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MAYAの仕様として、階層が同じでなければ同名のノードが存在できるという特性があります(あるなよ)
ゲームなどでは基本的に階層違いであれ同名のノードはNGであることが多いです。UE4でもインポート時にエラーが出るはずです。
標準機能や設定では見つからなかったので、同名をチェックする簡単なスクリプトを書いてみました。ホントに簡単なやつですが。

スクリプト

下記のスクリプトをスクリプトエディターのPythonタブにコピペして実行してください。
メッシュやジョイントの名前重複を検索してスクリプトエディター上にアウトプットします。
タイプはトランスフォームノードのみに絞っています。


こんな感じです

スクリプト本文

import maya.cmds as cmds

all_obj = cmds.ls(type='transform')

for obj in all_obj:
    if "|" in obj:
        print obj

仕組みとしては単にフルパスで取得されたオブジェクトを表示しているだけです。

自分でスクリプトを書きたい方は

MAYAのスクリプティングについて学ぶならこれらの書籍がおすすめです。
全部買うと高いので、目次やレビューをチェックして必要なものだけポチるのが良いと思います。

MELの本です。ちと古いですが基本であるMELから始めたい人には良いですね。
Python(cmds)の本です。ちょっと高いですかね……
PyMELの本です。PyMELの日本語本はこれ以外に無い……はず。
Python(cmds)の本です。プラグインのAmaterasu製作者の方の本です。

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