画像解析ソフトの定番 ImageJ のまとめ

ImageJ 旧公式サイト(imagej.nih.gov、米国国立衛生研究所 NIH)で公開されてきたImageJマニュアルを中心とした内容の日本語訳です。


ご注意:ImageJ の最新バージョン(2017年8月現在)は 1.51です。この日本語訳のうち、ImageJ メニューやコマンドの説明は、ImageJ 1.45 (2012年)に準拠しています。その後、本家 ImageJ サイトでは "ImageJ User Guide" という文書(ImageJ 1.46 に準拠)が公開されました。下の日本語訳のオリジナルの英文ページは現在も公開されていますが、更新はされていません。したがって、下の日本語訳には、1.46以降に ImageJ に追加された、あるいは今後追加されていく機能の説明が含まれていませんので、ご注意ください。ただし、ImageJ の基本機能には変更はありませんので、ほとんどの内容は最新バージョンの ImageJ でもそのまま通用します。

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このページへのコメント

すばらしい

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Posted by あ 2018年07月12日(木) 14:47:09 返信

ImageJで2GB以上の画像を取り扱おうとすると、
Image is too large. ImageJ does not support single images larger than 2 gigapixels.
というアラートが出ます。これはImageJ や Fijiでは画像を32ビット整数型として扱っているための制限です。PC、OS、Javaのすべてが64ビット対応し、ImageJのメモリ割当をどんなに増やしても、同時に開ける画像の合計容量が増加するだけで、1枚の画像の上限には「2GBの壁」があります。この問題のことですよね。
次バージョンのImageJ2ではImgLib というライブラリを使うことで、この制限をなくすとのことですが、現在ImageJ2はまだ開発中で、一部機能が未実装です。ご自分でプログラムをいじることをお考えなら、ImageJ2の開発サイトや、ImgLibについて調べてみていただくとヒントになるかもしれません。

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Posted by 自分もあまり詳しくない 2015年08月04日(火) 11:26:31 返信

ImageJでtiff画像を読み込むことの出来る容量を引き上げたいと考えています。現在、ImageJ64bitを使用し、Memory&Threadsを3010MBまで拡大したところ、1.3GB前後のtiff画像を読み込むことが出来ました。2GB前後を読み込むために、ソースコードを改良したいと考えています。方法が分かる方、どなたかご教示いただければと思います。よろしくお願いいたします。

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Posted by Tanaka 2015年08月03日(月) 22:45:25 返信

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