特別会計

一般会計とは別に設けられる、独立した経理管理が行なわれる会計のことをいう。
（一般会計から特別会計への繰り入れもあるため、完全に独立しているわけではない。）
厚生保険特別会計や国民年金特別会計、道路整備特別会計、老人医療特別会計、介護保険特別会計などの特別会計がある。
特別会計の資金は出入りが把握しづらく、それぞれを管轄する官庁の裁量で予算が決められ、各省庁や族議員の既得権益の温床と化しているという問題が指摘されている。

国の特別会計は以下のの3種のみが認められている。

事業特別会計
資金特別会計
区分経理特別会計

1.事業特別会計

企業
- 国有林野事業特別会計（農林水産省所管）
保険事業
- 地震再保険特別会計（財務省所管）
- 労働保険特別会計（厚生労働省所管）
  - 労災勘定
  - 雇用勘定
  - 徴収勘定
- 年金特別会計（厚生労働省所管）
  - 基礎年金勘定
  - 国民年金勘定
  - 厚生年金勘定
  - 福祉年金勘定
  - 健康勘定
  - 児童手当及び子ども手当勘定
  - 業務勘定
- 農業共済再保険特別会計（農林水産省所管）
  - 再保険金支払基金勘定
  - 農業勘定
  - 家畜勘定
  - 果樹勘定
  - 園芸施設勘定
  - 業務勘定
- 森林保険特別会計（農林水産省所管）
- 漁船再保険及び漁業共済保険特別会計（農林水産省所管）
  - 漁船普通保険勘定
  - 漁船特殊保険勘定
  - 漁船乗組員給与保険勘定
  - 漁業共済保険勘定
  - 業務勘定
- 貿易再保険特別会計（経済産業省所管）
公共事業
- 社会資本整備事業特別会計（国土交通省所管）
  - 治水勘定（旧治水特別会計）
  - 道路整備勘定（旧道路整備特別会計）
  - 港湾勘定（旧港湾整備特別会計）
  - 空港整備勘定（旧空港整備特別会計）
  - 業務勘定
行政的事業
- 登記特別会計（法務省所管）
- 食料安定供給特別会計（農林水産省所管）
  - 農業経営基盤強化勘定
  - 農業経営安定勘定
  - 米管理勘定
  - 麦管理勘定
  - 業務勘定
  - 調整勘定
  - 国営土地改良事業勘定
- 特許特別会計（経済産業省所管）
- 自動車安全特別会計（国土交通省所管）
  - 保障勘定
  - 自動車検査登録勘定
  - 自動車事故対策勘定

2.資金特別会計

外国為替資金特別会計
財政投融資特別会計
- 財政融資資金勘定
- 投資勘定
- 特定国有財産整備勘定（旧特定国有財産整備特別会計）

3.区分経理特別会計

剰余金処理がすべて全額翌年度に繰り越しになる、『特別会計に関する法律』の「剰余金の処理に関する共通ルール」の例外となる特別会計
- 交付税及び譲与税配付金特別会計
  - 交付税及び譲与税配付金勘定（総務省所管）
  - 交通安全対策特別交付金勘定（内閣府所管）
一般会計の定率繰入や他の特別会計の余剰金など特定の歳入をもって国債整理という特定の歳出に充て一般の歳入歳出と区別して経理する単純特別会計
- 国債整理基金特別会計（財務省所管）
特定財源の歳入を一般の歳入に組み入れた後、必要額を一般の歳出から当会計の歳出に充て経理する特別会計
- エネルギー対策特別会計
  - エネルギー需給勘定