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国防総局は基本的に連邦軍として陸海空部隊を編成しており、その他に他国において郷土防衛隊・州兵に相当するモザンビーク共和国防衛隊や北カードベルナード民兵局を管理している
大半の武官組織においては国防総局にて編成されており、内務省に次いで一番多い
連邦軍は連邦議会に参与しているため、最高顧問評議会並みの影響力は保持していないがシヴィリアンコントロールを破壊する恐れも危惧している

国防総局に再編される前はモザンビーク暫定政府軍として1971年に設立された労農軍が台頭していた、ただし本質は寄せ集めの民兵だったため戦闘能力は他国正規軍よりも大幅に劣っていた
そこから独立戦争後の1973年に国家警備隊(MNSP)として改編される。MSNPは国家警察にとって代わる治安部隊であったが、軍事訓練を実施した初めての武官組織ということで労農軍時代よりも戦力は上がっていった。
当時は陸軍2500人、沿岸警備隊300名体制であった警備隊であったが、カードベルナード虐殺事件を機に部隊の増強が開始されモザンビーク危機の時点で陸軍14500人、沿岸警備隊600人と陸軍は大幅な戦力が用意されたのである
東側の武器を用いていたが経済不足によりほとんどがトカレフTTを装備していたため共産党からは「小警」と揶揄されることになる
モザンビーク民族紛争後、つまりハビルト大統領就任後に実施された省庁制採用により国防総局が成立し正式に連邦軍と名称を改めることとなる
その後の国防は連邦軍等の武官組織に一任され、国家警備隊の機能は実質的にマプト市武装警察に移行された

国家及び国民の防衛やインフラストラクチャーの修復支援等を行い、不毛地帯では人道支援等を内務省と協力して行っている
また海外に展開する派遣軍等も整備しているがお世辞にも対外進出できるほどの兵力はなく、ほとんどが国内防衛としての性格を持っている
士官学校で教えられるほとんどの項目は郷土防衛であり、戦略ドクトリンもゲリラ・防衛が主体であるため派遣軍将校は士官学校よりも高度な存在である高規格将校教育学校に入学し12か月間の教育を修了しなければならないとされる

戦略司令部
最高司令官	二コラス・ヘス・ルンドル
上位組織	連邦国防総監
管轄	全部隊
組織業務番号	未定

戦略司令部は国防総局内部部局として最も上位に位置し、軍・軍集団の戦略方針を決定する
戦略司令部に入るためには将官及び左官として高規格将校教育学校を修了しなければならず、また終了していなくとも師団長として歴任したものであるなら入幕が許可される
ほとんどの組織において管轄組織になるため最高司令官になれば人生の華となる
直轄部隊には

• 参謀諜報部(MHS)
• 参謀警戒管制団

軍管区
上位組織	戦略司令部
管轄	軍管区隊
組織業務番号	未定

軍管区は連邦における警戒地区(防衛地区)における地方戦術指揮本部である、基本的に管内における師団・旅団の指揮を行う
軍管区には直属の軍管区司令部隊が存在し、付属の司令部付憲兵隊は精鋭歩兵として崇められている

軍需局
局長	ビオブ・フェ・クラント
上位組織	連邦国防総局
管轄	全部隊
組織業務番号	未定

軍需局は国防総局における武官組織において兵器の補填や調達、また民営・国営の自動車・兵器工業に対する生産目標を定める組織である、通称「MDdA」
前線兵站等の管理や支援部隊の教育等は軍需局に一任されている
下位組織として

• 兵器政策局
• 計画・企画・研究委員会
• 軍管区支援課学校
• 支援計画局

兵士局
局長	ツラクス・デル・シギトン
上位組織	戦略指揮本部
管轄	兵士・軍職員
組織業務番号	未定

兵士局は主に駐屯地の管理や兵士の管理、捕虜や行方不明者の捜索活動を担当する
兵士局には直属の「兵士局憲兵隊」が存在するが、これは内地・野戦地域の治安維持を名目とした「連邦陸軍憲兵」とは別の組織である
また一概に捕虜・行方不明者の捜索をするといっても武装した要因は少ないため通常は軽歩兵部隊との合同となる場合が多い
下位組織として

• 兵士・職員事務課
• 捕虜取り扱い課
• MIA捜索課
• 兵士局憲兵課

モザンビーク連邦陸軍の兵器関してはモザンビーク連邦陸軍をご参照ください

モザンビーク連邦陸軍の部隊に関してはモザンビーク連邦陸軍をご参照ください

• イニャンバネ市集団抗議活動事件

1980年3月12日にイニャンバネに駐屯していた兵士数名が賃金向上をうたい道路を封鎖するなどの抗議活動を行った事件
最終的に自治警察によって全員捕縛され、懲戒免職を受けている