プロジェクト・ディスカバリー：画面の操作と進行
最終更新：
quote_mraz 2021年01月17日(日) 21:09:11履歴
目的の確認 
今回のプロジェクト・ディスカバリーの目的は、フローサイトメトリー（Flow Cytometry）による細胞の分析です。
提供されるデータは、主に血液などの流体ベースのサンプルをレーザーに当て、細胞に当たったレーザーが散乱する様子をドットによって描画したものです。このドットは細胞の特性ごとにまとまっていると考えられるため、プレイヤーはこの結果をゲーティング（Gating）と呼ばれる手法によって共通の特性を持つであろうグループごとに分類します。
前回や前々回のプロジェクトディスカバリーとは異なり、操作自体も非常にシンプルで、なおかつ専門的な知識やパターンを覚える必要がありません。実際「こういう形になるとどんな細胞がどういう特性である」というのもわかるようですが、今回はそこの判定の前段階ということです。その分、ドットの分布を的確に判断し、精度を高めるために分析の精度を上げていく必要があります。
提供されるデータは、主に血液などの流体ベースのサンプルをレーザーに当て、細胞に当たったレーザーが散乱する様子をドットによって描画したものです。このドットは細胞の特性ごとにまとまっていると考えられるため、プレイヤーはこの結果をゲーティング（Gating）と呼ばれる手法によって共通の特性を持つであろうグループごとに分類します。
前回や前々回のプロジェクトディスカバリーとは異なり、操作自体も非常にシンプルで、なおかつ専門的な知識やパターンを覚える必要がありません。実際「こういう形になるとどんな細胞がどういう特性である」というのもわかるようですが、今回はそこの判定の前段階ということです。その分、ドットの分布を的確に判断し、精度を高めるために分析の精度を上げていく必要があります。
ゲートの作成とクラスターの見分け方について
実際にどのようにしてドットのグループ（クラスター）を見分けていくかという操作は、チュートリアルを一通りこなしてみるとなんとなくわかります。
関連ページ：プロジェクト・ディスカバリー：チュートリアル
このページでは、画面の操作や、画面の表示の見方の説明のみ行っています。
関連ページ：プロジェクト・ディスカバリー：チュートリアル
このページでは、画面の操作や、画面の表示の見方の説明のみ行っています。
画面の見方
プロジェクトディスカバリー共通の部分
�仝什澆諒�析者ランク
あなたの現在のランクです。高くなればなるほど報酬が増えていきます。カーソルを当てると、獲得した経験値が表示されます。
�∧�析精度
分析の「正答率」です。すでに結果がある程度確定しているデータに対する解答の精度によって上下します。正答すると精度が上がり、誤答すると下がっていきます。これは50%からスタートし、精度の上限は99%になります。
精度が30%を切ると、研究者として精度が低すぎるという判断になり、報酬がもらえなくなります！
正答が存在しないデータについては、精度の増減は起こりません。
��次の分析者ランク
次の分析者ランクです。カーソルを当てると、ランクアップに必要な経験値が表示されます。この経験値に達すると次のランクに上がることになります。
必要経験値の蓄積は、ゲージとパーセンテージによって表示されます。
分析対象の表示部分
�〆挧Δ慮�散乱特性のデータ
細胞にレーザーを当てた結果、測定された前方散乱（Forward Scatter）および側方散乱（Side Scatter）特性をドット表示したものです。青色がそのドットで、緑、黄色、赤と色が変わっていくほどそ部分に多くのドットが密集した（密度が高い）ことを示します。
細胞の種類が１種類しかない場合は比較的単純な形になりますが、複数種類の細胞が混在している場合は複雑な形になります。
�▲�ーソル
ウィンドウにマウスを当てるとこの形のカーソルになります。クリックするとその場所に点を打ち、それを繰り返すことでドットの集まり（クラスター）を囲っていきます。
カーソルを動かすと右側と上側にグラフ内の位置が表示されますが、操作には特に影響しません。
��ゲート（Gate）
操作によってクラスターを囲ったものです。適切なドットが囲われているかどうかが精度に影響してきます。
�ぐ呂辰織�ラスターの数
ゲートによって囲われたクラスターの数が表示されます。
�ゥ�ラスター（想像図）
ゲートを作成すると、ここにいい雰囲気の画像が追加されていきます。画像自体に（おそらく）意味はありませんが、これは作成したゲートにリンクしており、クリックすると対象のゲートが選択された状態になります。また、ゲートが正しく作られているかどうかのステータスも表示されます。
ゲーティング（Gating）の操作
作成
カーソルを適当な場所に当ててクリックすることでゲート（Gate）の作成が開始されます。一度作成を開始するとキャンセルできないので、間違った場所をクリックしてしまった場合は早々に完成させてから処理しましょう。
クリックするとその場所に点が残り、そこから青い線がカーソルに沿って出現します。この青い線で対象のクラスターを囲むように次々と点を打っていきます。
最初に点を打ったところをクリックするか、10個目の点を打った時点で全ての点が繋がり、ゲートが作成されます。10個目の点を打った場合は、10個目の点と1個目の点が自動的に接続されます。
クリックするとその場所に点が残り、そこから青い線がカーソルに沿って出現します。この青い線で対象のクラスターを囲むように次々と点を打っていきます。
最初に点を打ったところをクリックするか、10個目の点を打った時点で全ての点が繋がり、ゲートが作成されます。10個目の点を打った場合は、10個目の点と1個目の点が自動的に接続されます。
作成の中断
間違って点を打ってしまった時などは、ESCキーで作成をキャンセルすることができます。
変更・削除
作成したゲートをクリックすると選択状態になります。この状態では、ゲートの形を操作したり、削除したりすることができます。なお、例えば形を変更したい場合に選択→操作という手順を踏む必要はありません。操作するために点をドラッグしようとすると自動的に選択状態になるためです。
点をドラッグすることで形を変更できます。
ゲートの内側の部分などをドラッグすると、ゲートそのものの場所を移動させることができます。
選択した状態のゲートは右上の方に×マークが表示されています。ここをクリックすることで作成したゲートを削除することができます。
点をドラッグすることで形を変更できます。
ゲートの内側の部分などをドラッグすると、ゲートそのものの場所を移動させることができます。
選択した状態のゲートは右上の方に×マークが表示されています。ここをクリックすることで作成したゲートを削除することができます。
ゲートの正常・異常
ゲートは以下の条件を満たすように作成する必要があります。
・ゲートを構成する線が交差していない
・ゲート同士が重なっていない
問題があるゲートは赤い線で表示され、画面下にはエラーメッセージが表示されます。
・Self-Crossing Polygon Detected（ポリゴンの自己交差（構成している線同士が交差）が検出された）
・Overlapping Polygon Detected（ポリゴンの重複が検出された）
状態はグラフ右側のいい雰囲気の画像でも確認できます。問題があるものを見つけたら、クリックするとグラフ内で対象のゲートが反応するので、形を変える、削除するなどの対処を行いましょう。
・ゲートを構成する線が交差していない
・ゲート同士が重なっていない
問題があるゲートは赤い線で表示され、画面下にはエラーメッセージが表示されます。
・Self-Crossing Polygon Detected（ポリゴンの自己交差（構成している線同士が交差）が検出された）
・Overlapping Polygon Detected（ポリゴンの重複が検出された）
状態はグラフ右側のいい雰囲気の画像でも確認できます。問題があるものを見つけたら、クリックするとグラフ内で対象のゲートが反応するので、形を変える、削除するなどの対処を行いましょう。
| 正常 | 正常（選択状態） | 異常を検出 |
 |  |  |
結果の送信
選択した全てのゲートが正常な状態の場合、ウィンドウ右下のSubmit（送信）ボタンが押せるようになります。押すと、結果の解析が行われます。
解析結果が表示されたら、まずはウィンドウ左側のグラフ部分を確認しましょう。
表示されている黄色のポリゴンは、今回のプロジェクトディスカバリー中でゴールドスタンダード（Gold Standard）と呼ばれている、いわゆるこの解析の正解です。この形に近ければ近いほど今回の解析結果の精度が高かったということになります。
また、このゴールドスタンダードが表示された場合は「精度を確認するためのテスト」であるということになり、結果によって精度の評価が上下します。
ウィンドウ右側を確認すると、今回の解析の精度の割合、そして獲得した経験値と報酬が表示されています。
表示の内容は以下になっています。
今回の結果がParで示される値を上回った場合は、解析成功となり、精度の評価が上がります。逆に今回の結果がParで示される値を下回った場合は、その解析は失敗ということになります。この場合は精度の評価が下がります。
精度が高ければ高いほど（逆に言えば低ければ低いほど）精度の評価が大きく上下するようです。
ウィンドウ左側にゴールドスタンダードが表示されない場合は、いまだ解析されていないデータだったということになります。この場合は精度は上下せず、解析の経験値と報酬だけを獲得します。
解析結果が表示されたら、まずはウィンドウ左側のグラフ部分を確認しましょう。
表示されている黄色のポリゴンは、今回のプロジェクトディスカバリー中でゴールドスタンダード（Gold Standard）と呼ばれている、いわゆるこの解析の正解です。この形に近ければ近いほど今回の解析結果の精度が高かったということになります。
また、このゴールドスタンダードが表示された場合は「精度を確認するためのテスト」であるということになり、結果によって精度の評価が上下します。
ウィンドウ右側を確認すると、今回の解析の精度の割合、そして獲得した経験値と報酬が表示されています。
表示の内容は以下になっています。
| Accuracy | アキュラシー。今回の結果の正確さ |
| High Score | ハイスコア。他の人が出した最高の精度。 |
| Par | パー。正答と誤答の基準となる精度。 |
| Average | アベレージ。今まで回答した人の精度の平均値。 |
今回の結果がParで示される値を上回った場合は、解析成功となり、精度の評価が上がります。逆に今回の結果がParで示される値を下回った場合は、その解析は失敗ということになります。この場合は精度の評価が下がります。
精度が高ければ高いほど（逆に言えば低ければ低いほど）精度の評価が大きく上下するようです。
ウィンドウ左側にゴールドスタンダードが表示されない場合は、いまだ解析されていないデータだったということになります。この場合は精度は上下せず、解析の経験値と報酬だけを獲得します。
解析等のコツ
先入観を持たない
今回は細胞がどうだとか、細かい情報が与えられていません。あくまで解析は自分の目と感覚で行いましょう。
ただ一つヒントになるのは、ゲーティングの目的は「ドットのグループの境界を見つけることにある」ということです。全体的にドットの集まりを分類し、集まっている、集まっていない、あるいは密度が変化している、そういう境目に注目しましょう。そのため、場合によっては、ドットが密集していないところをひとつのクラスターとして囲うことになるかもしれません。
ただ一つヒントになるのは、ゲーティングの目的は「ドットのグループの境界を見つけることにある」ということです。全体的にドットの集まりを分類し、集まっている、集まっていない、あるいは密度が変化している、そういう境目に注目しましょう。そのため、場合によっては、ドットが密集していないところをひとつのクラスターとして囲うことになるかもしれません。
実施時の注意点
速い速度でお題をこなしていくと（１分に５個、１０分に３２個くらいのハイペース）制限がかかって実行ができなくなるようです。この場合は少しペースを落として実行しましょう。
また１日の実行結果送信回数には上限があるようです。これはオメガクローンでは1日200件程度、アルファクローンではその半分の100件程度となっているようです。この場合は、送信した際に以下のようなメッセージが表示されます。
このメッセージが表示された後も解析の操作自体は行うことができますが、送信した際にまたメッセージが出て中断されるので解析し損です。メッセージ内には制限が解除されるまでの時間が表示されているので、それまで待ちましょう。
上限に引っかかった場合は、だいたいその日の初回送信時から２４時間待機する必要があるようです。ただし、これは毎日のダウンタイム（日本時間20:00）を挟むとリセットされるらしいという報告もあるので、実際のところ「デイリー上限に達した場合は、次のダウンタイムまで実行不可」になるというのが有力です。
効率的にこなすことも重要ですが、人類を救うため、むしろじっくりと精度を上げることを重視して行うとよいでしょう。
また１日の実行結果送信回数には上限があるようです。これはオメガクローンでは1日200件程度、アルファクローンではその半分の100件程度となっているようです。この場合は、送信した際に以下のようなメッセージが表示されます。
このメッセージが表示された後も解析の操作自体は行うことができますが、送信した際にまたメッセージが出て中断されるので解析し損です。メッセージ内には制限が解除されるまでの時間が表示されているので、それまで待ちましょう。
上限に引っかかった場合は、だいたいその日の初回送信時から２４時間待機する必要があるようです。ただし、これは毎日のダウンタイム（日本時間20:00）を挟むとリセットされるらしいという報告もあるので、実際のところ「デイリー上限に達した場合は、次のダウンタイムまで実行不可」になるというのが有力です。
効率的にこなすことも重要ですが、人類を救うため、むしろじっくりと精度を上げることを重視して行うとよいでしょう。
作成したばかりのキャラクター（アルファクローン）の経験値獲得制限
作成したばかりの取得合計スキルポイントがまだ低いキャラクター、あるいはアルファクローンの場合、経験値の受け取りに制限がかかってくることが報告されています。
スキルポイントが3,000,000未満の場合、レベル51以上にレベルアップするための経験値を受け取ることができません。同様に、スキルポイントが4,000,000未満の場合、Lv75以上にレベルアップするための経験値を受け取ることができません。このスキルポイントキャップというものは各所に存在しているようです。予想ですが、おそらくは750,000〜1,000,000あたりにもあるでしょう。
アルファクローンの場合、一日に実行可能な回数がかなり（具体的な数値は不明）少なくなるようです。アルファクローンアカウントなどを大量に使用して金策するという手段の対抗策ではありますが、特に始めたばかりの人にとっては厳しいところもあります。まあ始めたばかりの場合、他にもできることは色々あるので節度を持って取り組むのがよさそうです。
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スキルポイントが3,000,000未満の場合、レベル51以上にレベルアップするための経験値を受け取ることができません。同様に、スキルポイントが4,000,000未満の場合、Lv75以上にレベルアップするための経験値を受け取ることができません。このスキルポイントキャップというものは各所に存在しているようです。予想ですが、おそらくは750,000〜1,000,000あたりにもあるでしょう。
アルファクローンの場合、一日に実行可能な回数がかなり（具体的な数値は不明）少なくなるようです。アルファクローンアカウントなどを大量に使用して金策するという手段の対抗策ではありますが、特に始めたばかりの人にとっては厳しいところもあります。まあ始めたばかりの場合、他にもできることは色々あるので節度を持って取り組むのがよさそうです。
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