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　タンパク質の末端、例えばC-termに別の分子（ABCとしよう）をくっつけたいとき。
Topologyファイルにタンパク質のデータ(MASSとCharge、BOND情報が入ってるやつ）と、ABCの分子のデータをいれておく。分子のデータはRESI ABCとして、ファイル内でちゃんと名前を付けておこう。
ExtensionsからModeling -> automatic PSF Builder
トポロジーファイルに先ほど作成したのを選択し、Load。
Guessした後、Segments IdentifiedでP1（タンパク質部分、例えばタンパク質が１０００原子から構成されているなら1-1000）とO1（ABCの部分、２００原子なら1001-1200）にわけて表示されるはず。P1を選択、Edit Chain。
Last Atomに分子全体の原子数（上記例であれば1200）を打ち込み、Cterminal Patchをnoneに変更。Apply -> Doneを押し、O1の部分をDelete Chain。
これでCreate chains -> Apply patchesで完了。

・・・これだけなのに大変だった・・・