本ページではVMDのTIPSを掲載しています。適当に追加するかもしれませんし、しないかもしれません。
分子表示・編集・解析ソフトのVMD。GUIで操作することにあまり焦点が置かれていないので、慣れないと使いにくい部分も多いと思います。このため、初心者の僕が色々調べた結果をメモって行こうと思います。とはいえ、VMDは本当にかなり色々なことができるので、書けることはごく一部。間違っていることとか、もっと便利な使い方がアレばお教えいただければ幸いです。
Selected Atoms編
分子表示・編集・解析ソフトのVMD。GUIで操作することにあまり焦点が置かれていないので、慣れないと使いにくい部分も多いと思います。このため、初心者の僕が色々調べた結果をメモって行こうと思います。とはいえ、VMDは本当にかなり色々なことができるので、書けることはごく一部。間違っていることとか、もっと便利な使い方がアレばお教えいただければ幸いです。
Selected Atoms編 
本セクションではGraphical representationなどで用いる、Selected Atomsのボックスに入れるコマンドを紹介したいと思います。コレが出来ると、論文や学会などの資料で、必要な部分をフォーカスした図が作成出来ます。
例（とある蛋白質のPDBデータの一部を抜粋）：
1 ATOM 1 N CYS P 1 -10.475 -0.899 -0.011 1.00 0.00 P1 N$
2 ATOM 2 C CYS P 1 -8.613 -2.336 0.540 1.00 0.00 P1 C$
3 ATOM 3 O CYS P 1 -8.251 -1.484 1.357 1.00 0.00 P1 O$
4 ATOM 4 N TYR P 2 -8.122 -3.568 0.536 1.00 0.00 P1 N$
5 ATOM 5 C TYR P 2 -5.791 -3.116 0.443 1.00 0.00 P1 C$
6 ATOM 6 O TYR P 2 -5.717 -3.259 -0.781 1.00 0.00 P1 O$
7 ATOM 7 N ASN P 3 -4.988 -2.314 1.127 1.00 0.00 P2 N$
8 ATOM 8 HN ASN P 3 -5.017 -2.183 2.117 1.00 0.00 P2 $
9 ATOM 9 C ASN P 3 -2.688 -1.501 1.257 1.00 0.00 P2 C$
10 ATOM 10 O ASN P 3 -2.630 -0.890 2.316 1.00 0.00 P2 O$
11 ATOM 11 OH2 TIP3W 4 -17.244 23.344 -26.144 1.00 0.00 WT1 O$
12 ATOM 12 H1 TIP3W 4 -17.473 23.366 -25.167 1.00 0.00 WT1 H$
13 ATOM 13 H2 TIP3W 4 -17.961 23.747 -26.546 1.00 0.00 WT1 H$
・全体を選択する
all
・蛋白質だけを選択する
protein
今回は蛋白質以外は水だけなので、
not water
でもOK。
・Cysteineのみを選択する
resname CYS
または
resid 1
（resname は左から５番目の3文字表記に対応。最大４文字まで対応しているので、水を選択したい場合にはresname TIP3とし、TIP3Wとはしない。Wは水の識別子であり、残基名ではない。
resid は残基ナンバーに対応。CYS P 1の「１」がその数字。CYSが複数ある場合、残基ナンバーで指定すると一意に定まるので、うまく組み合わせて使おう。）
・１残基目から3残基目までを選択する。
resid 1 to 3
または
resid 1 2 3
・Cysteineの炭素のみを選択する
resname CYS and name C
または
resid 1 and name C
（nameで原子の名前（左から４番め）を選択。name Cだけだと、TYR, ASNのCも選択してしまう。そのため、andで結ぶ。今回の場合、ASNのHNを選ぶ場合、name HNで一意に選択できるが、その場合でもやはり残基名も明示的に選択するのが無難。）
・ひとつの蛋白質のみを選択する。
segname P1
（PDBファイルに複数量体の蛋白質が含まれている場合、それぞれのポリマーで右から２番目のセグメント識別子が異なる。これを選択する命令はsegnameである。）
・蛋白質P1のCysteineのCおよび蛋白質P2のAsparagineのCのみを選択する。
(segname P1 and resname CYS and name C) or (segname P2 and resname ASN and name C)
（左の括弧では蛋白質P1のCysteineのC、右の括弧をでは蛋白質P2のAsparagineのCを選択している。orで結ぶことで、ふたつの選択を可能にしている。）
・蛋白質P1から5Å以内の水のみを表示
water and within 5 of segname P1
（蛋白質P1といっしょに表示させたい場合は、water and の部分を抜く。）
・ある点（例えば(1, 2, -3)）から4Å以内の原子のみを表示
sqr(x-1)+sqr(y-2)+sqr(z+3) < sqr(4)
（We may someday add the selection 'within distance of point x y z to simplify this very common selection.
ということらしい。）
・αヘリックスとβシートを表示
alpha_helix or sheet
（helix = (alpha_helix + helix_3_10 + pi_helix)、
sheet = beta_sheet = (extended_beta + bridge_beta)、
turn、coilが選択可能）
structure Hでも選択可能。ただし、この場合はalpha_helixの選択と同じ。
structure Bはbridge_beta、structure Eはextended_betaに対応など。
・他にも表記法はあるけど、俺が良く使うのはこれくらい。
例（とある蛋白質のPDBデータの一部を抜粋）：
1 ATOM 1 N CYS P 1 -10.475 -0.899 -0.011 1.00 0.00 P1 N$
2 ATOM 2 C CYS P 1 -8.613 -2.336 0.540 1.00 0.00 P1 C$
3 ATOM 3 O CYS P 1 -8.251 -1.484 1.357 1.00 0.00 P1 O$
4 ATOM 4 N TYR P 2 -8.122 -3.568 0.536 1.00 0.00 P1 N$
5 ATOM 5 C TYR P 2 -5.791 -3.116 0.443 1.00 0.00 P1 C$
6 ATOM 6 O TYR P 2 -5.717 -3.259 -0.781 1.00 0.00 P1 O$
7 ATOM 7 N ASN P 3 -4.988 -2.314 1.127 1.00 0.00 P2 N$
8 ATOM 8 HN ASN P 3 -5.017 -2.183 2.117 1.00 0.00 P2 $
9 ATOM 9 C ASN P 3 -2.688 -1.501 1.257 1.00 0.00 P2 C$
10 ATOM 10 O ASN P 3 -2.630 -0.890 2.316 1.00 0.00 P2 O$
11 ATOM 11 OH2 TIP3W 4 -17.244 23.344 -26.144 1.00 0.00 WT1 O$
12 ATOM 12 H1 TIP3W 4 -17.473 23.366 -25.167 1.00 0.00 WT1 H$
13 ATOM 13 H2 TIP3W 4 -17.961 23.747 -26.546 1.00 0.00 WT1 H$
・全体を選択する
all
・蛋白質だけを選択する
protein
今回は蛋白質以外は水だけなので、
not water
でもOK。
・Cysteineのみを選択する
resname CYS
または
resid 1
（resname は左から５番目の3文字表記に対応。最大４文字まで対応しているので、水を選択したい場合にはresname TIP3とし、TIP3Wとはしない。Wは水の識別子であり、残基名ではない。
resid は残基ナンバーに対応。CYS P 1の「１」がその数字。CYSが複数ある場合、残基ナンバーで指定すると一意に定まるので、うまく組み合わせて使おう。）
・１残基目から3残基目までを選択する。
resid 1 to 3
または
resid 1 2 3
・Cysteineの炭素のみを選択する
resname CYS and name C
または
resid 1 and name C
（nameで原子の名前（左から４番め）を選択。name Cだけだと、TYR, ASNのCも選択してしまう。そのため、andで結ぶ。今回の場合、ASNのHNを選ぶ場合、name HNで一意に選択できるが、その場合でもやはり残基名も明示的に選択するのが無難。）
・ひとつの蛋白質のみを選択する。
segname P1
（PDBファイルに複数量体の蛋白質が含まれている場合、それぞれのポリマーで右から２番目のセグメント識別子が異なる。これを選択する命令はsegnameである。）
・蛋白質P1のCysteineのCおよび蛋白質P2のAsparagineのCのみを選択する。
(segname P1 and resname CYS and name C) or (segname P2 and resname ASN and name C)
（左の括弧では蛋白質P1のCysteineのC、右の括弧をでは蛋白質P2のAsparagineのCを選択している。orで結ぶことで、ふたつの選択を可能にしている。）
・蛋白質P1から5Å以内の水のみを表示
water and within 5 of segname P1
（蛋白質P1といっしょに表示させたい場合は、water and の部分を抜く。）
・ある点（例えば(1, 2, -3)）から4Å以内の原子のみを表示
sqr(x-1)+sqr(y-2)+sqr(z+3) < sqr(4)
（We may someday add the selection 'within distance of point x y z to simplify this very common selection.
ということらしい。）
・αヘリックスとβシートを表示
alpha_helix or sheet
（helix = (alpha_helix + helix_3_10 + pi_helix)、
sheet = beta_sheet = (extended_beta + bridge_beta)、
turn、coilが選択可能）
structure Hでも選択可能。ただし、この場合はalpha_helixの選択と同じ。
structure Bはbridge_beta、structure Eはextended_betaに対応など。
・他にも表記法はあるけど、俺が良く使うのはこれくらい。
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