BALDR-A-HEAD

タイトル	BALDR SKY Dive1"Lost Memory" BALDR SKY Dive2 "RECORDARE" BALDR SKY DiveX "DREAM WORLD"
ジャンル	サイバーパンクアクションアドベンチャー
発売日	2009/03/27 2009/11/27 2010/09/24
主題歌	Restration 〜沈黙の空〜(Dive1主題歌) パラダイムシフト(Dive1挿入歌) jihad(Dive2主題歌) Nano Universe(Dive2ED) 楽園のメタファー(DiveX主題歌) Across the Destiny(DiveX挿入歌)
企画・原案	戯画　TEAM BALDRHEAD
脚本	卑影ムラサキ with 企画屋
キャラクターデザイン・原画	菊池政治
メカニックデザイン・モデリング	MUSASHI きのこる 明日谷四郎 渡辺哲也 内有一馬 K・O ののむ
プログラム	らす NOG
スクリプト	ののたん サルト うみいるか 小判 ZIN

謳い文句は「俺は忘れない。そこにかけがえのない"空"があったことを…（『Dive1』）」、「すべてを"思い出せ─"（『Dive2』）」、「BALDRSKY is "NOT" the END（『DiveX』）」。
「BALDR」は通常「バルドル」と読むが、タイトルでは「バルド」と読むのが慣例となっている。

永久に続いていくと思われた平和な日々…だがそれは突如終わりを告げる。
それは何気ない日常の崩壊から始まった。
いつものように「あいつ」にやさしく揺り起こされるのを待ちながら寮のベッドでまどろんでいた甲は、女性の叫び声に起こされる。
目覚めた甲の目の前にはあったのは、銃声と爆発の閃光が交差する戦場。
目の前に迫る機械の爪を受け止めた自分の腕は鋼鉄の甲冑に覆われていた。
ここは仮想？　しかしこの光景は一体！？
甲のことを中尉と呼び、自分はその部下だというレインと名乗る女性に促されるまま、シュミクラムを駆り、仮想の戦場からリアルへ脱出する甲。
脱出した先は清城市。そこは自分の知る学園時代とは似ても似つかない、荒廃した都市であった。
自分が学園生であると思っていた甲は、それはすでに数年前のこと、現在の自分は傭兵として幾多の戦場を潜り抜けてきた凄腕で、優秀なシュミクラムユーザーであることを知らされる。
自らの人生に大きな意味を持っていたはずの、失われた記憶…。
深い霧に包まれた記憶から浮かび上がってくる事件の名は“灰色のクリスマス”
灰色のクリスマスとは？　なぜ自分はその事件を追っていたのか？
現在と過去の二つの記憶を辿りながら、甲はやがてこの世界に起こった重大な事件の顛末と、その真の意味を知ることになる…。

-STORY-Dive1／BALDR_SKY WEB

星修学園の学園生であった門倉甲はある日、仮想の戦場で目を覚ます。
今の自分が傭兵で、優秀なシュミクラム（戦闘用電子体）ユーザーであることを思い出した甲は、自分の部下で、唯一のパートナーである桐島レインと共に、とある人物を追っていたことも思い出す。
その人物は甲のかつての恩師、久利原直樹。
彼の所属していた研究機関が引き起こしたとされる悪夢のような事件「灰色のクリスマス」
平和な学園生活と仲間達、その全てを奪い去った事件の真相を追う甲の前に現れるさらなる謎。
立ちはだかるＡＩ派宗教組織ドミニオン、学園時代からの因縁の相手ジルベルトの暗躍。
ＧＯＡＴの切り札、コマンダー*1の正体とは？　アークの方舟計画とは？
そして甲を助けるかのように現れる謎の現象、特異点とは何なのか？
また、次第に記憶を取り戻していく甲は学園時代の懐かしい仲間達とも再会する。
幼馴染の菜ノ葉、再従妹の亜季、親友の千夏、雅…
かつてのまま、あるいはそれぞれに変わった友人達。
未だ行方知れずの真。
そして、灰色のクリスマスで永遠に失われたはずの空と、彼女そっくりのＮＰＣクゥ。
甲の前に、度々姿を現すエージェントと名乗るＮＰＣはクゥなのか、それとも…？
数々の謎が一つになるとき、真実の扉は開かれる。

-STORY-Dive2／BALDR_SKY WEB

前作『BALDR FORCE』の後日談に当たる。年代はそれなりに離れているが*2、世界観はそれほど異なっていない。
作中の年代は２２世紀。地球統合政府の元に世界は統一されたものの、統合と反統合、ＡＩ派と反ＡＩ派の対立が表面化しつつある。また、東アジアや北米、欧州は政情が安定しているが、中東や南米、アフリカでは今もテロと虐殺と紛争が続いている。
悪化の一途を辿っていた地球環境は大戦によって致命的な影響を被り、人類の生存領域の七割が汚染され、今や清浄な大地はほぼ存在しない。百億を数える人類は、仮想に依存することで現実の消費を抑え、辛うじて生活を維持している。

門倉甲

主人公。凄腕の傭兵。

桐島レイン

ヒロインの一人。甲の部下。

若草菜ノ葉

ヒロインの一人。難民。

渚千夏

ヒロインの一人。統合軍対人工知能対策班アジア方面部隊工作部隊隊員。

西野亜季

ヒロインの一人。アーク・インダストリー上級社員。

水無月真

ヒロインの一人。ドミニオンの巫女。

水無月空

メインヒロイン。故人。

クゥ

空をモデルとする特殊なＮＰＣ。

エージェント

クゥに酷似した正体不明のＮＰＣ。

須藤雅

清城市都市自警軍警察部隊捜査課課員。

久利原直樹

ドレクスラー機関残党リーダー。

ノイ

無免許の医者。

ジルベール・ジルベルト

傭兵部隊「ダーインスレイヴ」隊長。

グレゴリー

ドミニオン教主。

門倉永二

傭兵部隊「フェンリル」隊長。

シゼル・ステインブレッシェル

傭兵部隊「フェンリル」隊員。

モホーク

傭兵部隊「フェンリル」隊員。

橘聖良

アーク・インダストリー社長。

桐島勲

統合軍対人工知能対策班アジア方面部隊長官。

阿南よしお

清城市市長。

ノインツェーン

２２世紀最大の偉人にして狂人。故人。

六条クリス

鳳翔学園学生会長。

カゲロウ

軽量級シュミクラム。パイロットは門倉甲。カゲロウシリーズの一機。

カゲロウ・鎧

中量級シュミクラム。パイロットは須藤雅。カゲロウシリーズの一機。

カゲロウ・凛

軽量級シュミクラム。パイロットは渚千夏。カゲロウシリーズの一機。

カゲロウ・冴

中量級シュミクラム。パイロットは水無月空。カゲロウシリーズの一機。

アイギス

軽量級シュミクラム。パイロットは桐島レイン。

アイギスガード

中量級シュミクラム。パイロットは桐島レイン。

ノーブルヴァーチュ

中量級シュミクラム。パイロットはジルベール・ジルベルト。

ニランナー

軽量級シュミクラム。パイロットは若草菜ノ葉。

クリムゾンロータス

重量級シュミクラム。パイロットは渚千夏。カゲロウ・凛をベースに、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴによって改造された機体。

シルファ

中量級シュミクラム。パイロットは西野亜季。

震機狼

重量級シュミクラム。パイロットは久利原直樹。

フレスベルク

軽量級シュミクラム。パイロットはシゼル・ステインブレッシェル。

メギンギョルド

重量級シュミクラム。パイロットはモホーク。

ニーズヘッグ

中量級シュミクラム。パイロットは門倉永二。

タイラントギガース

重量級四脚型シュミクラム。パイロットは桐島勲。

ネージュ・エール

軽量級シュミクラム。パイロットは水無月真。

バプティゼイン

重量級シュミクラム。パイロットはグレゴリー。

トランキライザー

超大型戦略級ウィルス。接続者コネクターと呼ばれる操縦者を必要とする。

ノインツェーン

超重量級シュミクラム。パイロットはノインツェーン。カゲロウ・冴にトランキライザーを始めとする無数の残骸が融合した機体。

グリムバフォメット

中量級可変型トランスフォームドシュミクラム。パイロットは六条クリス。

シュミクラム

仮想空間における人型戦闘兵器。

仮想空間

ＡＩの処理能力を利用してネットワーク上に構築された仮想現実バーチャル・リアリティ空間。

アセンブラ

第二世代ナノマシン。プラントを埋め込まれた人間を運搬人キャリアと呼ぶ。

灰色のクリスマス

アセンブラ流出事故、及び対地射撃衛星群グングニールの浄化射撃により数十万人の犠牲者を出した大惨事。

対地射撃衛星群グングニール

統合軍が衛星軌道に展開している防衛システム。

都市自警軍ＣＤＦ

軍警察組織。

対ＡＩ対策班ＧＯＡＴ

統合軍のネット部隊。

アーク・インダストリー

最先端企業。

フェンリル

民間軍事会社ＰＭＣ。

ドレクスラー機関

アセンブラ実用化のために設立された研究機関。

ドミニオン

宗教カルト団体。

ダーインスレイヴ

無認可の傭兵部隊。

学園生である甲は、住んでいた寮が廃寮となり、雅と共に亜季の住む如月寮に向かう。直樹の案内で如月寮に辿り着き、菜ノ葉、亜季と再会。亜季の部屋から持ち出したシュミクラムを雅と共にインストール。直樹にシュミクラムの手解きを受けている最中、反ＡＩ主義者に襲われる。アリーナデビューを果たし、シュミクラム大会への参加を決める。亜季の私有空間でクゥと出会う。千夏をシュミクラム大会に誘い、代わりにデートに誘われる。デートの途中、ジルベルトに絡まれていたレインを助けるが、集団で痛めつけられ、千夏に助けられる。菜ノ葉の入学式で、いじめられていた真を助けるが、誤解から空に殴られる。千夏がシュミクラム初体験。寮の裏庭で雨宿りをしていて倒れてしまった真を看病する。クゥがＮＰＣであることが判明。菜ノ葉の歓迎パーティに真と空を招待、ようやく空の誤解が解ける。千夏がシュミクラム大会参加を承諾。

シュミクラム大会予選でジルベルトと遭遇。甲と千夏は卑劣な反則行為で痛めつけられ、直樹が助けに入る。一方、雅は特例で単独参加していた真に助けられる。聖堂でレインを見かける。亜季の私有空間で空がクゥと遭遇、誤解から空に殴られる。聖堂で再びレインを見かけ、声を掛けるが、逃げられる。真の仲介で空と仲直り。真と空、千夏が如月寮に入寮する。シュミクラム大会本戦一回戦後、レインから挑戦を受ける。ロッカーで女物のパンツを発見。シュミクラム大会本戦二回戦後、千夏たちが脱走したクゥと遭遇。ロッカーで弁当箱を発見。亜季が関わった事件や如月寮の謎について知っている当事者を探して、雅、千夏と共に無名都市に向かう。ジルベルトに襲われ、雅、千夏が負傷、直樹に助けられる。雅、千夏の不調を受けて、シュミクラム大会を棄権。

学園の側の空き地で千夏と共に勲に出会う。菜ノ葉が編入試験の勉強に励む。ロッカーでチョコを発見。学園の側の空き地で勲と直樹、空が遭遇。真がクゥを連れ出す。菜ノ葉の編入試験合格発表、結果は不合格。千夏が部活のレギュラーから外される。千夏にサッカーシューズをプレゼント。千夏とデート、千夏が学園を辞めようとしていることを知る。菜ノ葉が家出。空に連れ出され、亜季と共に文化祭を回る。アセンブラについての講義で、ジルベルトが直樹を侮辱。直樹は暴力を振るおうとするジルベルトの腕を折ろうとするが、亜季に止められる。クゥが模倣体であることが判明。ロッカーで重箱を発見、牡蠣に中る。ドレクスラー機関研究所を見学。直樹に頼まれ、ナノマシンの入ったカプセルを飲む。直樹を食事会に誘う。学園のアリーナで千夏と対戦。聖良がクゥの凍結を命じる。雅、千夏、菜ノ葉にクゥを紹介。空にクゥを紹介するが、共振が発生してしまう。

共振が甲にまで及び、クゥが凍結される。空に告白するが、返事は保留。空と共にクリスマスプレゼントを買いに行く。学園でレインと出会い、プレゼントの箱を潰してしまった弁償として空のために買っていたプレゼントを渡し、代わりにレインの持っていたプレゼントを受け取る。レインから渡されたペンダントを空が自分へのプレゼントだと勘違いし、甲は空にペンダントを渡す。空とイヴの夕方に駅で待ち合わせ。クリスマスイヴの夜、駅で一向に帰ってこない空を待つ。空から通話を受け、予定を変更してバイクで迎えに行くことにする。直後、アセンブラが流出し、空が溶解する様を目撃する。

ドレクスラー機関を追う甲は、部下のレインと共に潜伏先のナノ密造施設構造体を襲撃するが、施設の自爆に巻き込まれてしまう。脳内チップの破損によって全ての記憶を失い、レインに促されるままナノ密造施設構造体を脱出。ノイの診療所を訪ね、脳内チップの修復を依頼する。治療中、情報屋エディから連絡を受けて無名都市に向かうが、エディは何者かに殺害されていた。エディの死を看取った直後、謎のシュミクラムに襲撃され、これを撃退する。
治療が進み、郷愁の念に駆られる甲はレインと共に星修に向かおうとするが、グラウンド・ゼロを目の当たりにすることになる。一人、悲しみに暮れる甲の前に、シゼルが現れる。シゼルによって永二の元に強制連行されそうになるも、レインに助けられ、聖良の助力を求めてアークに向かう。
聖良と面会後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで亜季と再会、翌日には菜ノ葉とも再会する。ノイの診療所に向かう途中、米内議員の暗殺を目撃した甲は、犯人を追ってジルベルトと遭遇する。離脱後、暴動に巻き込まれ、レインと別れた甲は千夏と再会。診療後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで雅と再会、甲が記憶を失う前にドレクスラー機関の協力者として追っていた相手は阿南だと教えられる。
ノイから阿南が愛と快楽のフォーラムを根城とするＮＰＣ密造業者と繋がっているという話を聞き、ネットカフェから愛と快楽のフォーラムに潜入。何者かの襲撃で構造体は戦闘状態となる。ＮＰＣ密造業者のボスを追ってドミニオン構造体に辿り着き、グレゴリーとドミニオンの巫女と対面。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴによる無名都市制圧の混乱に乗じてドミニオン構造体を脱出、離脱する。
安宿からネットカフェに拠点を移す。アーク仮想都市アーヴァル・シティで菜ノ葉と約束の話をするが、思い出せない。千夏に呼び出され、清城市を離れるよう警告を受け、約束の話をするが、やはり思い出せない。ジルベルトから潜脳を受け、辛うじてこれを撃退。レインの提案でミッドスパイアに拠点を移す。雅からレインが都市自警軍ＣＤＦ構造体内の阿南の私有空間に出入りしているという話を聞き、都市自警軍ＣＤＦ構造体に向かう。レインは阿南を色仕掛けで暗殺しようとするが失敗、ジルベルトに捕らわれる。都市自警軍ＣＤＦ構造体に侵入、レインを救出し、阿南も捕まえるが、都市自警軍ＣＤＦ構造体に侵攻した対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに拘束される。
都市自警軍ＣＤＦ本部に拘留中、勲と対面。聖良が保釈金を支払ったことで保釈される。ドミニオンが現実・仮想両面でミッドスパイアを襲撃。ドミニオンの狙いが阿南だと気付いた甲たちは、雅と共に阿南を護送するが、次第に追い詰められ、グレゴリーとジルベルトに阿南を奪われる。グレゴリーの術中に陥りかけるが、クゥに酷似した正体不明のＮＰＣに救われる。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴの指示で甲たちを監視していた雅と交戦、これを撃退。暴動に紛れてミッドスパイアから脱出するが、レインが負傷し、ノイの診療所に辿り着いたところで意識を失う。
ノイの診療所で目を覚ます。負傷したレインを残し、阿南の痕跡を追ってドミニオン構造体に侵入。再びグレゴリーの術中に陥りかけるが、またもクゥに酷似した正体不明のＮＰＣに救われる。逃亡したグレゴリーを追い、攻性防壁に囚われて負傷。レインに救助されるものの、レインもまた傷が癒えておらず、ドミニオンに捕らわれる。
対ＡＩ対策班ＧＯＡＴがドミニオン構造体に侵攻。混乱に乗じてデータベースに向かい、アセンブラのデータを回収しようとするが、ジルベルトに奪われる。ジルベルトはグレゴリーを殺害してバルドルのハックツールをも奪う。甲たちはドミニオン構造体に仕掛けられた自爆装置を解除しようとするが間に合わず、諦めかけたところで特異点が発生する。
離脱後、レインと体を重ねる。聖良からドミニオン総帥となったジルベルトがアセンブラを盾に清城市の有力者に政権譲渡を迫るメッセージを送りつけたことを聞き、ジルベルトの企てを阻止することを決め、ドミニオンを本拠地である地下軍事施設に封じ込め、核反応炉を暴走させてアセンブラ諸共焼却する作戦を立てる。地下通路から地下軍事施設構造体に潜入、核反応炉にウィルスを仕掛ける。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴの地下軍事施設構造体侵攻により戦闘状態となり、レインが負傷。作戦をアセンブラの運搬人であろうジルベルトの潜脳に切り替える。レインを離脱させ、甲は運搬人を潜脳。ジルベルトと交戦、これを撃破。運搬人のコアを破壊して殺害するが、突如現れたグレゴリーに襲われ、撃退するものの足を負傷。核反応炉の暴走が迫る中、身動きが取れなくなり、諦めかけたところで特異点が発生する。脱出を図る甲の前にクゥに酷似した正体不明のＮＰＣが現れ、エージェントと名乗る。

レインに救出され、甲は地下通路から脱出。安宿でレインと体を重ねる。数週間後、ノイの手引きで清城市を脱出する。

エージェントの干渉で、甲はレインを空と誤認する。二年後、二人は海辺の別荘で幸せに暮らす。

ドレクスラー機関を追う甲は、部下のレインと共に潜伏先のナノ密造施設構造体を襲撃するが、施設の自爆に巻き込まれてしまう。脳内チップの破損によって全ての記憶を失い、レインに促されるままナノ密造施設構造体を脱出。ノイの診療所を訪ね、脳内チップの修復を依頼する。治療中、情報屋エディから連絡を受けて無名都市に向かうが、エディは何者かに殺害されていた。エディの死を看取った直後、謎のシュミクラムに襲撃され、これを撃退する。
治療が進み、郷愁の念に駆られる甲は、レインと共に星修学園都市に向かおうとするが、グラウンド・ゼロを目の当たりにすることになる。一人、悲しみに暮れる甲の前に、シゼルが現れる。シゼルによって永二の元に強制連行されそうになるも、レインに助けられ、聖良の助力を求めてアークに向かう。
聖良と面会後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで菜ノ葉、亜季と再会する。ノイの診療所に向かう途中、米内議員の暗殺を目撃した甲は、犯人を追ってジルベルトと遭遇する。離脱後、暴動に巻き込まれ、レインと別れた甲は千夏と再会。診療後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで雅と再会、甲が記憶を失う前にドレクスラー機関の協力者として追っていた相手は阿南だと教えられる。
ノイから阿南が愛と快楽のフォーラムを根城とするＮＰＣ密造業者と繋がっているという話を聞き、ネットカフェから愛と快楽のフォーラムに潜入、再び千夏と遭遇。何者かの襲撃で構造体は戦闘状態となる。ＮＰＣ密造業者のボスを追ってドミニオン構造体に辿り着き、グレゴリーとドミニオンの巫女と対面。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴによる無名都市制圧の混乱に乗じてドミニオン構造体を脱出、エージェントに導かれて海賊版のクゥを破壊、離脱する。
千夏に呼び出され、アーク仮想都市アーヴァル・シティのアカウントが欲しいと頼まれる。ドミニオンの襲撃を受け、これを撃破。千夏がアーク仮想都市アーヴァル・シティを訪れるが、菜ノ葉と口論をして立ち去る。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴのウィルスが出現、これを撃破。菜ノ葉と約束の話をして離脱。ネットカフェに都市自警軍ＣＤＦの捜査が入る。店内から逃げ出そうとする菜ノ葉を見付け、一緒に脱出。菜ノ葉の家に匿ってもらう。
別の安宿に拠点を移し、レインは別行動を取る。ドミニオンが現実・仮想両面でミッドスパイアを襲撃。甲と菜ノ葉はネットカフェで暴動に巻き込まれ、更に千夏率いる対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに包囲される。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに連行されそうになるが、突如現れた直樹に救われ、地下軍事施設に軟禁される。
地下軍事施設に軟禁中、菜ノ葉と体を重ねる。ドレクスラー機関研究員と共に監禁されるが、フェンリルと共に地下軍事施設付近まで潜入したレインから連絡を受け、地下軍事施設構造体の制御中枢を制圧、フェンリルの侵入を助ける。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴの地下軍事施設構造体侵攻により戦闘状態となる中、菜ノ葉を見付けるが、ドミニオンが核反応炉にウィルスを仕掛けていたことが判明。菜ノ葉の脱出は間に合いそうになく、甲は菜ノ葉を助けるためにウィルスを排除して核反応炉の暴走を止める。特異点が発生する中、グレゴリーと遭遇するが交戦せずに離脱、菜ノ葉と共に市街に脱出する。
菜ノ葉の家に戻るが、急に菜ノ葉が倒れてしまう。ノイの診療所に連れて行き、菜ノ葉が運搬人であることが発覚。摘出手術を引き受けたノイに頼まれ、菜ノ葉の家から市立病院のライブラリに侵入して増殖型ナノのワクチンを奪取、ノイの私有空間で菜ノ葉と体を重ねる。菜ノ葉の離脱後、ドミニオンの襲撃を受け、これを撃破。同時に、ジルベルトがノイの診療所に乱入する。更なるドミニオンの襲撃を受ける甲の前にドミニオンの巫女が現れ、ドミニオンを撤退させ、協力を申し出る。甲はジルベルトを潜脳、交戦し撃破するが、ノイの診療所は破壊され、摘出手術は不可能になってしまう。甲と菜ノ葉は星修に向かうことを決める。
清城市の駅でレインから潜脳を受け、これを撃退するが、列車に乗り遅れる。次の列車で菜ノ葉を追いかける途中、レインの頼みで永二と連絡を取り、菜ノ葉を救いたいと言う永二を信じ、フェンリルと合流。ＡＩの一部機能が停止、対地射撃衛星群グングニールが使用不能に陥る。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴが菜ノ葉を捜索する中、星修に向かったシゼルから菜ノ葉が見当たらないと聞き、南八坂で菜ノ葉を見付ける。聖良の協力を得て、指揮者コマンダーの書き換えを行うことを決める。菜ノ葉が対ＡＩ対策班ＧＯＡＴから潜脳を受け、フェンリルと協力して撃退。甲は千夏と交戦、これを撃破。千夏は菜ノ葉諸共自爆しようとするが、直樹に殺害される。菜ノ葉がドミニオンから潜脳を受け、フェンリルと協力して撃退。直樹が組み込んだ改変防止機能により指揮者コマンダーの書き換えが巻き戻されるが、特異点の発生により再び書き換えが進行する。甲たちの前にエージェントが現れ、灰色のクリスマスの原因は直樹だと告げる。甲は直樹と交戦する。

直樹に勝利するが、直樹の死亡と同時にアセンブラが起動。甲と菜ノ葉はアセンブラに溶解されるが、奇跡的に生還を果たす。

直樹に勝利するが、直樹の死亡と同時にアセンブラが起動。ノイが遠隔操作で菜ノ葉の脳髄を摘出する。菜ノ葉は特注の仮想空間で幸せに暮らし、甲は荒廃した世界で戦い続ける。

直樹に敗北、指揮者コマンダーの書き換えに失敗し、アセンブラが起動。甲と菜ノ葉はアセンブラに溶解されるが、甲と菜ノ葉の意識を持つ無数のナノマシン集合体として生き続ける。

ドレクスラー機関を追う甲は、部下のレインと共に潜伏先のナノ密造施設構造体を襲撃するが、施設の自爆に巻き込まれてしまう。脳内チップの破損によって多くの記憶を失い、レインと協力してナノ密造施設構造体を脱出。ノイの診療所を訪ね、脳内チップの修復を依頼する。治療中、情報屋エディから連絡を受けて無名都市に向かうが、エディは何者かに殺害されていた。エディの死を看取った直後、謎のシュミクラムに襲撃され、これを撃退する。
治療が進み、郷愁の念に駆られる甲は、レインと共に星修学園都市に向かおうとするが、グラウンド・ゼロを目の当たりにすることになる。一人、悲しみに暮れる甲の前に、シゼルが現れる。シゼルによって永二の元に強制連行されそうになるも、冷静に対処。シゼルの説得で永二と対面、フェンリルへの入隊を決める。
永二の命令でアークに向かう途中、千夏と再会。聖良と面会後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで亜季、菜ノ葉と再会する。千夏に呼び出され、清城市を離れるよう警告を受ける。米内議員の政治集会を見学、暗殺を目論むジルベルトと交戦、これを撃退するが、米内議員は狙撃で暗殺される。離脱後、暴動に巻き込まれ、レインと別れた甲は狙撃銃を携えた千夏と遭遇。暴徒に襲われ、千夏に助けられるが、地下通路で意識を失う。
レインとモホークに救出され、ノイの診療所で目を覚ます。聖良からＮＰＣ密造業者に奪われたオリジナルのクゥのデータの奪還を依頼され、ネットカフェから愛と快楽のフォーラムに潜入、千夏と遭遇。何者かの襲撃で構造体は戦闘状態となる。オリジナルのクゥのデータを奪ったドミニオンの巫女を追ってドミニオン構造体に辿り着き、グレゴリーと対面。再び千夏と遭遇、協力して脱出経路を探す途中、グレゴリーの術中に陥りかけるが、エージェントに救われる。エージェントに導かれてドミニオン構造体を脱出、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴによる無名都市制圧の混乱に乗じて離脱する。
千夏に呼び出され、アーク仮想都市アーヴァル・シティのアカウントが欲しいと頼まれる。ドミニオンを装ったダーインスレイヴの襲撃を受け、これを撃破。千夏がアーク仮想都市アーヴァル・シティを訪れるが、菜ノ葉と口論をして立ち去る。エージェントによって、千夏がアーク仮想都市アーヴァル・シティに潜入した対ＡＩ対策班ＧＯＡＴのスパイと連絡を取っていることが判明。甲は亜季の頼みで対ＡＩ対策班ＧＯＡＴの隊員とウィルスを撃破。千夏と交戦、これを撃破。亜季は千夏を解放、アークに不信感を抱く。甲と亜季はアークにハッキングを仕掛け、灰色のクリスマスの原因が直樹であることを知る。空港のフェンリルベースが都市自警軍ＣＤＦに包囲される。甲たちは空港周辺の防空設備を無力化するが、都市自警軍ＣＤＦが動き出したため、フェンリルベースは空港を離れる。甲とレインはシゼル、モホークと別れてネットカフェに移動、暴動に巻き込まれ、更に千夏率いる対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに包囲される。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに連行されそうになるが、突如現れた直樹が対ＡＩ対策班ＧＯＡＴを殲滅。甲たちは直樹を捕らえようとするが取り逃がす。レインと別れて負傷した千夏をミッドスパイアに送り届ける途中、千夏がダーインスレイヴから潜脳を受け、これを撃退。潜脳が続く中、現実でも千夏がダーインスレイヴに囲まれる。甲は仮想、千夏は現実でダーインスレイヴを撃破するが、千夏を迎えに来た対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに拘束される。
都市自警軍ＣＤＦに拘留されていた甲だったが、身柄を対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに引き渡され、勲と対面。甲を救出するためにミッドスパイアに潜入したレインも拘束される。レインと共に仮釈放され、レインの実家に移動。勲の指示で都市自警軍ＣＤＦ本部に出頭、雅と再会し、模擬戦を行う。ドミニオンが現実・仮想両面でミッドスパイアを襲撃。甲たちは勲の頼みで雅と共にドミニオンと交戦、これを撃破。雅と別れ、混乱に乗じてミッドスパイアに侵入したフェンリルと一時的に合流、バルドルマシンの強行偵察を行う。フェンリルと別れ、雅、千夏と合流、雅の同僚を探しに行くが、雅の同僚は惨殺されていた。雅の同僚の仇を探して阿南を連れたグレゴリーとドミニオンの巫女に遭遇。逃亡した二人を追ってドミニオン構造体に辿り着くが、雅、千夏がドミニオンに捕らわれる。甲は二人を救出するが、雅の心は壊されていた。二人を連れてドミニオン構造体から脱出、甲を探していたシゼルと遭遇するが、錯乱した雅はシゼルに襲いかかり、殺害される。離脱後、レインと別れてミッドスパイアに残ることを決める。
住居としてレインの実家を借り、千夏と体を重ねる。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴが地下軍事施設構造体に侵攻。エージェントから地下軍事施設の核反応炉にウィルスが仕掛けられているという話を聞き、地下軍事施設構造体に潜入。シゼルたちと遭遇、戦闘になりかけるが、ドレクスラー機関研究員を救出するために休戦。核反応炉に向かう途中、千夏と遭遇、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴも大量破壊兵器を持ち込んでいることが判明。ドミニオンの巫女と交戦する千夏と別れ、核反応炉の暴走と大量破壊兵器の起爆を停止させる。特異点が発生する中、ドミニオンも自爆装置を仕掛けていたことが判明。特異点が消滅し、自爆装置によって地下軍事施設は壊滅する。離脱後、甲は地下軍事施設に向かい、千夏をミッドスパイアに連れ戻す。
ドミニオンがアセンブラを盾に亡命黙認を要求、同時にＡＩの一部機能が停止、対地射撃衛星群グングニールが使用不能に陥る。ＡＩの一部機能を停止させているであろうイヴを制圧するために、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴがアーク構造体に侵攻。作戦に参加した甲はトランキライザーの護衛を任され、レイン、モホークと交戦、これを撃破。捕縛されたトランキライザーを救助するためにシゼルと交戦、これを撃破。暴走するトランキライザーを見失った甲の前にエージェントが現れ、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴの行動は誤りだと告げる。

エージェントの言葉を信じ、亜季と合流して中央制御機構に辿り着く。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴとアークによる乱戦の中、トランキライザーが乱入する。甲は暴走するトランキライザーと共にエスへ落下。悪夢に囚われた千夏と交戦、これを撃破。トランキライザーは停止し、甲は勲と交戦、勝利する。離脱後、千夏と体を重ねる。聖良は対地射撃衛星群グングニールでドミニオンのいる空港とアークを狙撃、アセンブラの流出を阻止する。数年後、除隊した甲は、クローニングを受けて肉体を取り戻したたものの、未成熟なまま培養槽から出てきてしまった千夏と共に幸せに暮らす。

エージェントの言葉を信じ、亜季と合流して中央制御機構に辿り着く。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴとアークによる乱戦の中、トランキライザーが乱入する。甲は暴走するトランキライザーと共にエスへ落下。悪夢に囚われた千夏と交戦、これを撃破。トランキライザーは停止し、甲は勲と交戦、敗北する。トランキライザーが再起動し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪うが、市内全域が掃討されてしまう。数年後、義体化した甲は、千夏と共に宇宙軍に転属、脳内チップを調整して人工的な永遠の愛を誓う。

エージェントの言葉を信じず、中央制御機構に辿り着く。トランキライザーは停止し、甲は永二と交戦、これを撃破。トランキライザーが再起動し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪うが、市内全域が掃討対象とされる。甲はトランキライザーと共にエスへ落下。ＡＩが対地射撃衛星群グングニールの制御を奪い返し、聖良はドミニオンのいる空港とアークを狙撃、アセンブラの流出を阻止する。離脱後、統合の重爆隊が市内全域を空爆する。数年後、義体化した甲は、心が壊れた千夏と共に帰らぬ旅に没入する。

ドレクスラー機関を追う甲は、部下のレインと共に潜伏先のナノ密造施設構造体を襲撃するが、施設の自爆に巻き込まれてしまう。脳内チップの破損によって多くの記憶を失い、レインと協力してナノ密造施設構造体を脱出。ノイの診療所を訪ね、脳内チップの修復を依頼する。治療中、情報屋エディから連絡を受けて無名都市に向かうが、エディは何者かに殺害されていた。エディの死を看取った直後、謎のシュミクラムに襲撃され、これを撃退する。
治療が進み、郷愁の念に駆られる甲は、レインと共に星修学園都市に向かおうとするが、グラウンド・ゼロを目の当たりにすることになる。一人、悲しみに暮れる甲の前に、シゼルが現れる。シゼルによって永二の元に強制連行されそうになるも、冷静に対処。シゼルの説得で永二と対面、フェンリルへの入隊を決める。
永二の命令でアークに向かう途中、千夏と再会。聖良と面会後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで亜季、菜ノ葉と再会する。千夏に呼び出され、清城市を離れるよう警告を受ける。米内議員の政治集会を見学、暗殺を目論むジルベルトと交戦、これを撃退するが、米内議員は狙撃で暗殺される。離脱後、暴動に巻き込まれ、レインと別れた甲は狙撃銃を携えた千夏と遭遇。暴徒に襲われ、千夏に助けられるが、地下通路で意識を失う。
レインとモホークに救出され、ノイの診療所で目を覚ます。聖良からＮＰＣ密造業者に奪われたオリジナルのクゥのデータの奪還を依頼され、ネットカフェから愛と快楽のフォーラムに潜入、亜季と遭遇。亜季と共に制御中枢に侵入、レイン、亜季と別れてデータベースに向かう途中、千夏と遭遇。何者かの襲撃で構造体は戦闘状態となる。オリジナルのクゥのデータを奪ったドミニオンの巫女に追いつき、データを渡される。レインからの通信を受け、制御中枢に向かい、亜季を捕らえたグレゴリーと遭遇。モホークがグレゴリーの逃亡を阻止するが、甲は亜季と共に逃走用の抜け穴に落下。千夏に救出されたものの、連行されそうになるが、永二に救われる。フェンリルと合流し、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴによる無名都市制圧の混乱に乗じて離脱する。
亜季が千夏を呼び出す。亜季からの通信を受け、千夏と共にドミニオンを装ったダーインスレイヴと交戦、これを撃破。千夏がアーク仮想都市アーヴァル・シティを訪れるが、菜ノ葉と口論をして立ち去る。エージェントによって、千夏がアーク仮想都市アーヴァル・シティに潜入した対ＡＩ対策班ＧＯＡＴのスパイと連絡を取っていることが判明。甲は亜季の頼みで対ＡＩ対策班ＧＯＡＴの隊員とウィルスを撃破。千夏と交戦、これを撃破。亜季は千夏を解放、アークに不信感を抱く。甲と亜季は安宿からアークにハッキングを仕掛け、灰色のクリスマスの原因が直樹であることを知る。空港のフェンリルベースが都市自警軍ＣＤＦに包囲される。甲は亜季と別れてレインたちと合流、空港周辺の防空設備を無力化するが、都市自警軍ＣＤＦが動き出したため、フェンリルベースは空港を離れる。甲とレインはシゼル、モホークと別れてネットカフェに移動、亜季と合流しようとするが、亜季は阿南に拉致されてしまう。再びシゼル、モホークと合流し、亜季を救出するために都市自警軍ＣＤＦ構造体に潜入。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴとドミニオンが都市自警軍ＣＤＦ構造体に侵攻する中、亜季を救出して離脱、アークに向かう。
ドミニオンが現実・仮想両面でミッドスパイアを襲撃。甲たちは混乱に乗じてミッドスパイアに侵入、バルドルマシンの強行偵察を行い、フェンリルは地下軍事施設からドレクスラー機関研究員と菜ノ葉を救出する。ドミニオンがアセンブラを盾に亡命黙認を要求、さらに菜ノ葉が運搬人であることが発覚。そして、聖良が突然の死を遂げる。エージェントに導かれて亜季の私有空間で甲模倣体と遭遇、亜季と体を重ねる。ＡＩの一部機能が停止、対地射撃衛星群グングニールが使用不能に陥った対ＡＩ対策班ＧＯＡＴが動き出す前に方針を固めるべく、甲たちはアークのデータベースに潜入。別口で潜入していた亜季と共に電子体幽霊ワイアード・ゴースト化した聖良と対面、方舟計画が人間を電子体幽霊ワイアード・ゴースト化する計画であることを教えられる。
亜季の提案で、特異点を利用して指揮者コマンダーの書き換えを行うことを決める。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴ及び都市自警軍ＣＤＦがアーク構造体に侵攻、フェンリル及びアークはこれを撃破。甲は雅と交戦、これを撃退。波状攻撃が続く中、特異点の助力でＡＩの処理能力が上がるが、トランキライザーの侵攻によって特異点が縮小してしまう。聖良は隔壁を閉鎖してトランキライザーを封じ込め、時間稼ぎを図る。甲は一時離脱し、亜季と体を重ねる。トランキライザーが隔壁を破壊、侵攻を再開。聖良は方舟計画を起動し、分断された甲と永二は亜季と合流、中央制御機構に辿り着く。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴとアークによる乱戦の中、トランキライザーが乱入する。甲と永二はトランキライザーにハッキングを仕掛ける亜季を守りながら対ＡＩ対策班ＧＯＡＴと交戦、これを撃破。トランキライザーは停止するが、ＡＩへの抑圧が続いていることに疑問を抱く。

ドミニオンの動向が気になり、周囲を見回るとグレゴリーが出現。ドミニオンに包囲されるが、レインたちに助けられる。中央制御機構に戻るも、亜季がトランキライザーに接触した途端、トランキライザーが再起動し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪うが、市内全域が掃討対象とされる。甲と永二の前にグレゴリー率いるドミニオンが現れ、交戦して撃破。亜季をトランキライザーから切り離す。甲はドミニオンの巫女と交戦、これを撃破。永二はグレゴリーと交戦、勝利するが、突如としてグレゴリーが再生、永二を撃破する。甲はグレゴリーと交戦、これを撃破するが、グレゴリーは再生。直樹の助力により、特異点による再生ができなくなったグレゴリーと交戦、これを撃破する。二年後、甲と亜季は海辺の別荘で幸せに暮らす。

• ドミニオンの動向が気になり、周囲を見回るとグレゴリーが出現。ドミニオンに包囲されるが、レインたちに助けられる。中央制御機構に戻るも、亜季がトランキライザーに接触した途端、トランキライザーが再起動し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪うが、市内全域が掃討対象とされる。甲と永二の前にグレゴリー率いるドミニオンが現れ、交戦して撃破。亜季をトランキライザーから切り離すが、亜季はすでに致命傷を負っていた。甲はドミニオンの巫女と交戦、これを撃破。永二はグレゴリーと交戦、勝利するが、突如としてグレゴリーが再生、永二を撃破する。甲はグレゴリーと交戦、これを撃破するが、グレゴリーは再生。直樹の助力により、特異点による再生ができなくなったグレゴリーと交戦、これを撃破する。甲は亜季と共に方舟計画に参加する。数年後、甲と亜季は現実から切り離された仮想都市で永遠の時を過ごす。
• 亜季がトランキライザーに接触した途端、トランキライザーが再起動し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪う。勲が永二を撃破。甲は勲と交戦、勝利する。亜季をトランキライザーから切り離すが、亜季はすでに致命傷を負っていた。甲は亜季と共に方舟計画に参加する。数年後、甲と亜季は現実から切り離された仮想都市で永遠の時を過ごす。

亜季がトランキライザーに接触した途端、トランキライザーが再起動し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪う。勲が永二を撃破。甲は勲と交戦、敗北する。対地射撃衛星群グングニールによって市内全域が掃討されてしまう。数年後、甲はトランキライザーに最後の戦いを挑む。

ドレクスラー機関を追う甲は、部下のレインと共に潜伏先のナノ密造施設構造体を襲撃するが、施設の自爆に巻き込まれてしまう。脳内チップの破損によって一部の記憶を失い、レインと協力してナノ密造施設構造体を脱出。レインを安宿に残し、グラウンド・ゼロに向かう。一人、立ち尽くす甲の前に、シゼルが現れる。シゼルにフェンリルへの入隊を誘われるが断り、甲を追いかけてきたレインと共にノイの診療所を訪ね、脳内チップの修復を依頼する。エージェントの手がかりを求めてアークに向かい、聖良と面会後、アーク仮想都市アーヴァル・シティで亜季、菜ノ葉、雅と再会する。情報屋エディから連絡を受けて現実のアジトに向かい、エディからＮＰＣ密造業者がドミニオンのアジトに繋がっているという話を聞くが、エディはドミニオンに殺害される。ノイの診療所に向かう途中、千夏と再会する。
エディから得た情報を元に、ネットカフェから愛と快楽のフォーラムに潜入、シゼル、ノイと遭遇。ノイと共にドミニオンの巫女を探し、ＮＰＣ密造業者ボスから話を聞き出してドミニオンの巫女を捕らえたジルベルトと遭遇。ドミニオンの巫女の正体は真であることが判明。千夏に救出されたものの、連行されそうになるが、ドミニオンの襲撃により休戦。攻性防壁に囚われた千夏を救出するが、真はグレゴリーと共に立ち去り、千夏と共にアーク構造体に向かう。
アーク仮想都市アーヴァル・シティでエージェントを探していた真と遭遇。真がアーク構造体に侵入、甲が説得しに行くが、誤解から真は逃走、エスに向かう。同時に、千夏がアーク仮想都市アーヴァル・シティから脱走してエスに向かい、亜季が千夏を追う。甲はエスで暴走する真と交戦、これを撃退。亜季を捕らえた千夏が真との人質交換を要求するが、ウィルスの襲撃により休戦。亜季は真を連れて避難するが、真が再び逃走。甲は真を追って共にエスに沈降するも、エージェントに救われ、真はアークの保護観察下に置かれる。甲は休息を命じられ、アーク仮想都市アーヴァル・シティに向かい、菜ノ葉が匿っていた千夏と遭遇。千夏は独房に収監される。千夏の釈放後、甲は真と共にアーク仮想都市アーヴァル・シティに向かうが、真と分かり合うことはできず、真はグレゴリーと共に立ち去る。
フェンリルが阿南を捕縛。ドミニオンが現実・仮想両面でアークを襲撃。甲はドミニオンの狙いが阿南だと気付いた永二と共に阿南の元に向かうが、真に阿南を奪われる。真を追ってグレゴリーと遭遇、交戦し勝利するが、真がグレゴリーを連れて逃走する。
アセンブラの流出を阻止するために、ドミニオンを本拠地である地下軍事施設に封じ込め、核反応炉を暴走させてアセンブラ諸共焼却する作戦を立てる。地下通路から地下軍事施設構造体に潜入、甲はレインと共に制御中枢に向かうも、作戦を読まれており、ジルベルト率いるドミニオンに包囲されるが、千夏率いる対ＡＩ対策班ＧＯＡＴに助けられる。フェンリルは作戦を対ＡＩ対策班ＧＯＡＴとの共闘によるドミニオンの制圧に切り替える。甲はノイと共に阿南を見付けるが、甲たちの前にグレゴリーと真が現れる。阿南が運搬人であることが発覚、阿南がグレゴリーを射殺したことでアセンブラが起動。特異点が発生し、亜季は指揮者コマンダーの書き換えを行う。
離脱後、甲たちは千夏率いる対ＡＩ対策班ＧＯＡＴと合流、アークに帰還する。アセンブラは指揮者コマンダーの書き換えによって一時的に増殖を休止、清城市は壊滅したものの、アークとミッドスパイアは辛うじて侵食を免れる。ＡＩの一部機能が停止、対地射撃衛星群グングニールが使用不能に陥った統合政府が清城市への二十四時間後の核攻撃を宣言。聖良と勲の間で話し合いが持たれ、聖良は特異点を利用した指揮者コマンダーの書き換えを提案するが、勲は奥の手があることを理由にこれを拒否する。甲はエージェントから真の居場所を聞き、真をアークに連れ戻す。真を捕獲するために、対ＡＩ対策班ＧＯＡＴがアーク構造体に侵攻、甲たちはこれを撃破。トランキライザーを奪取し、対地射撃衛星群グングニールの制御を奪うために、統合軍がアーク構造体とミッドスパイア構造体に侵攻。フェンリル及びアークはアークを防衛、甲はレイン、千夏と共にトランキライザーの無力化のためにミッドスパイア構造体に向かう。真と合流し、ミッドスパイア構造体に潜入、起動前のトランキライザーを攻撃する。対ＡＩ対策班ＧＯＡＴ隊員から真の解凍が成功したという連絡が入り、真が離脱するが、ミッドスパイア地下のバルドルマシンはジルベルト率いる対ＡＩ対策班ＧＯＡＴ反乱兵によって占拠されており、真は接続者コネクターとして連結されてしまう。トランキライザーが起動し、アークに侵攻。甲たちはジルベルトと交戦、これを撃破するが、ジルベルトはグレゴリーに姿を変える。レインと千夏にグレゴリーを任せ、甲はトランキライザーを追う。特異点が発生し、亜季は再び指揮者コマンダーの書き換えを開始する。甲はトランキライザーと共にエスへ落下。グレゴリーと交戦、これを撃破。エージェントの助力により、真が正気に戻り、甲はトランキライザーと交戦する。

トランキライザーに勝利する。真がトランキライザーから脱出、エージェントが身代わりとなってエスに沈降する。真と体を重ねる。離脱後、千夏と共にミッドスパイアに向かい、真と再会。アセンブラによって緑化した清城市の光景を見て、二人は幸せに結ばれる。

トランキライザーに敗北する。甲はトランキライザーと共にエスに沈降、聖良は方舟計画を実行する。真は甲のことを忘れたまま、永遠の時を過ごす。

微睡みから覚醒した甲は、突如としてウィルスに襲われる。とにかく反撃し、レインに状況を確認しようとするが、応答がなく、単独でナノ密造施設構造体を脱出。清城市は廃墟と化しており、星修に向かうと、朽ち果てた星修学園が存在していた。星修学園のグラウンドでシュミクラムに遭遇、現実だと思っていた世界が仮想であることが判明。入手した筈のデータがないことに気付き、再びナノ密造施設構造体に向かう。レインの通信が聞こえてくるが、やはり応答はなく、星修に戻る。如月寮で仲間達の幽霊に遭遇、ドローンに襲われる中、幻聴が聞こえてくる。幻聴に促されるままアーク構造体に侵入、社長室に突入して聖良の幽霊と遭遇する。
幻聴の正体はクゥであることが判明。情報屋エディのことを思い出して無名都市に向かい、エディの亡骸からデータをサルベージ。都市自警軍ＣＤＦ構造体に向かうと、レインの通信が聞こえてくる。クゥの案内でレインの居場所に辿り着き、レインと交戦、レインを正気に戻す。
レインの脳内チップに残っていたデータを元に、レインと共にドレクスラー機関の潜伏先である地下軍事施設に向かう。ノインツェーンの隠れ家でグレゴリーのミイラと遭遇。グレゴリーから逃げる途中、菜ノ葉の通信が聞こえてくる。グレゴリーが菜ノ葉を潜脳していることが判明。菜ノ葉の脳内チップでグレゴリーと交戦、これを撃破するが、菜ノ葉を見失う。南八坂に向かう途中、菜ノ葉と再会。
対ＡＩ対策班ＧＯＡＴのドローンがアーク構造体に侵攻、アークのドローンが迎撃する。甲たちはアークのドローンに加勢して対ＡＩ対策班ＧＯＡＴのドローンと交戦、これを撃破。レインの白昼夢を元に、学園の側の空き地に向かい、千夏と交戦、千夏を正気に戻す。
聖良の幽霊が方舟計画に言及するが、誰もその内容を知らず、何か知っていると思われる亜季を捜索。亜季の私有空間でモホークと交戦、亜季と再会。
トランキライザーの接続者コネクターが真であることが判明。真の捜索中にジルベルトと遭遇、交戦して撃破するが、取り逃がす。レイン、千夏と共にミッドスパイアに向かい、真の痕跡を追ってドミニオン構造体に侵入、真と交戦、操られていた真を救う。
千夏と共に都市自警軍ＣＤＦ構造体に向かい、雅と交戦、勝利して正気に戻す。雅たちと共に星修に戻る。真と共にアーク構造体に向かい、グレゴリーのミイラからバルドルのハックツールを発見、グレゴリーの正体が直樹であることを知る。ノイと遭遇、方舟計画実行後の経緯が明らかになる。
クゥの情報を元に、レイン、真と共に空がいるエスの海の島に向かう。研究所から構造体に侵入、残骸と化した永二とシゼルを見付ける。千夏と合流し、ドローンと交戦。レインと千夏にドローンを任せ、甲と真は島の反対側へ抜ける。真と別れ、甲は空と再会。空がノインツェーンと接続されていることを知り、甲たちは為す術もなく引き返す。帰還する途中、ドローンに包囲されるが、ジルベルトに助けられる。
亜季のおかげで聖良が正気に戻る。聖良とノイに頼まれ、グレゴリーのミイラの脳内チップに潜入。ノインツェーンの記憶に汚染されるが、ノイが汚染部位を除去、クゥのおかげで正気に戻る。カゲロウを模倣した汚染部位と交戦、これを撃破するが、意識を失う。
甲が模倣体であることが判明、さらに現実での人類は滅亡したこと、それから数万年が経過していることが発覚。ジルベルトから通信を受け、真実を伝えるが、ジルベルトは受け入れない。甲はクゥとの会話で自分が門倉甲だと確信、再び空の元に向かう。空に自分を殺してほしいと頼まれるが断る。空と体を重ねる。ジルベルトと交戦、これを撃破するが、空が爆弾で吹き飛ばされ、空と切断されたノインツェーンが復活、トランキライザーが再起動する。
トランキライザーへの対抗手段を受け取るために、レインと共にアーク構造体に向かう。レインは甲と別れてドローンを足止めし、トランキライザーに自爆攻撃を敢行。中央制御機構に向かう途中、制御中枢が陥落、菜ノ葉が致命傷を負いながらも閉鎖された隔壁を開放する。中央制御機構に辿り着き、致命傷を負った雅からトランキライザーへの対抗手段として亜季と聖良を封入したウィルスを受け取る。千夏と合流し、ミッドスパイア地下に向かう。千夏は甲と別れてドローンを足止めし、力尽きる。真と合流し、ドミニオン構造体に侵入。バルドルフロアに辿り着くが、真はトランキライザーの攻撃から甲を庇って消滅。甲もノインツェーンに操られた空に殺害される。
特異点が発生し、イヴが甲とクゥを再生する。研究所に向かい、空と遭遇。空と体を重ねる。再びノインツェーンに操られた空と交戦、亜季と聖良を封入したウィルスを打ち込む。復活したグレゴリーと交戦、これを撃破。イヴが戦場を再構成する。
ノインツェーンに操られた空と遭遇。亜季と聖良の助力で、ノインツェーンは撤退。クゥと合流し、ドローンと交戦。復活した仲間達と再会、クゥと共にノインツェーンを追う。トランキライザーと交戦、これを撃破。ノインツェーンに操られた空が現れ、トランキライザーを始めとする無数の残骸と融合。ＡＩへの抑圧が急激に強まったことで処理能力が下がり、身動きが取れなくなるが、特異点の助力で回復。甲はノインツェーンと交戦、これを撃破。特異点を利用して並行世界の甲にアセンブラの修復プログラムを送る。空がノインツェーンの一部となっていたことが発覚。仲間達に見送られ、クゥと共に空の元へ。ノイの案内で空と再会。甲は空と共に消滅しようとするが、クゥに止められる。クゥの提案で、空とクゥは融合、甲と共に眠りにつく。

世界７。真が直樹を諫め、灰色のクリスマスを回避。甲と空はいつまでも平和な日々を過ごす。

世界６。永遠とも言える長い年月を経て、甲と空は現実で再び結ばれる。

暇を持て余してノイの私有空間に没入した甲とレイン。バイブに興味を示すレインを責め立て、エナメルの衣装に身を包んだレインに責められる。それはノイの私有空間に仕組まれたギミックが原因だった。

ネットカフェの開店記念でスクール水着の上に制服を着て接客をする菜ノ葉。甲は接客中の菜ノ葉に悪戯し、亜季が側にいる中で菜ノ葉を責め立てるが、怒った菜ノ葉に仕返しとして責められる。

靴箱の悪戯でクリーム塗れになって如月寮に戻った甲は、ちょうど汗を流そうと戻っていた体操服姿の千夏と出くわす。千夏に誘われ、一緒にシャワーを浴び、彼女と体を重ねる。

甲が没入したまま寝ている亜季を起こしに私有空間に行くと、亜季はまたも全裸で寝ていた。ちょっとした出来心から悪戯をしていると、目を覚ました亜季に仕返しとして責められる。

亜季の私有空間で甲を想いながら自慰に耽っていた真は、その姿を甲に目撃されてしまう。甲は真の想いを受け入れ、彼女を抱く。しかし、それは真の寝言を聞きながら眠ってしまった甲が見た夢だった。

明晰夢を見ていると思った甲は、教室でいきなり怒っている空を抱きしめてなだめる。暴れる空を押し倒すような格好になり、自分の気持ちに素直に、彼女と体を重ねる。

甲がノイに呼び出されてアーク仮想都市に行くと、甲模倣体を連れたノイと四体のノイ模倣体が待ち構えていた。甲はノイとノイ模倣体に責められ、ノイ模倣体と共にノイを責め立てる。

シゼル宛の小包を届けに部屋に行った甲は、フリフリのドレスを着たシゼルの姿を目撃してしまう。甲はその姿を褒め、シゼルは照れ隠しに甲を責め立て、褒美として体を重ねるが、甲の言葉責めを受ける。

十一月のある日、甲は如月寮で下着姿のレインに遭遇する。誤解から一悶着あった後、レインは如月寮に居候することになる。
脱走したクゥを探しに行き、ドミニオンに襲われていたクリスを助ける。アリーナ落成記念のサバイバル戦でジルベルトと遭遇。甲たちは卑劣な反則行為で追い詰められるが、レインに助けられる。またも脱走したクゥを探しに行き、クリスと再会。レインに星修の授業を体験させる。レインがジルベルトに脅迫されていることを知り、クリスに相談。亜季の私有空間でレインとクゥが遭遇、誤解からレインに逃げられる。聖堂でレインを見付けるが、レインと勲が口論になり、またも逃げられてしまう。甲はレインの事情を知るために、永二からエイダの話を聞く。一方、レインはクリスに連れられてドミニオン構造体に向かい、突如現れたクゥの助力でエイダの過去を知る。甲は空と共にレインを探しに行き、シゼルと遭遇。クリスがセカンドの拉致事件に関わっているという話を聞き、ドミニオン構造体に向かう。アークとドミニオンの陰謀を阻止するために、クリスはレインを殺害しようとする。甲はクリスと交戦、これを撃破するが、構造体の崩落に巻き込まれる。負傷したレインと共に脱出。レインは勲と共に実家に戻る。
二週間後、如月寮を訪れたレインから、星修への編入と如月寮への入寮を認められたことを伝えられる。レインを加え、ますます賑やかになった彼らの日常を、甲と空は彼方から幸せそうに眺める。

灰色のクリスマスから生き延びた甲は、傭兵となって空の仇であるドレクスラー機関を追うことを決める。レインと共に訓練所に入り、独り者のやっかみを受けながらも、シュミクラム乗りとして頭角を現していく。
レインとのコンビで過去最高の成績を残し、統合軍から直に勧誘され、統合軍指揮下に入る。初陣で殺す必要のない敵を殺してしまい、冷酷に、しかしなるべく人を殺さずに任務を遂行しようとするが、それが原因で同僚を死なせてしまう。
統合軍の指揮下を抜け、フリーの傭兵としてドレクスラー機関を追う。世界各地を転戦し、清城市での数ヶ月に及ぶ苦闘の末、ついにドレクスラー機関の潜伏先を突き止める。没入する甲の前には、一人の少女の姿があった。

ある日、裏庭の菜園で夕食に使う野菜を収穫しようとした菜ノ葉は、ニラを始めとする野菜が減っていることに気付く。現場の状況から内部の犯行だと推理、寮生に聞き込み調査を行うが、決定的な証拠は見付からない。捜査に行き詰まるが、如月寮の前でジルベルトたちがバーベキューをしている場面に遭遇。ジルベルトは野菜泥棒を自白するが、ニラは盗んでいないという。一触即発の事態となるも、直樹が現れたことでジルベルトたちは撤収。直樹は菜ノ葉にお礼を持ってきたと言い、菜ノ葉はアルバイトの時にニラを差し入れたことを忘れていた。夕食後、病院から戻ってきた真によって、菜ノ葉が推理モノにハマっていたことが語られる。

新学期早々寝坊した甲は、登校中に空とぶつかってしまう。教室ではシゼルが授業を行い、雅に絡まれ、千夏がドアを蹴破って登校、空が転入生として紹介され、同じく転入生の真を空のところに案内してきた菜ノ葉も連れて学園を案内する。保健室では直樹とノイの漫才に巻き込まれ、キャンパスでは聖良とグレゴリーの教育論を聞かされ、聖堂では亜季とレインの百合関係を目撃し、下駄箱ではよしおとその父である勲と口論になる。下校中、永二とモホークが働く喫茶店に寄ると、突如警報が鳴り響き、雅が飛び出していく。甲たちは雅の後を追い、卑怯怪人ジルベルトと遭遇。トレンチデカＫＧに変身した雅と共にジルベルトを倒すが、ジルベルトはメカ化して復活、ジルベルトの部下に空が攫われてしまう。ジルベルトをメカ化した雅に任せ、甲と千夏は空を追うが、待ち構えていたジルベルトの部下に囲まれ、ジルベルトは甲たちを人質に雅を甚振る。窮地に陥った甲たちの前に永二とモホークが現れ、彼らから受け取った警棒で甲と千夏もメカ化、ファイナルアタックでジルベルトを倒す。無事に空を助けた甲は、告白しようとするが、真に阻まれる。他の面々もそれぞれの思惑から甲に迫り、甲は空を連れて駆け出すのだった。

フェンリルに入隊した甲は、模擬戦でモホークに敗北。敗因の分析に熱中するあまり、シャワー室でまたもシゼルと遭遇してしまう。門倉運輸の初仕事に臨む甲だったが、慣れない仕事でスケジュールに遅れが生じ、シゼルが甲の担当分の半分を引き受けるために合流する。昼食中、配送用の軽トラックが盗難され、モホークが窃盗団を制圧して事なきを得たものの、シゼルはすっかり落ち込んでしまう。甲はシゼルの失態を庇い、成り行きで体を重ねる。翌日、聖良からの依頼で、永二、シゼルと共にアークに向かう途中、千夏率いる対ＡＩ対策班ＧＯＡＴと交戦、これを撃退。無事に依頼を果たし、甲とシゼルは確かな共感を得て帰投する。

謎の送り主から愛玩用ＮＰＣセクサロイド専門の風俗店の無料チケットを送りつけられた甲は、店の前でクリスと出くわす。クリスに付き添いを頼まれて共に入店、クリスと別れてイメージジェネレーターで理想の相手を作成すると、クリスそっくりのＮＰＣが現れる。甲はＮＰＣを責め立て、ＮＰＣは自分が本物のクリスだと告白するが、甲はクリスをＮＰＣと勘違いしている素振りでさらに責め立てる。

甲は友達であるはずのクゥに欲情してしまうことに悩んでいた。久し振りにクゥに会いに行くが、クゥに抱きつかれて反応してしまい、気まずさから逃げ出してしまう。後日、クゥとの関係をはっきりさせるために、再びクゥに会いに行くと、クゥは甲に嫌われたと思って落ち込んでいた。クゥに好きだと言われ、甲は自分の気持ちに気付き、クゥに告白、彼女を抱く。その光景を目撃した真は、甲が遊びのような気持ちでクゥを抱いたと勘違いして逃げ出す。甲はクゥと共に真を追い、誤解を解く。真は甲とクゥが結ばれたことを祝福しようとするも、クゥに真も甲が好きだと指摘され、甲に告白。「みんな、みんなのことすき」と語るクゥに誘われ、三人で体を重ねる。

他の寮生に隠れて付き合っている甲と千夏。他の寮生が全員外出し、久し振りに体を重ねるが、甲が空腹を訴え、二人は裸のまま台所へ。千夏はパスタを作ろうと冷蔵庫からソースを取り出すが、手を滑らせてソース塗れになってしまう。甲は千夏の制止も聞かずにソースを舐め取るが、怒った千夏は甲にもソースをかけて舐め取る。

結婚して海辺の別荘で暮らす甲と亜季。休暇が重なり、一晩中体を重ねていた二人の元に、亜季と約束をしていた聖良が訪れる。聖良は生身の感覚を忘れていることに劣等感を抱いていると告白、それを解消するために甲に性交させてほしいと言う。亜季にも頼まれ、甲は戸惑いながらも承諾。亜季と聖良に責められ、三人で体を重ねる。

暇を持て余したノイは、新しい商売としてカウンセリングを始め、あわよくば相談に訪れた美少女を抱こうと目論むが、相談に訪れるのは男ばかり。そんなノイの元に菜ノ葉が訪れ、甲ともっと仲良くなりたいという相談を持ち掛ける。ノイは甲を拉致し、菜ノ葉を責めて甲を煽り、甲は菜ノ葉を抱く。さらにノイも参加して三人で体を重ねる。

ＣＧモード	あり
回想モード	あり
音楽モード	あり
ボイス	あり
ウィンドウモード	あり
サバイバルモード	あり
バルド地獄	なし あり(DiveX)

マルチシナリオ採用。ＡＤＶパートとＡＣＴパートが交互に進行する。
『Dive1』、『Dive2』の二部構成。『Dive1』単体ではレイン・菜ノ葉・千夏編のみ、『Dive2』単体では亜季・真・空編のみプレイ可能。『Dive1』のセーブデータを『Dive2』に引き継ぐことで、『Dive2+Dive1』として全てのシナリオがプレイ可能。『DiveX』は単体でプレイ可能で、引き継ぎもない。
システム面はシリーズ最高峰で、様々な情報の閲覧や詳細な設定の変更が可能。
攻略順が固定されており、一週目ではレイン編にしか分岐できない。レイン編でいずれかのエンディングを迎えると、選択肢が追加され、レイン編４章「爆心地」で「連絡を入れる」を選択すると菜ノ葉編に分岐する。菜ノ葉編でいずれかのエンディングを迎えると、選択肢が追加され、共通編１章「覚醒」で「レイン…。」を選択すると千夏編に分岐する。千夏編でいずれかのエンディングを迎えると、選択肢が追加され、千夏編５章「魔狼」で「亜季姉ぇと一緒に寮を出る」、千夏編６章「代理人」で「亜季姉ぇの顔だ」の両方を選択するか、片方を選択して千夏編６章「代理人」で「亜季姉ぇの夢だ」を選択すると亜季編に分岐する。亜季編でいずれかのエンディングを迎え、記憶遡行を全て閲覧すると、選択肢が追加され、共通編１章「覚醒」で「状況を把握する」を選択すると真編に分岐する。真編でいずれかのエンディングを迎えると、選択肢が追加され、共通編１章「覚醒」で「とにかく反撃する」を選択すると空編に分岐する。

機能拡張

特定の条件を満たすことで使用可能になる。
ＡＣＴパートにおける動作の追加や性能の向上、サバイバルモードなどを含む戦闘関連、ゲージ関連、戦闘情報関連、ＡＤＶパートにおけるシナリオチャートの確認や壁紙の変更、ちびキャラマスコットなどを含むメニュー関連、ボイス関連がある。

記憶遡行

『Dive2』での追加要素。
亜季編クリアで全回想開放。
学園時代の出来事を回想することができる。各ルートにおける記憶遡行に加え、追加イベントもある。

シナリオチャート

レイン編クリアで開放。
二周クリアで詳細表示、各ヒロイン二周クリアで該当シナリオの未通過ルート表示、空編クリアでイベントジャンプ開放、全ヒロイン二周クリアで未通過の分岐条件表示。
シナリオをチャート形式で閲覧することができる。

人物情報

『Dive2』での追加要素。
亜季編「姉」初回セットアップで開放。
登場人物の相関図やプロフィールを閲覧することができる。現代（人物関係）、現代（事象）、学園時代の各項目ごとに分かれている。内容はゲームの進行に伴い、随時更新される。

機体情報

レイン編「無名都市」初回セットアップで開放。
各機体との戦闘記録を閲覧することができる。各機体を特定の回数撃破、ＦＣフィニッシュすることで、全ての情報が開示される。

兵器情報

レイン編「親友」初回セットアップで開放。
各兵器の戦闘記録を閲覧することができる。本編、練習モード、サバイバルモードの各項目ごとに記録される。

戦歴

菜ノ葉編「無意識」二回目のセットアップで開放。
ゲームの進行度や様々な戦闘記録を閲覧することができる。項目はゲームの進行に伴い、随時追加される。

チュートリアル

レイン編「覚醒」初回セットアップで開放。
戦闘に関する解説を閲覧することができる。項目はゲームの進行に伴い、随時追加される。

ヘルプ

レイン編「覚醒」初回セットアップで開放。
システムの補足説明などを閲覧することができる。項目はゲームの進行に伴い、随時追加される。

ボイス	フルボイス
バックログ	あり
オートモード	あり
既読スキップ	あり
フローチャート	あり
イベントジャンプ	あり

オーソドックスなビジュアルノベル形式。
画面中央に表示される立ち絵に加え、テキストウィンドウの左側にもフェイスアップが表示される。
エンディングの分岐には、通常のテキストによる選択の他、前作『BALDR FORCE』での戦闘での勝敗に加え、時間制限イベントのクリアタイムも関わることがある。

レイン

「逢瀬」のレイン救出戦のうち、三戦以上を３０／５０／４０／３０／３０秒以内でクリア→「思い出」で「諦めずに脱出経路を探す」

幽霊

「逢瀬」のレイン救出戦のうち、三戦以上を３０／５０／４０／３０／３０秒以上でクリアか「思い出」で「諦める」

菜ノ葉

「運搬人」の菜ノ葉救出戦を２分３０秒以内でクリア→「聖地」で直樹に勝利

夢境

「運搬人」の菜ノ葉救出戦を２分３０秒以上でクリア

抱擁

「聖地」で直樹に敗北

千夏

「トランキライザー」で「信じたい。」→勲に勝利

恋結

「トランキライザー」で「信じたい。」→勲に敗北

離脱

「トランキライザー」で「やっぱり信じられない。」

亜季

「疑惑」で「もう少し奥まで行ってみよう。」→「クローン」で「亜季姉ぇを受け入れる。」→「接続者」のトランキライザー戦で勝利

方舟

「疑惑」で「もう少し奥まで行ってみよう。」→「クローン」で「事情を話して納得してもらう。」→「接続者」のトランキライザー戦で勝利か「疑惑」で「引き上げた方がいい。」→「接続者」のトランキライザー戦で勝利→勲に勝利

涅槃

「疑惑」で「引き上げた方がいい。」→「接続者」のトランキライザー戦で勝利→勲に敗北か「接続者」のトランキライザー戦で敗北

真

「心的外傷」でトランキライザーに勝利

喪失

「心的外傷」でトランキライザーに敗北

空

「イブ」で「クゥは、嫉妬しているのを我慢してるのでは？」→空に勝利でイベント追加。
「相棒」でレインに勝利でイベント追加。
「遺骸」で制限時間内にグレゴリーに勝利でイベント追加。
「遺骸」で千夏に勝利でイベント追加。
「隔絶」でモホークに勝利でイベント追加。
「亡霊」で真に勝利でイベント追加。
「レイン」、「菜ノ葉」、「千夏」、「亜季」、「真」、「空」クリアでイベント追加。

ノイＨシーン

「仮想都市」で「こうして見ると、ノイもいい女だな…」→「同級生」で「ノイの誘いに乗る。」

クゥＨシーン

「イブ」で「クゥは、嫉妬しているのを我慢してるのでは？」→「鼓動」で空Ｈシーンを見る

ノインツェーンの過去

空編クリア→「イブ」で「聞きたい」

妄想極秘ファイル：シゼル

「監禁」で「もう限界です、少佐」

妄想極秘ファイル：ノイ

「仮想都市」で「こうして見ると、ノイもいい女だな…」→「自我融合」で「れいぷごっこや、えすえむごっこしてあそびたい」

ボイス	あり
ポーズ	あり
ダウン	あり
エリアル	あり
味方機	あり
プラクティス	あり

クォータービュー２Ｄアクション。基本システムは前作『BALDR FORCE』を踏襲している。
ＡＣＴパート開始時、セットアップを行う。
画面左上に自機、左下に味方機、右上にロック中の敵機、右下に他の敵機のステータスが表示される。
戦闘開始時、一部の戦闘で耐久が大回復する。
自機を操作して敵機を撃破する。敵機を撃破すると耐久力が回復し、フォースを獲得する。ＦＣで撃破すると耐久力の回復量とフォースの獲得量が増える。
敵機を全滅させると勝利。兵装が成長し、次の戦闘に移行する。
自機、ないし味方機の耐久力が０になると、一部の戦闘を除いてゲームオーバー。リトライか、セットアップからリスタートか、ロードか、タイトルに戻るかを選択する。
戦闘終了時、耐久力が大回復する。
ＡＣＴパート終了時、耐久力が全回復する。

高速移動のダッシュ、敵機に向かって高速移動するサーチダッシュ、任意の方向に一定距離高速移動するブーストダッシュ、空中から高速で降下する急降下。ダッシュしながら攻撃可能。ダッシュ中に被弾した場合、自機はその場で停止する。サーチダッシュ、ブーストダッシュ、急降下はブースターを消費する。

全１１３種。セットアップの兵器開発でフォースを消費して入手する。既存の兵装を一定回数使用することで新規の兵装を開発できるようになる。各兵装はダメージ量に応じてレベルが上昇し*3、使用回数に応じて必要ヒートゲージ量が減少する。レベルが上がり切り、必要ヒートゲージ量が下がり切った兵装はMASTERと表記される。
装備可能箇所は近距離・サーチダッシュ・遠距離・ダッシュ／Ａ・Ｂ・Ｃの計１２箇所。同一兵装は複数箇所に装備不可。

全３８種。特定の条件を満たすことで使用可能になる。ＡＣＴパート*4の他、各ルートクリアでも入手できることがある。
フォースクラッシュゲージを消費して使用する。ヒートゲージ量に関わらず使用可能で、フォースクラッシュかイニシャライザでのみキャンセルできる。装備可能箇所はＡ＋Ｂ、Ｂ＋Ｃの２箇所。

菜ノ葉編「聖地」二回目のセットアップで使用可能になる。ヒートゲージが最大３ゲージまで増加し、ゲージが限界値に到達してもコンボが継続、イニシャライザ使用前に使用した箇所の攻撃が再使用可能になる。
フォースクラッシュゲージを消費して使用する。ヒートゲージ量に関わらず使用可能で、フォースクラッシュかイニシャライザ*5でのみキャンセルできる。効果中に敵機を撃破すると、全てＦＣフィニッシュになる。装備可能箇所はＡ＋Ｂ、Ｂ＋Ｃの２箇所。

攻撃開始からヒートゲージの減少開始までが１コンボとなる。コンボのヒット数が増えるほど、敵機に与えるダメージは減少するが、敵機の撃破時に入手可能なフォースが増加する。また、一部の兵装はその影響を受けにくい。
１コンボ内で同一箇所の攻撃は複数回使用不可。同一箇所の攻撃を連続で出そうとすると、同じボタンに装備された攻撃のうち、近距離＞サーチダッシュ＞遠距離＞ダッシュの優先度で使用した攻撃より優先度の低い攻撃が出る。例：遠距離Ａの後に遠距離でＡボタンを続けて押すと、ダッシュＡが出る。サーチダッシュＡの後に近距離でＡボタンを続けて押すと、近距離Ａ→遠距離Ａ→ダッシュＡが出る。

※自機・敵機共通。
攻撃を出す、ないし空中に吹き飛ばされているとゲージが増加する。ゲージが限界値に到達する、ないし地上に落下すると、一定時間でゲージが減少する。ただし、ゲージが限界値に到達する前であっても、一定時間攻撃を出さなかった場合、被弾して装甲を突破された場合、強制的にゲージが減少する。なお、ゲージの減少中は移動以外の行動ができない。ゲージの減少速度は停止＞移動＞ダッシュ＞ショートダッシュの順に遅くなる。
ゲージが溜まっているほど、被弾時のダメージが大きくなる。ゲージが限界値に到達した状態で被弾すると強制的にダウンする。

※自機・敵機共通。
攻撃中、被弾しても一定のダメージまでは行動を阻害されない。装甲値は機体・兵装によって異なる。

※自機・敵機共通。
攻撃を出す、ないし攻撃を受けるとゲージが増加する。ただし、ＦＣを使用する敵機はボスのみ。

敵機は初期設定がカゲロウ・鎧で、戦闘したことのある敵機から選択可能。敵機の行動は停止・移動・ジャンプ・ＣＰＵ。
マップは初期設定がブートキャンプで、戦闘したことのあるマップから選択可能。

VERY EASY・EASY・NORMAL・HARD・VERY HARDでデフォルトはNORMAL。難易度によって敵機の出現数、耐久力と行動パターン、ダメージレートが変化する。

兵装（未開発含む）、機能拡張、各種記録を引き継ぐことができる。そのため、全ての兵装の入手・MASTERは可能。

千夏編クリアで開放。
出現する敵機を倒し続けるモード。
最初にセーブデータを選択してセットアップ。兵装の成長段階は選択したセーブデータに準じる。
基本的な流れは本編と同じで、自機を操作して敵機を撃破する。拡張機能を使用することでフォースを獲得可能。敵機を全滅させると勝利。自機の耐久力が０になるとゲームオーバー。次回プレイ時は最初から開始になる。ただし、拡張機能を使用することで特定のステージから再開可能。
戦闘終了時、拡張機能を使用することで兵装が成長する。兵装の成長段階は本編に引き継がれる。
５面ごとにセットアップに移り、次の戦闘に移行するか、中断するかを選択する。中断を選択すると、次回プレイ時に途中から再開できる。
ステージごとに出現する敵機とマップは固定。
また、空編クリアでサバイバルモード改が開放。出現する敵機とマップが異なる。

『Dive1』、『Dive2』の全ての兵装が最初から使用可能。また、『DiveX』追加兵装を含む全ての兵装がマスター状態であるため、兵装が成長しない。

「Dream Stories」を全てクリアで開放。
３Ｄダンジョン風ＲＰＧ。
探索パートは３Ｄダンジョン風。戦闘パートはオーソドックスなコマンドバトル。
難易度はニラ・やさしい・普通・難しい。ただし、難しい以外では隠しボスと戦えない。

ＣＰＵ同士の戦闘の勝敗を予想するモード。
３ブロック６体、計１８体から勝者を予想する。最大で１ブロック１体ずつ、計３体までコインを賭けることができる。機体と枠に応じて倍率が異なる。
ブロック戦は各ブロック６体で戦闘、生き残った２体までが決勝ブロックに進出。決勝ブロックは最大６体で戦闘、最後まで生き残った１体が勝者となる。

「BALDRSKY the Another」クリアで開放。
ハックアンドスラッシュ要素を取り入れたモード。基本システムは『BALDR FORCE Re-Action』を踏襲しているが、戦闘部分は従来のシステムに変更されている。
自機を操作してヘックスで構成されたマップを探索する。メニューではシステム、装備、アイテム、スキルが選択可能。マップ上の敵機は自機が一回移動する度に一回移動する。マップ上には、他に兵装やアイテム、キャラクターなどが配置されている。フロアごとに出現する敵機やマップ、兵装、強化アイテム、キャラクターはランダム。
自機が敵機と接触すると戦闘画面に切り替わって戦闘になる。自機と接触した敵機に隣接する敵機、護衛している敵機も同時に戦闘になる。
基本的な流れは本編と同じで、自機を操作して敵機を撃破する。自機が接触した敵機と隣接していない敵機は時間経過で参戦する。
敵機を全滅させると勝利。兵装の使用回数を消費し、兵装の使用状況に応じて熱量が低下、マップ画面に切り替わって探索になる。
自機の耐久力が０になるとゲームオーバー。戦績が表示され、タイトルに戻る。次回プレイ時は最初からやり直しになる。
自機が出口に到達するとＡＤＶパートを挟んでボス戦になる。４０面まではフロアごとに出現する敵機とマップは固定。４１面以降はランダムでＡＤＶパートなし。ボスを倒すとクリア。次のフロアに進むか、ゲームを一時中断するかを選択する。

マップ上にランダムで配置されている。
遭遇することでキャラクターに応じた効果を得ることができる。

エージェント

プレイ開始時、コインを消費してエージェントに遭遇したフロアから開始することができる。出現するフロアは固定で、１０００面以降は出現しない。

レイン

ジャミング装置とストラクチャ・アイを入手。

菜ノ葉

ニラを入手。

千夏

兵装装備欄及びストック欄からランダムで二箇所を選択、兵装のレベルを上げる。レベル３だった場合は熱量を下げる。最低値だった場合はさらに半減する。

亜季

アイテム装備欄からランダムで三箇所を選択、アイテムのブロックを減らす。

真

兵装装備欄及びストック欄からランダムで三箇所を選択、兵装の使用回数を増やす。９９回だった場合は∞になる。

空

ＡＩの加護を入手。

聖良

プレイ開始時の初期フォースが増加。遭遇してから５フロア以内に再び遭遇するとフォースを入手。５面以降で出現。

ノイ

亜季の部屋にご褒美ＣＧが入荷。全ＣＧ入荷後はフォースを消費して耐久力を全回復することができる。

永二

フェンリルベースの倉庫が拡張。遭遇してから５フロア以内、または倉庫の最大拡張後に再び遭遇すると、装備欄及びストック欄からランダムで一箇所を選択、兵装の強化値を増やす。１０面以降で出現。

シゼル

門倉運輸トラックの倉庫が拡張。遭遇してから１０フロア以内、または倉庫の最大拡張後に再び遭遇すると、レアアイテムを入手。１０面以降で出現。

マップ上にランダムで配置されている。
兵装やアイテムを売買することができる。
清算せずに店を出た場合、１３の特殊効果を持つクリスが出現する。

マップ上にランダムで配置されている。
兵装の倉庫として利用することができる。
保管可能な兵装数は５。永二と遭遇することで、６０まで増やすことができる。

マップ上にランダムで配置されている。
アイテムの倉庫として利用することができる。
保管可能なアイテム数は４×７。シゼルと遭遇することで、１４×７まで増やすことができる。

特定のフロアのクリア後に進行可能なフロア。フロア名は数字ではなくアルファベットで表記される。
敵機は存在せず、コインやスキル、バルド地獄や究極サバイバルで使用可能な自機を入手することができる。
一部の隠しステージは特定のフロアで特定の条件*6を満たす必要がある。ただし、マップの構成はランダムであるため、条件によっては達成不可能なこともある。

フォースを消費してマップ上で自機に接触した敵機を遠ざけることができる。
遠ざけることができる敵機は自機のフォースフィールドランク以下に限られる。自機のランクはアイテム装備欄のうち、横一列が隙間なく埋まった数による。敵機のランクは機体と特殊効果による。ランク差が大きいほど大きく遠ざけることができる。ランク差が３になると敵機を破壊することができる。自機のランクは最大１４なので、１１ランク以上の敵機は破壊することができない。

全１１３＋３９種。マップ上で拾得する。また、撃破した敵機が落とすこともある。兵装のレベル・熱量はランダム。それぞれの兵装には使用回数が定められており、一回の戦闘で１消費する。使用回数が０になると消滅する。熱量は兵装の使用状況に応じて低下する。また、兵装名の後ろに強化値（＋Ｘ）が付記された兵装は通常の兵装より攻撃力が高い。
ストック可能な兵装数は１。フォースを消費することで、２０まで増やすことができる。

全４８種。マップ上で取得する。また、撃破した敵機が落とすこともある。アイテムのブロック数・形状はランダム。装備することでステータスが上昇するものや特殊な能力を獲得するもの、消費することで特定の機能を発揮するものがある。
装備可能箇所は４×７。フォースを消費することで、１４×７まで増やすことができる。

全３種。マップ上で取得する。また、撃破した敵機が落とすこともある。その場で消費し、ランダムな箇所に効果を発揮する。兵装の使用回数を増やすものや熱量を下げるもの、アイテムのブロックを減らすものがある。

全４０種。隠しステージで取得し、フォースを消費することで有効になる。機能拡張の戦闘関連項目の他、同一兵装が複数箇所に装備可能になるものや合成可能になるもの、アイテムの形状を反転可能になるものがある。

低確率で出現する特殊な敵機。黒いオーラに包まれ、全身が発光している。
通常より能力が高く、一つ以上の特殊効果を持ち、常に護衛を連れている。フォースフィールドランクは二倍。
また、極低確率で出現する特殊な敵機にユニークエネミーがいる。全身が金色に発光している。
レアエネミーより能力が高く、一つ以上の特殊効果を持ち、常に護衛を連れている。フォースフィールドランクは三倍。
特殊効果は全１４種。自機のアイテムと同じものだけでなく、敵機専用のものもある。

本編の難易度設定が反映される。

BALDRSKY ES E面で取得。
高難易度の戦闘に挑むモード。
最初にセットアップ。自機と兵装を選択する。選択可能な自機は全７０種。
自機を操作して敵機を撃破する。敵機を全滅させると勝利。自機の耐久力が０になると敗北。戦闘終了時、自機とステージに応じたコインを獲得する。
全１００ステージ。特定の条件を満たす*7ことで新たなステージが開放される。ステージごとに出現する敵機とマップは固定。敵機には本編より強化されているもの、本編には登場しなかったものもいる。

BALDRSKY ES N面で取得
出現する敵機を倒し続けるモード。
最初にセットアップ。自機と兵装を選択する。選択可能な自機は全７０種。
基本的な流れは本編と同じで、自機を操作して敵機を撃破する。敵機を全滅させると勝利。自機の耐久力が０になるとゲームオーバー。戦闘終了時、自機とステージに応じたコインを獲得する。次回プレイ時は最初から開始になる。ただし、規定のコイン*8を支払うことで再開可能。
５面ごとにセットアップに移り、次の戦闘に移行するか、中断するかを選択する。ただし、自機の変更は不可。中断を選択すると、次回プレイ時に途中から再開できる。
ステージごとに出現する敵機とマップは固定。

• 最終章となる空編で主人公が交代する。作中では甲と甲模倣体を同一人物として扱っているが、同時に空とクゥを別人として扱っているため、無理がある。
• 未回収の伏線が非常に多い。特に世界観が大きく変わる空編に多く、世界０の現代編で目撃された甲模倣体については非常に重要な伏線なのではないだろうか。
• 矛盾点が散見される。阿南がドレクスラー機関にアセンブラを開発させたと発言する（阿南はアセンブラ開発を知らなかった）、米内が学園編でトランキライザーの存在を知っていた（トランキライザーが清城市に持ち込まれたのは現代編）など。
• 全ての要素を開放するには、サバイバルモード１００面、サバイバルモード改１２５面クリアが必要となる。本編のサバイバルモードはゲームオーバーになると最初からやり直しで、しばしば発生する強制終了でも同様。特にサバイバルモードは４５面で早くも単体ボス戦がなくなるため、難易度が高い。『DiveX』では、クリアできなくても一定回数プレイすれば全ての要素を開放できるようになった*9。

『BALDRSKY Another Days』は、『BALDR SKY DiveX "DREAM WORLD"』の小説化作品である。

タイトル	BALDRSKY Another Days
発売日	2010/09/24
原作	GIGA(TEAM BALDRHEAD)
執筆	卑影ムラサキ with 企画屋
挿絵	fujy
編集	小寺盛巳
発行所	ハーヴェスト出版
発売	星雲社

謳い文句は「レインの居候生活始まる」。
単行本全１巻。「BALDRSKY the Another 〜Bound for Seventh〜」の完全版。ストーリーは同じで、描写や場面が追加されている。

時系列（SKY&ZERO）
機体／BALDR SKY
兵装／BALDR SKY
BALDR SKY Core Defender
SKY&HEART LAST SURVIVAL

BALDR_SKY WEB
BALDRSKY DiveX "DREAM WORLD"