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交配所Sにモブを2体乗せることで行うことができます。
中身入りのモンスタープリズムを投げ込むことで乗せることができますが、野生のモブでも誘導すれば乗せることが可能です。
違う種類のモブと行うと交配所Sの左側に載せたモブが生まれます。*1

• v20201013.2111までは違う種類で行うとモノが生まれていた。

交配で生まれた個体のレベルは「親の平均レベル - (1 〜 6)」となり、親よりも弱くなっていきます。
ごく稀に突然変異を起こし、大幅にレベルが高い子が生まれることもあります(後述)
上位種が実装さえれている一部のモブは、レベルの上下に対応して敵対時と同様にレベルによって名称が変わります。

交配所Sに乗せたモブは、交配所が動いてる間ライフが減少していき、いずれ死んでしまいます。
チャーム済であればアークヒールなどで回復することができますし
死んでしまう前にモンスタープリズムで捕獲することでも回避することができます。片方でも捕獲すれば交配所は動作を停止し、ライフの減少も止まります。
なお、チャーム状態の個体は体力に関わらず100%捕獲可能です。
普通は一定時間で約10%程度のライフが減少しますが、一部のモブ(モノや緑モノなど)は交配でのライフの減り方が速いので注意が必要です。
これらのモブは途中で回復させないと、2体生まれて2体死ぬペースなので数を増やせません。