バルカン連邦の裁判所には、司法機構由来の破毀院と、行政機構由来の国務院の二系統が存在し、同格の存在として扱われる。破毀院はセルビア司法系統の最上位に存在する。民事、商事、労働及び刑事に係る各訴訟は、まず、第一審裁判所、一審判決に対する控訴は控訴院にて審理される。事実及び法律上の問題に関して、すべての点について審理する。第一審判決、控訴院に言い渡された判決は、いずれも破毀院に上告することが出来る。ただし破毀院は法律問題のみを取り扱い、事実審査は行わない。この事から破毀院は第3審の裁判所としては扱われない。国務院はセルビア政府の諮問機関であると共に、公法上の権限に基づく処分に対する不服申立てについて最終的な判断を下す、行政訴訟における最高裁判所としての役割を持つ。
両系列の管轄は権限争議裁判所によって判断される。国務院長は司法長官が兼任し、破毀院長は部長判事、検事総長、最古参判事の中から選出される。
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