人類最初の有人金星ロケット「おおとり」が、開発者の毛利博士自らを乗せて飛び立った。

しかし、おおとりはバルタン星人によって乗っ取られてしまった。おおとりと毛利博士を救う為、ハイドロジェネードサブロケットを装着したビートルで救援へ向かう科特隊。

だがそれは、宇宙人連合の罠であった。ウルトラマンと融合したハヤタのいない間に、地球を征服するつもりだったのだ。

同じ頃、戦艦「コスモシース」の演習を行っていたAEGSが、連絡を受け科特隊と同じくおおとり救援へと向かった。

無事おおとりを救援したかに見えたが、毛利博士に乗り移っていたバルタン星人によって、ビートルとコスモシースは謎の惑星、アール惑星に不時着してしまう。

正体を現したバルタン星人に対し、ハヤタもウルトラマンに変身。バルタン星人のスペルゲン反射光に対抗して、八つ裂き光輪でバルタン星人を撃破するのだった。

地球を救う為、禁断の技テレポーテーションで地球へ向かったウルトラマン。しかし今度は、タクトを亡き者にしようと宇宙人連合がさらに怪獣を送りこんできた。ソーディオンになって戦うタクトだったが、慣れない環境の為に苦戦してしまう。

しかしそこに、ウルトラマンと同じような銀色の巨人が現れる。

巨人は瞬く間に怪獣を倒して去っていってしまった。果たしてその巨人の正体とは…

同じ頃地球では、バルタンの大軍勢に対し地球に留まっていた防衛チームやV3、ギャバンが戦っていた。さらに、宇宙人連合の侵略をよしとしないショッカーやデストロンも現れ、三つ巴の戦いと化していたのだった。

そこに、テレポーテーションで駆けつけたウルトラマンも加わった。力を結集したヒーローたちの活躍により、なんとか２大勢力を撃退することに成功したのだった。

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• 前半アール惑星、後半地球の２部マップ構成。
• タクトの危機に駆けつけた巨人はゾフィー。この作品では、スパロボのロム兄さんみたいなポジションで活躍させたい。
• 戦艦コスモシース。後々の旗艦。