忘却からの帰還〜Intelligent Design

Richard Sternberg thinks that introns are important. He has to think that way because he's an Intelligent Design Creationist and the idea that introns could be mostly junk and not have a function isn't part of his faith

Richard Sternbergはイントロンが重要だと考えている。彼がそう考えなければならないのは、彼がインテリジェントデザイン創造論者であり、「イントロンの大半がジャンクで機能を持っていないこと：が、彼の信仰にないからだ。

So let’s do the math. At least ninety percent of gene transcripts undergo alternative splicing, and there are at least 190,000 introns in the human genome. That means we have at least 0.90 x 190,000 = 171,000 introns that participate in the alternative-splicing pathway(s) available to a cell.

では数学だ。遺伝子転写の少なくとも90%は選択的スプライシングを経験する。人間のゲノムには少なくとも19万個のイントロンがある。これは、細胞で使える選択的スプライシング経路の関与するイントロンが少なくとも 0.90 × 190,000 = 171,000個あることを意味している。

[ Richard Sternberg: "Matheson’s Intron Fairy Tale" (2010/06/03) ]

It's up to you, dear readers, to figure out all the things wrong with this explanation. You can start with the math. Arithmetic isn't one of their strong points. Or maybe it's an understanding of biology that's the real weak point?

では、読者諸君。間違いを指摘してみよう。数学から始めてもいい。でも、算数は重要じゃない。たぶん生物の理解がないことが弱点かな？

[ Larry Moran: "Creationists, Introns, and Fairly Tales" (2010/06/03) on Sandwalk ]

Imagine my surprise when Sternberg responded with a "correction"!

おっとびっくり。Sternbergが修正したぜい。

So let’s do the math. Again. I will make the task easy for everyone―even Moran and Matheson:

Step 1. There are ~25,000 protein-coding genes in the human genome.
Step 2. There are 190,000 introns/25,000 protein-coding genes = 7.6 introns/gene on average.
Step 3. Ninety percent (possibly more) of gene transcripts undergo alternative splicing. Hence, 0.9 x 25,000 = 22,500 genes (actually, their RNAs) undergo alternative splicing.

Therefore, 22,500 genes x 7.6 introns/gene = 171,000 introns involved in alternative splicing.

数学のやり直しだ。こんどは誰にでもわかるように書いてみた。
25000個の遺伝子コーディングが人間のゲノムにある
19000イントロン／25000タンパク質コーディング遺伝子=7.8個/遺伝子
90%(おそらくそれ以上）の遺伝子転写は選択的スプライシングを経験する。したがって、0.9 x 25000 = 22500個の遺伝子（実際はRNDAだが）が選択的スプライシングを経験する。

したがって、22500遺伝子/7.6イントロン 171000個のイントロンが選択的スプライシングに関与予定している。

[ Richard Sternberg : "Let's Do the Math Again" (2010/06/04) ]

We could quibble about the number of introns―I think it's closer to 150,000. We could quibble about the number of protein encoding genes―the most accurate number is 20,500. We could quibble about how many genes exhibit alternative splicing―I think it's about 5%, not 95%. You can't be expected to know the facts and the controversies since this is way outside your area of expertise.

まずはイントロンの数だが、私は150,000くらいだと思うが。それからタンパク質を円コーディングしている遺伝子の個数だが、より正しくは20500個だ。どれくらいの遺伝子が選択的スプライシングうしているかについても、私は95%ではなく、5%だと思うが。これはキミの専門外のことで、事実や論争について知っていなくいても仕方ない。

So, let's assume your facts are correct. If 90% of genes exhibit alternative splicing then this means 22,500 genes. You got that calculation right. The minimum number of introns that must be involved in alternative splicing is one (1) per gene. That means at least 22,500 introns involved in alternative splicing. You made the mistaken (and stupid) assumption that every intron in a gene had to be alternatively spliced.

てことで、キミの事実が正しいとしよう。90%の遺伝子が選択的スプライシングを経験するので、22500個の遺伝子が選択的スプライシングを経験することになる。遺伝子あたり、選択的スプライシングに関わるイントロンの数は最低1個だ。したがって、少なくとも22500個のイントロンが選択的スプライシングに関わることになる。キミは遺伝子の全イントロンが選択的スプライシングに関わると間違って、アフォにも仮定した。

The fact that you repeated this false assumption, even after being warned, does not enhance your credibility. I conclude that you don't understand RNA processing or alternative splicing. In spite of your ignorance you wrote up a posting attacking Steve Matheson and defending your colleague Steve Meyer. That's why we call you IDiots.

私が言ってうの二、またキミは間違いを繰り返した。これではキミの信用は高まらない。キミはRNAプロセシングあるいは選択的スプライシングがわかっていない。無知なのに、キミはSteve Mathesonを攻撃し、キミの同僚Steve Meyerを擁護する記事を欠いた。だからキミはアフォなのだ。

[ Larry Moran: "IDiots Do Arithmetic a Second Time - Same Result" (2010/06/04) on Sandwalk ]