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気の原義は、流れる雲の象徴であり、流動し変化していくことが気の本質である。その意味で、気とは目に見えない自然の働きそのものととらえることができる。また、伝統中国医学では、気が足りないこともまた余分にありすぎることも病気の原因とされ、体内の気の流れを良くしバランスをとることが重視される。

また、中国の思想の中では気の概念は欠かすことができない重要なものである。老荘思想でも、中国武術の世界でも、中医学でも、「気のせい」と言うような漠然としたフィーリングのことではなく、具体的な作用を持ち、生命エネルギーとも喩えられるものとして共通の感覚を持って語られてきた。

ただし、実際はさまざまなものを一括して気と呼んでいる。その為、人によって気の説明が異なることもある。気功師によっても見える気が異なっていて、暖かく感じたり冷たく感じることもあるという。気功師の手のひらなどから大量の赤外線が出ていることも判明している[要出典]。オーリングテストの研究によって、大村恵昭教授は人体の表皮に小口径の光刺激を与えると、ツボが反応することを発見している。電磁場に対する体の反応が、オーリングテストの基礎メカニズムとして存在していると考えられており、これらの現象と気功を結びつけて考えるむきもある。

気の正体については、赤外線説だけでなく、微弱な生体磁気の変化に伴う情報伝達であるという動物磁気(フランス語、英語)説も古くから存在する(動物磁気説については、フランツ・アントン・メスメルの項目に記載があるが、メスメルは、動物磁気を今日知られている磁気とはまったく別なものであるとして提唱している)。人の脳には磁気に敏感に反応する生体マグネタイトと呼ばれる磁気感知の為の物質が大量に存在することが分かってきており、普通の人は通常意識出来なくとも無意識のうちに脳はそれらの情報を感知しているとも言われている。ダウジングが可能なのも、人の脳がごく微弱な磁気の変化を感知できる優れた能力を潜在的に備えていることに由来するという説を唱える人もいて、これについては、特命リサーチ200Xなどのテレビ番組で繰り返し採り上げられている。人の体は神経を流れる脳からの電気信号で動いているが、これに伴って生体磁気のあり方も様々に変化する。気功師が気を発するときには、てんかんの発作に似た特殊な脳波の状態になっていることなどが確認されているケースもあり、平常時とは異なる生体磁気のパターンが見られることが注目されている。生体磁気の情報が人から人へと伝わることが、背後の人の視線を気配として感じ取る、殺気を感じるといった、気にまつわる様々な現象として日常的にも知覚されているのだと説明を試みる人もいる。オーリングテストの研究によって、人体が無意識のうちに磁場に反応し、脳の活動にも影響を与えていることが確認されている。

気功のメカニズムを生体磁気説の側から解き明かそうとする幾つもの実験が行われている。たとえば、気功師が発する生体磁気を脳磁場計測装置(超伝導量子干渉素子MEG)などを用いて計測し、電磁流体(プラズマ)をコンピューターで緻密に制御する技術を応用して、無数の電磁石に相当するものを作り出せるタイプの特殊な経頭蓋磁気刺激装置を用いて再現することで、外気功による治療過程を再現する試みなどである[要出典]。しかし、いまだ全ての現象を解明するには至っておらず、不明な点も多い。近年コンピュータと人間の脳を電磁気的な手段で接続する技術(ブレイン・マシン・インターフェース)の分野の研究が急速に発達してきているものの、最先端分野の研究の詳細は企業秘密とされてなかなか公開されないことが、気功の正体を生体磁気の側から解明する研究を進める大きな障壁になっていると指摘する人もいる。

近年、人間同士の間で非接触で作用する、気功の遠当てや合気道の類似の技を、量子脳力学の視点から解明する試も行なわれている。物理学者保江邦夫氏などがこの方面から合気の原理の一部を説明している。
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