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AEで追加されたサブシステム。
一時的にシステムに電力を供給することが出来る非常用電源。
サブシステムであるためこれ自体に電力を供給する必要はない。また、有人ボーナスはない。

Backup Batteryはプレイヤーが手動で発動させなければならない。
発動させると30秒の間使用できる電力が増える。増える量はBackup Batteryのレベルによって異なる（下表参照）。
30秒が経過すると再使用までに20秒のクールダウンが必要になる。
Backup Batteryによって供給されている電力には赤枠が付くため、どのシステムがBackup Batteryの電力を利用しているかは一目で判断できる。

拡張機能Battery Chargerを搭載しているとクールダウン時間が半分の10秒になり、非常用というよりは常用に近い形で運用できるようになる。

• Battery Chargerなし…30秒稼働、20秒クールダウン
• Battery Chargerあり…30秒稼働、10秒クールダウン

CloakingやMind Controlのように効果時間を有するシステムにBackup Batteryの電力を供給するのには注意が必要である。
これらのシステムが作動している間にBackup Batteryからの電力供給が途切れると、そのシステムは即座に機能を停止してクールダウンに入ってしまう。
そのため、これらに対してはなるべくリアクターからの電力を供給し、Backup Batteryの電力は切れても直ちに影響のないEngine、Medbay、Oxygenなどに回すのが良い。
具体的な操作としては、一度Engineなどへの電力の供給を止め、Cloakingなどに電力を供給した後でEngineに供給しなおせばよい。
電力の供給はリアクターからのものが優先してされるため、Cloakingの方にリアクターからの電力が行き、EngineにはBackup Batteryの電力が行くようになる。
一方でこの仕様は悪いことばかりではなく、CloakingやMind Controlなどは効果時間後のクールダウン中も電力を拘束するため、
Backup Batteryを同時に起動して電力を回すとクールダウン中に電力供給が終了するため無駄が出にくい。
特にMind Control Lv3(効果時間28秒/クールダウン20秒)とは相性がよく、Backup Battery Lv2とセットなら完全に独立稼働させられる。
一方、Cloakingは敵の攻撃に合わせて発動することが多いため、このような理想的な状況は滅多に起こらない。
なお、Battery Chargerからの電力供給が終了したときにリアクター電力が残っていて電力が拘束されていない状態なら、自動的にリアクター電力へ置き換わる。
(置き換わらないパターン…イオンダメージによる障害発生中、Mind ControlやCloakingなど起動中に電力操作ができない場合)

Backup BatteryはIon Stormの影響を受けないので、特にNebulaセクターに行くときなどには所持していると心強い。

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段階	コスト	電力供給量
2	50	4
1	35	2