AnimeEffects非公式Wiki

FireAlpaca
無料:◎ psd入出力:◎ Mac OSX10.7以降,Windows Vista以降
psdファイルの入出力が可能。
レイヤーをフォルダに纏めることができ、その階層構造はAnimeEffectsにそのまま読み込ませられる。
無料ながらペイントソフトとしての基本的な機能は概ね揃っており、また動作が軽い。

GIMP
無料:◎ psd入出力:△
psdファイルの入出力が可能。
だがGIMP上で作成したレイヤーグループはpsd出力を行うときに1枚のレイヤーに統合されてしまう。
そのためpsd出力の前にレイヤーを全てグループから出しておき、AnimeEffects上でフォルダを作り直す作業が必要になる。

AviUtl
とても有名な定番無料動画編集ソフト。
プラグインさえ入れれば大抵の形式のファイルは入出力できる。
情報も豊富で、使い方に困ったときはググれば大抵解決する。
mp4や透過情報付きAVIはもちろんのこと、連番pngを動画ファイルとして読み込ませることも可能。
AnimeEffects上で作成した複数のアニメーション素材を連番pngで出力し、
AviUtlに読み込ませ、素材を組み合わせて動画を作るのが主な使い方となるだろう。

GIAM
GIF作成ソフト。AnimeEffectsのgif出力は自由度が低いため
軽量、高画質を目指したい場合などはこのソフトに連番pngを読み込ませるのがよいかもしれない。

MOHO
AnimeEffects（以下、AE）と同じ、2D素材にボーンを入れてキーフレームアニメーションするソフトウェア。
こちらは海外製有料ソフトだが、日本語マニュアル付きで90%OFFセールが度々行われている。(4千円程度)
AEとの違いは、音声同期、物理演算、パーティクル（群衆や煙など素材をランダムに動かす）など様々。
インターフェイスは少々独特で、AEの方が直感的に使いやすい操作性となっている。
また、AEが素材全てのキーフレームを一括で表示しているのに対し、MOHOは素材別に表示するキーフレームが分かれている。