東京上空で、怪電波を発していた飛行物体が消息を絶った。消えた地点は科学センターだった。さらに最近、科学センターの付近では人の失踪事件が相次いでいた。

両方の調査も兼ね、アラシ隊員がその現場、科学センターに向かったものの、アラシからの連絡は途絶えてしまう。

防衛会議の結果、事件の犯人であるバルタン星人と話し合いを持つことにした科特隊。交渉人として選ばれたのは、イデ隊員だ。

さらに、宇宙人事件ということから、地球防衛軍からウルトラ警備隊と、アドバイザーとして特務情報局所属の“一条寺烈”も協力することになった。

科学センターに向かったイデ、烈、ウルトラ警備隊の面々。現れたバルタン星人に対しイデが交渉を試みるものの、上手くいかなかったのか、バルタン星人に代わって今度は、烈と駆けつけたハヤタがバルタン星人との交渉に応じる。

順調に進んでいたかに見えた交渉だったが、それはバルタン星人の罠であった。突如烈とハヤタに襲いかかる怪人。実は既にショッカーに乗っ取られていた科学センターをバルタンが掌握し、怪人たちは手先として操られていたのだった。

怪人の動向を探っていたAEGSと本郷が駆けつけ、怪人との戦闘が始まる。

なんとか危機を脱した二人とウルトラ警備隊だったが、既に科学センターは円盤に包囲されていた。

巨大化し、分身して襲ってくるバルタン星人。街を覆うバルタンの大軍勢に対し、ハヤタとダンはそれぞれ変身！

２体の巨人が、２人の戦士が、宇宙人連合の野望を打ち砕いたのだった。

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• もちろんアラシとフルハシが間違えられるネタがある。
• 一条寺烈は顔見せ。蒸着はしない。
• バルタン星人は、原作の流浪の民という設定は削除。単純に宇宙人連合のメンバー。
• ハヤタとダンは、あった瞬間に超感覚でお互いの正体を感づく。