しいの？

charmrun namd2 +p4 tiny.namd > tiny.out

４コア設定、メモリ4GBでVMware上で動かしている僕のうんこマシン（Intel(R) Core(TM) i7 CPU 860@2.80GHz）で260秒で終わりました。