大規模な戦争と環境の変化により、地表の多くが水没した時代。
ある者は弱体化した統合政府の元で生き延び、ある者は有力者の管理する
自治領で生き延び、ある者は盗賊となり生き延びていた。
　
　この時代、水没により放棄された兵器を使う武装民間人がいた。
その中でも有力者の自治に協力する者は、スイーパーと呼ばれた。
　
　TAKAGI社のバラクーダ級潜水艇が、ある物資の輸送中に失踪した。
スイーパーのジーク・ハイランドはジェイミー・ニコールを名乗る女性から
同潜水艇の捜索依頼を受ける。
　
　機体を失っていたジークは、前払い報酬としてコマンドイーグルを受領し、
協力者のジャン・キンバリーと共に失踪現場の水没都市へと向かうのであった。